Sin comunicación y con el sistema eléctrico dañado por el rayo, la ciudad encoge el escudo para proteger solo la torre principal en un esfuerzo por ahorrar energía, pero cuando atraviesan un cinturón de asteroides Sheppard pone en marcha un peligroso plan para proteger a la ciudad, luego deberá correr contra reloj junto con Zelenka para reparar el hiperpropulsor antes de que se queden sin energía para activarlo. Mientras McKay y la Dra. Keller tratan de salvar la vida de Weir con un plan que podría poner a toda la ciudad en peligro.

El equipo del Coronel Sheppard y la Doctora Dr. Weir deben planear una atrevida infiltración en el mundo Asuran, para robar un MPC de los Replicantes, restablecer la energía de Atlantis, y encabezar su nuevo hogar. Mientras, la Coronel Samantha Carter y el Apollo intentan buscar la ciudad perdida.

Cuando el equipo se tropieza con los antiguos compañeros de Ronon, ellos les cuentan la historia de como sobrevivieron a aquel fatídico día en el que Sateda cayo. Sheppard se niega a llevarlos a Atlantis, lo que provoca que Ronon deba decidir entre quedarse en la ciudad, o vivir con sus antiguos aliados... quienes guardan oscuros secretos, de como realmente sobrevivieron.

El Coronel Sheppard es capturado por una raza de humanos que ha estado viviendo por generaciones en el espacio para evitar cualquier tipo de contacto con los Wraiths. Estań al corriente de los rumores sobre un nuevo y poderoso enemigo de los Wraiths, la expedición Atlantis. Sabiendo esto y lo relacionado con el gen de los Antiguos, planean usar a Sheppard para activar una nave de guerra de los Antiguos.

Muchos tipos de plantas fueron extraídos de la tierra del nuevo planeta donde está situado Atlantis, están siendo estudiados por los miembros del equipo de botánica cuando empiezan a presentar un grave dolor de cabeza, seguido por pérdida de memoria, toda la base tarde o temprano empieza a olvidar todo, incluso hasta quienes son ellos mismos. En un par de horas toda Atlantis está bajo cuarentena sin recordar quienes son ni porque están allí excepto Teyla y Ronon, ellos son los que deben guiar a la base a que puedan encontrar una solución a tiempo.

Teyla y la Dra. Keller se disponen a visitar el nuevo asentamiento de los athosianos, pero cuando llegan allí advierten que han desaparecido. Tendrán problemas con una tribu de guerreros que ahora ocupan la zona.

Mientras buscan a los Athosianos, el equipo se encuentra con Davos, un hombre que puede ver el futuro.Y gracias a él evitan una seudo emboscada por el espectro de 3x07, Todd, que quería comunicarse con Sheppard para discutir sobre los replicantes. El wraiht quiere eliminar a los replicantes con un virus, y necesitaba la ayuda de Mckay. Además los replicantes están destruyendo planetas humanos. Lo llevan a Atlantis en calidad de prisionero. Todo se complica cuando llega su nave colmena, y más tarde una nave colmena enemiga. Será aún más complicado porqué la Coronel Carter tiene una visión con el vidente Davos deen la que Atlantis era destruida. Además Richard Woolsey está haciendo un informe sobre Atlantis.

Un jefe de una corporación médica secuestra a la hermana de Rodney, la Sra. Miller. Al enterarse, Mckay regresa a la tierra para buscarla, pero es secuestrado también. Ambos se verán implicados en un problema con nanitos, aunque durante su secuestro haya complicaciones.

Después de que un dron antiguo misterioso choque en Atlantis, el equipo debe saber si los replicantes pudieron haber encontrado la ciudad... y si la predicción de Davos sobre la destrucción de la ciudad perdida será verdad. Además, las cosas se vuelven más extrañas cuando reaparece Elizabeth Weir.

El equipo espera eliminar a los replicantes de una vez por todas, reclutando una flota de Naves Colmena para luchar junto al Dedalo y al Apollo. Desafortunadamente, no muchas naves se unen a la causa, y la expedición podría causar una cadena de eventos que no serán capaces de contener.

El equipo de Atlantis localiza una nave Colmena parcialmente dañada que participó en la anterior batalla contra los Replicantes, en el proceso, descubren información crítica que podría ayudar en su nunca finalizada lucha contra los Wraith.

Un cierre impuesto de Atlantis atrapa a bastante personal por toda la ciudad con gente que nunca hubieran esperado estar, amenazando con romper varias relaciones que se extienden a través de toda la expedición... y permitiendo a otras florecer.

En un planeta familiar, Sheppard y McKay aceptan escoltar a una princesa, Armonía, a un templo donde ella pueda asumir el título de reina. En su simple y rutinaria mision, encuentran que un contingente Genii intenta atrapar a Armonía por orden de su propia hermana.

Sheppard debe volver a la Tierra porque su padre ha fallecido. Durante el funeral es contactado por una persona quien expone un problema: un experimento ilegal se ha salido de control y ahora hay replicantes en la Tierra.

La coronel Carter, el doctor McKay y la doctora Keller viajan a un mundo en misión diplomática. El planeta había sido una antigua mina Genii y los tres expedicionarios de Atlantis se encuentran atrapados en el abandonado complejo minero al caer por un agujero en la tierra.

Teal'c visita Atlantis para ayudar a Ronon a dominar su mal genio, preparándolo para una entrevista en la Tierra. Mientras, los espectros logran interceptar las comunicaciones en el túnel de stargates que comunican Atlantis con la Tierra y cuando Teal'c y Ronon regresan por el mismo, deben pelear para proteger la estación espacial Midway y el Comando Stargate, invadido por los espectros.

Un enemigo ha regresado difundiendo por la galaxia un virus basado en la vacuna de los Hoffanos, eliminando humanos y espectros, y es el responsable de secuestrar a los Athosianos. Teyla recibe mensajes telepáticos de ayuda y es secuestrada por un dardo espectro cuando intenta averiguar el destino de su pueblo y cuando el equipo de Atlantis intenta un rescate, durante el proceso encuentran a un viejo amigo a quien no esperaban volver a ver.

El equipo de Atlantis falla en su rescate pero encuentran al clon de un viejo amigo: el doctor Carson Beckett. Este desconoce que su estado actual en Atlantis es de muerto (murió en el episodio Domingo, 3x17) y debe reintegrarse a la vida normal. Mientras tanto, Michael (el espectro híbrido humano del episodio 2x18) sigue con sus experimentos y le explica a Teyla la importancia de su hijo no nato. A todo esto, Carson ayuda a ubicar el laboratorio de Michael, pero su tiempo se agota: un defecto de la clonación lo está matando, por lo cual acepta ser congelado criogenicamente hasta que se halle una cura.

Sheppard regresa a Atlantis pero el cruce del agujero con una llamarada solar, lo lleva unos 48000 años en el futuro. Allí lo espera el holograma de un anciano Rodney McKay, quien le dice que lo va a ayudar a regresar, además de contarle las cosas que pasaron después de su desaparición. Como Michael se convirtió en el dueño de la galaxia Pegasus destruyendo a espectros y humanos por igual. También creando nuevos híbridos, lo que influenció cosas en Atlantis, como la muerte de varios miembros de la expedición. Tras la decisión de la Tierra de no ayudar a otras galaxias, Rodney ideó un plan que podría evitar dicho futuro. Pero Sheppard necesitará 700 años para volver, aunque el Sol será una supernova en tan solo 500.