În timp ce plutesc prin spațiul adânc, scutul protector al orașului cedează, echipa trebuie să facă tot posibilul să mențină Atlantida în viață. O rănire extremă amenință viața lui Dr. Weir.

Colonelul Sheppard și echipa sa se angajează într-o misiune riscantă de a fura un modul de energie Z.P.M. de la Replicatori - dar trebuie să se bazeze pe deja compromisa Dr. Weir ca să reușească.

Atunci când un grup de compatrioți ai lui Ronon cer ajutorul echipei pentru a ataca o instalație de arme Wraith, Ronon se mai gândește dacă viitorul său se află în Atlantida sau cu prietenii săi.

În timpul unei misiuni în afara lumii, colonelul Sheppard devine fără să știe, gazda unei entități extraterestre, care îi infectează și pe alții în Atlantida și le provoacă coșmaruri terifiante.

Colonelul Sheppard este capturat de locatarii unei nave multi-generație și de frumoasa lor conducătoare, care doresc să utilizeze abilitatea lui de a folosi tehnologia antică pentru scopurile lor proprii.

Când un virus le provoacă tuturor amnezie, cu excepția lui Teyla și Ronon, echipa din Atlantida trebuie să colaboreze pentru a găsi un remediu înainte ca amintirile lor să se estompeze în întregime.

În timpul unei vizite la Noul Athos, Teyla și Dr. Keller se trezesc fugind de un trib primitiv de războinici.

Rodney McKay merge în căutarea surorii sale pe Pământ după ce ea este răpită de șeful unei corporații puternice.

O dronă misterioasă se prăbușește în Atlantida, indicând că Replicatorii ar fi găsit orașul. Dar când apare Elizabeth Weir, echipa realizează că sonda este doar o parte dintr-un mister mult mai mare.

Cu un plan ce ar putea nimici amenințarea Replicatorilor, echipa din Atlantida trebuie să facă alianță cu o flotă de nave Wraith.

Echipa descoperă nava-stup a fostului lor aliat Wraith, care plutește în derivă prin spațiu, ceea ce îi conduce spre un proiect secret care ar putea transforma soarta unui război civil.

O închidere automată blochează personalul din Atlantida în diferite părți ale orașului, fiecare din ei sperând că ceilalți le vor veni în ajutor.

Colonelul Sheppard și Dr. McKay trebuie să protejeze o copilă prințesă într-un pelerinaj, înainte ca ea să devină regină și să afle că are dușmani periculoși care îi amenință viața.

În timpul unui concediu pe Pământ, Sheppard și Ronon află că oamenii de știință au creat un Replicator de formă umană - care este acum în libertate.

McKay, Carter și Keller sunt blocați într-o cameră subterană în timp ce se află într-o misiune în afara lumii, aparent fără mijloace evidente de scăpare.

Teal'c vizitează Atlantida pentru al consilia pe încăpățânatul Ronon, care este în curs de evaluare de către I.O.A. Dar cei doi trebuie să colaboreze când Wraith invadează stația spațială Midway (Jumătate de drum) pentru a ajunge pe Pământ.

Pe măsură ce o boală misterioasă nouă se răspândește prin galaxia Pegasus, Teyla este convinsă de o viziune că tatăl copilului ei încearcă să o comunice cu ea.

Echipa este șocată când un vechi prieten, considerat mort, se întoarce în mod miraculos la ei. Teyla plănuiește o evadare din captivitatea lui Michael.

Sheppard se întoarce în Atlantida după o misiune și găsește orașul abandonat, toate sistemele inactive - și în loc de ocean, dune de nisip până în zare.