Neznajući da se Michael približava njihovu položaju, pukovnik Carter pokušava voditi misiju spašavanja nekoliko zarobljenih članova ekipe.

Opasan tuđin počinje preuzimati Atlantis nakon što se zarazi dr. Keller.

Tyre planira predati Ronona koji mu je nekoć bio prijatelj Wraithima kako bi im se umilio.

Napušten i bez energije, zemaljski brod Dedal pronalaze Sheppard i njegova ekipa.

Po povratku s izvanzemaljske misije, zbog nečega što nalikuje računalnom virusu sustavi ekipe polude i oni se jedva uspijevaju vratiti.

Oboljevši od Pegazove inačice Alzheimerove bolesti zvane "drugo djetinjstvo", McKay počinje gubiti pamćenje.

Shepparda i Becketta teroriziraju smrtonosna stvorenja na planetu na kojem su smještene Michaelove istraživačke prostorije.

Teyla odigra ključnu ulogu na zadatku pregovaranja o savezu s drugim matičnim brodom kad je kirurški promijene da bi postala kraljica Wraitha.

Ekipa dolazi u selo kojem prijete Wraithi, ali mora spasiti vlastitog člana kad je oteta dr. Keller.

Dr. Jackson pronalazi Janusove tajne laboratorije. Kad se nedugo nakon otkrića pojavi izvanzemaljski brod, on i McKay nestaju.

Sheppard i Zelenka preživljavaju eksploziju Zvjezdanih vrata, ali grad je teško oštećen.

Sheppard i njegova ekipa susreću dvoje ljudi s planeta Balara koji su preživjeli hofansku kugu.

Ekspediciji Atlantis sude zbog zločina protiv galaktike Pegaz.

Dok hibridi preuzimaju kontrolu nad gradskim sustavima, na Sheppardovoj i Lorneovoj ekipi je da preotmu Atlantis.

Sheppard je otet. Za to vrijeme Woolsey, McKay i ostatak ekipe doći će do šokantnog otkrića o drevnoj rasi.

McKaya pozivaju na važnu znanstvenu prezentaciju starog suparnika iz školskih dana. Tijekom prezentacije, stvari pođu po zlu.

Ekipa istražuje kad prime poziv u pomoć s broda Wraitha, ali otkrivaju da je brod zaražen neobičnom bolešću.

Dr. Jennifer Keller izložena je tehnologiji zamjene tijela, a njezina se savjest mora suočiti s očajničkom borbom za opstanak.

Todd obavještava da skupina Wraitha ima nekoliko ZPM-ova i planira ih upotrijebiti za napajanje novog matičnog superbroda.