Apollo舰的突袭不但没有制止复制人的侵略野心，他们反而弄了个带星门有超空间发动机的卫星来到了Atlantis，直接攻击A城迫使A城只有逃命的份了。而A城舰起飞后却飞到了一个不知晓的区域。Weir博士被复制人光束击中以后生命垂危，Rodney把她身上残余的复制人纳米细胞激活后得以生存。

Rodney和Sheppard驾驶 Jumper经过几次跳跃来到复制人星球偷ZPM。利用Weir身上的纳米复制人细胞连接到复制人的系统并修改了底层代码，计划让复制人去对付幽灵。

SAM接任Atlantis的主管，Ronon和Teyla在一个星球上找到Ronon的几个故友，他们想去Atlantis但被SAM拒绝，但SAM同意Sheppard小组协同他们去破坏幽灵的试验基地。

Sheppard在一个星球上接触了一种有思维的水晶体，回来以后好几个人都在梦中梦见另一个Sheppard，原来是那水晶生命附体。

Sheppard单独驾驶 Jumper穿越星门执行任务时被不明武器击中并被俘虏。对手是一个飞马星系的另一支未知人类队伍。他们正在寻找可供他们息存的古人飞 船，但因没有古人基因而无法试用就强迫Sheppard为其开启古人战舰。

一场致命的传染病使得亚特兰蒂斯的关键成员失去了记忆，要靠Teyla和Rodney来寻找治疗的方法。但一群士兵在到处追赶所有人，却没人记得原因。要一起团结合作治愈所有人难上加难。

在拜访New Athos的期间, Teyla和Keller发现自己被一个原始武士部落通缉，之后Teyla有了一个惊人的发现。

SGA小队遇到一个有非凡的预言能力的人，他预测亚特兰蒂斯的未来很不妙。同时他们和一个幽灵一起想要修复一种能停止复制者的病毒。

当一个神秘的探测器闯入亚特兰蒂斯城时，SGA小队确信复制者已经找到了他们。

复制者为了消灭幽灵对飞马星系人类居住的星球进行毁灭性的攻击，亚特兰蒂斯方面同他们所俘虏的幽灵科学家开始合作，和幽灵以及飞马系的流浪部落结成同盟，共同致力于消灭共同的敌人复制者。

探险队获得了一艘幽灵母舰，在定位装置上发现了幽灵的一个基地，该基地是幽灵得到ZMP后运行起来的‘幽灵复制系统’。一旦复制成功，飞马系将出现不可设想的后果。

亚特兰蒂斯城被严密地隔离封闭起来，这严重考验着A城里人与人之间的关系。Rodney发现自己和他女友Katie Brown困在了植物学实验室里。

Sheppard和McKay总是热衷于帮助他们的盟友，他们接受了由Harmony的姐姐提出的一个要求，陪她进行一次苦行，进入森林去寻找启示以代她的已逝母亲来成为女王。

Sheppard回到地球参加他父亲的葬礼并帮助Ava Granger追捕一个由某地球实验室制造出来的人形复制者。

在一次外星球任务中，McKay, Carter和Keller掉进了一个没有出口的地下室。当地的小孩发现了又怕大人骂不敢救他们，都是顶级科学家的两女一男想尽办法都没法出来。

Carter上校邀请Tealc来到亚特兰蒂斯来帮助Ronon，他将受到I.O.A的复审，当他们到中转太空站等待检疫时幽灵发现已完全运作的中途太空站并破解了登陆密码，大批幽灵通过中转站到了地球，SGC里的人全被弄晕了。

幽灵麦克研究了一种病毒使部分人类能变为一个新人种，但另一部分因不适应会死掉。SAM为此而发愁。Teyla 产生了一个幻象使得她坚信她孩子的父亲在尝试与她联系，但之后发现确是麦克捣的鬼 他想让泰勒的孩子生下来给他作变种人的试验。

前医生卡松也被麦克克隆了帮他作试验，Sheppard在寻找泰勒族人的时候才知道麦克的这个秘密。麦克设计抓到了泰勒Sheppard和。

在完成了一次任务之後，Sheppard返回亚特兰蒂斯城时因太阳耀斑被送到48000年后的亚城。这时的亚城已被遗弃了，所有系统全部失效而且所在的地方不是海洋，泛眼望去全是漫漫荒沙。只有Rodney的虚拟电脑人在这里向Sheppard讲述当时的故事。泰勒生完孩子后被幽灵麦克杀死，Ronan为炸掉幽灵的复制基地和幽灵同归于尽，SAM驾驶D舰和幽灵母舰打游击时干掉三艘幽灵舰后牺牲。