La città è alla deriva nello spazio e ha soltanto 24 ore di energia a disposizione prima che lo scudo ceda, nel frattempo Elizabeth si trova tra la vita e la morte e c'è un unica possibilità di salvarla, ma è un'opzione estremamente rischiosa.

Sam Carter e la Apollo sono alla ricerca della città scomparsa di Atlantide, nel frattempo Sheppard e la sua squadra stanno organizzando una missione per rubare uno ZPM dalla città dei Replicanti.

Ronon incontra un gruppo di amici suoi concittadini i quali gli chiedono di lasciare Atlantide per unirsi a loro. Il Colonnello Samantha Carter arriva in città per assumere il comando della spedizione.

Mentre si trovano in missione su un pianeta, Sheppard sente l'impulso irresistibile di toccare un cristallo. Una volta tornati ad Atlantide, tutti cominciano ad avere degli incubi tranne John.

Sheppard viene rapito da un gruppo di persone che vive a bordo di una flotta di astronavi. I suoi rapitori gli raccontano che sono stati costretti a rimanere a bordo delle loro navi per via della guerra con i Wraith e che lo hanno rapito a causa del suo gene in grado di attivare la tecnologia degli Antichi.

Un virus mortale infetta gli abitanti di Atlantide facendogli perdere la memoria. McKay si ritrova in un laboratorio della città senza sapere chi è o che cosa deve fare, l'unico indizio è il monitor del suo computer che porta un messaggio: trovare Teyla.

La Dottoressa Keller e Teyla si recano sul nuovo pianeta degli Athosiani e scoprono che la popolazione è scomparsa, probabilmente a causa di una tribù guerriera, i Bola Kai.

La sorella di McKay, Jeannie, viene rapita e Rodney torna sulla Terra per scoprire cosa è successo, ma viene catturato dalle stesse persone responsabili della sparizione di sua sorella. Sheppard e Ronon intervengono immediatamente e chiedono aiuto all'SGC e all'NID per ritrovare i loro amici.

Una sonda misteriosa precipita su Atlantide e la spedizione è convinta che sia opera dei Replicanti. Tuttavia, la situazione diventa ancora più misteriosa quando il team s'imbatte in Elizabeth Weir.

Per sconfiggere i Replicanti, il team di Atlantide è costretto a formare un'alleanza con i Wraith. Con l'aiuto di uno scienziato Wraith che ha offerto la sua collaborazione, Sheppard e gli altri partono in missione per ottenere la partecipazione di navi Alveari. Nel frattempo a bordo della Daedalus, Carter parla con il Colonnello Caldwell e ammette di sentire la mancanza delle missioni sul campo con l'SG-1.

Il team di Atlantide si impadronisce di un'astronave Alveare dopo aver sconfitto i Replicanti e scopre qualcosa di nuovo sul suo nemico di sempre. Nel frattempo i poteri mentali di Teyla aumentano grazie alla gravidanza.

La città di Atlantide è in quarantena e ognuno rimane bloccato dove si trova senza possibilità di uscire. Mentre ognuno cerca di adattarsi alla compagnia forzata, i membri del team cercano di capire cosa sta succedendo e come risolvere la situazione.

Sheppard e McKay scortano una Principessa che sta compiendo un pellegrinaggio per essere incoronata Regina. Durante il viaggio s'imbattono in un vecchio antagonista.

Sheppard riceve la notizia che suo padre è deceduto. John torna sulla Terra in compagnia di Ronon per presenziare ai funerali e mentre si trovano al ricevimento funebre, vengono a sapere che alcuni scienziati hanno creato un Replicante umanoide che è riuscito a scappare dal laboratorio.

Il Colonnello Carter parte insieme a McKay e a Keller per convincere gli abitanti di un pianeta, sconvolto da catastrofici terremoti, a trasferirsi su un mondo più sicuro. Tuttavia la missione prende una brutta piega quando i tre finiscono intrappolati nel sottosuolo in una vecchia miniera Genii.

Samantha invita Teal'c ad Atlantide per fare da consulente a Ronon che sta per affrontare un colloquio formale con l'I.O.A. Dex non gradisce il nuovo tutore e tra i due volano scintille. Nel frattempo i Wraith scoprono la Stazione Spaziale che si trova a metà strada tra le due galassie.

La Galassia di Pegaso è afflitta da un'epidemia di origine sconosciuta. Teyla è convinta che il padre di suo figlio stia cercando di comunicare con lei. Mentre la squadra cerca di scoprirne di più, s'imbatte in una scoperta scioccante.

Dopo aver trovato alcuni membri del suo popolo, Teyla organizza un piano di fuga dal laboratorio segreto di Michael. Nel frattempo la Dottoressa Keller effettua degli esami per scoprire le origini del clone di Beckett.

Al ritorno da una missione, Sheppard trova la città abbandonata e circondata dal deserto. Al suo arrivo un ologramma di McKay si attiva, informandolo che in seguito a un imprevisto con lo Stargate, John ha viaggiato 48.000 anni nel futuro. Rodney spiega che la sua sparizione ha segnato l'inizio della fine per la spedizione di Atlantide. Tuttavia, McKay afferma di aver escogitato un piano per riportare Sheppard indietro nel passato e ristabilire così la linea temporale.