Atlantída sa pohybuje voľne vo vesmíre kvôli predčasnému vystúpeniu z hyperpriestoru. Nikto nevie, v ktorej časti vesmíru sa mesto nachádza a ešte do toho je ťažko zranená dr. Weirová. McKay spoločne so Zelenkom zistia, že Atlantíde nebezpečne rýchlo klesá energia, pretože lúč replikátorov poškodil rozvody. ZPM sa teda vybíja omnoho rýchlejšie a uz moc dlho nevydrží. Rodney je tak nútený vypnúť všetky nepotrebné systémy a postupne zmenšovať štít...

Atlantída je stále vo vesmíre, preto sa Rodney McKay snaží dokončiť Hyperpriestorový generátor určený pre jumper. Ak sa to podarí, môže Sheppard a jeho tím vniknúť na domovskú planétu replikátorov, aby ukradli ZPM potrebné pre Atlantídu. To sa podarí, všetko je v poriadku, avšak Rodney nájde v zdrojovom kóde replikátorov príkaz, ktorý ich núti útočiť na Wraithov. Tím sa teda s pomocou dr. Weirovej pokúsi kód znova aktivovať. Potom sa Sheppardov tím vráti jumperom na Atlantídu, kde ihneď aktivujú ZPM, vyberú vhodnú planétu a Atlantída tak pristane na novom mieste...

Ronon a Teyla sú na návšteve v jednej dedine. Tam Ronon stretne svojich troch kamarátov zo Satedy. Dozvedá sa od nich, že Wraithovia pracujú v nejakom tajnom zariadení a že sa snažia vypnúť replikátorský útočný kód. Tomu by však bolo dobré zabrániť, a tak Ronon prehovorí Shepparda, aby sa misie zúčastnil aj tím z Atlantídy. Po splnení úlohy chce Ronon opustiť Atlantídu a pridať sa k svojim priateľom. Lenže všetko nejde presne podľa plánu...

Sheppardov tím je na jednej planéte. Tú skúmajú hlavne kvôli Rodneymu, ktorý si myslí, že by tu mohlo byť niečo dôležité. Všetci už sú otrávení a chcú sa vrátiť späť na Atlantídu, ale McKay sleduje zvláštne známky energie. Zistí, že energiu vydávajú čudné kryštály rastúce na stromoch. John sa kryštálu dotkne a dostane elektrický šok. Tím sa teda vracia na Atlantídu, ale nezistia sa žiadne problémy. Lenže postupne sa všetkým v meste začínajú zdať nočné mory, v ktorých figuruje práve Sheppard...

Podplukovník Sheppard sedí práve v jumperi a vracia sa späť na Atlantídu. Rozpráva sa cez vysielačku s Rodneym, zrazu na neho však niekto začne strieľať. Skratujú mu všetky systémy, rozhovor s McKayom je prerušený a John je aj s jumperom unesený. John zistí, že je na palube antickej lodi, ktorú obývajú vesmírni cestovatelia na čele s krásnou a nevyspytateľnou Larrin. Loď je však v celkom zlom stave a Larrin požaduje od Sheppard pomoc. Chce, aby John sprevádzkoval antickú loď triedy Aurora.

McKay je sám v miestnosti pripútaný k stolu. Pred sebou má tablet, v ktorom vidí sám seba. Z neho zisťuje, že sa nedá nikomu veriť, obzvlášť nie vojakom a že má nájsť Teylu, ktorá môže pomôcť, inak veľa ľudí zomrie. Nevie, kde je a kto vlastne tá Teyla je. Atlantída je totiž zamorená Krisonskou horúčkou, ktorá sa prejavuje tým, že všetci zasiahnutí postupne zabúdajú, kto sú a čo sa stalo...

Teyla a doktorka Kellerová cestujú na Nový Athos, kde by mala Jennifer vykonať lekársku prehliadku. Lenže nájdu len prázdnu dedinu, nikde ani živej duše. Teyla si myslí, že jej ľudia boli napadnutí a unesení Wraithami. Chcú sa vrátiť, ale potom zazrú členov primitívneho bojového kmeňa Bola Kai. Tí sú veľmi nebezpeční, a tak sa rozhodnú počkať na záchranu z Atlantídy. Než ich však Johnov tím zachráni, musia sa o seba postarať...

Teyla chce od jedného veštca zistiť, kam sa stratili Athoisania. Vydáva sa teda so Sheppardovým tímom na planétu, na ktorej veštec žije. Ich príchod je už očakávaný a sú zavedení k veštcovi. Ten ukáže neveriacemu Rodneymu budúcnosť - tím je počas jednej misie prepadnutý a zajatý Wraithami. Pre McKaya je to veľké prekvapenie, keď ich potom kontaktuje Wraith, ktorý bol s Johnom väznený, a stretnutie je na mieste, ktoré Rodney videl vo vízii...

Rodney McKay a Radek Zelenka stále skúmajú replikátorský kód, ale nevedia si s ním rady. Zelenku teda napadne, že by mal Rodney napísať sestre, aby im s tým pomohla. Nakoniec sa teda McKay rozhodne Jeannie kontaktovať. Lenže jej e-maily sú sledované a je vzápätí na to unesená. Rodney spoločne s Johnom cestujú na Zem, aby ju našli. McKay je však tiež zajatý. Uniesol ioch istý Henry Wallace, pretože jeho dcéra trpí leukémiou a chce po Rodneym a Jeannie, aby ju pomocou nanitov vyliečili.

Na Atlantíde už dlhší čas nefunguje hviezdna brána. McKay a Zelenka sa snažia bránu opraviť, lenže sú vyrušení - do mesta spadne neznámy objekt. Sheppard trénuje boj s Ronon a je zranený, než však dôjde na ošetrovňu, tržná rana sa mu zacelí. Nechá sa vyšetriť, ale podľa dr. Kellerovej je v poriadku. To sa mu nezdá a keď s tímom zbadá Elizabeth Weirovú, zistí, že niečo nie je v poriadku...

Stále sa nedarí zastaviť replikátorov, ktorí pokračujú vo vyhladzovaní planét. McKay spoločne s wraithmi pracujú na kóde, ktorý by mal vypnúť útočenie replikátorov. K Atlantíde doletí aj Daidalos s Apollom, na ktorých sú nainštalované asgardské zbrane, tými pár lodí neutralizujú. Lenže replikátor ustupujú k svojej domovskej planéte, kde budú v presile. Rodney má nápad - miesto prerušenia spojenia medzi jednotlivými blokmi replikátorov urobí opak, chce, aby sa bloky priťahovali. Veľká bitka proti replikátorskej planéte na seba nedá dlho čakať...

Týždeň po bitke s replikátormi zachytia diaľkové senzory Atlantídy signál z opustenej wraithskej materskej lode. McKay si myslí, že sa jedná o loď wraithského "priateľa". Tím teda letí jumperom na loď. Loď je skutočne opustená, ale je poškodená, a tak sa Rodney dáva hneď do práce. John, hoci k svojej nevôli, na loď priletí aj s Teyla, ktorá s loďou môže lietať. V záznamoch lodi je však zmienka o nejakom tajnom projekte, ktorý pomohol Wraithom vyhrať vojnu s Antikmi...

John je spoločne s Rodneym na jednej planéte, kde ich príjemne pohostia dve mladé princezné. Požadujú však po nich, aby odprevadili ich mladšiu sestru ku starovekým ruinám, ktoré určia, či je mladá Harmony vhodná následníčka trónu. Pri ceste však narazia na genijských vojakov, ktorí chcú Harmony zabiť. John aj Rodney sa chcú vrátiť do dediny, ale princezná je tvrdohlavá, a tak spoločne putujú až k antickým ruinám.

John Sheppard sa od plukovníka Carterovej dozvedá o smrti svojho otca. Cestuje teda spoločne s Ronon bránou z Atlantídy na Zem. Na pohrebe stretne dievča, ktoré vie až moc informácií o tajnom projekte s využitím nanitov. John a Ronon zistia, že sa na Zem s nanitmi experimentovalo a že vznikla ľudská forma replikátora. Ten však utiekol a je veľmi nebezpečný. Sheppard teda rozbehne po replikátorovi pátranie, v ktorom mu pomáha jeho starý známy z Atlantídy- seržant Bates. Hon začína...

Plukovník Carterová, Rodney McKay a dr. Jennifer Kellerová cestujú na jednu planétu, aby prehovorili tamojšie obyvateľstvo k presťahovaniu na inú časť pevniny. V časti, kde ľudia bývajú, sú totiž niekoľkokrát denne otrasy pôdy. Na planéte predtým bývali aj Genijovia a využívali miestni ľud na ťažbu nejakej rudy. Po ceste sa však Rodney prepadne do ťažobnej miestnosti. Sam a Jennifer mu chcú pomôcť, žiaľ spadnú za ním. Otrasy sú čím ďalej tým častejšie, preto sa musia dostať von. Všetko sa skomplikuje, keď si Carterová zlomí nohu...

I.O.A. pozýva všetkých mimozemských členov expedície na pohovor, ktorý vedie pán Coolidge, ktorý nemá k cudzincom dôveru. Teyla sa už úspešne vrátila, teraz je rad na Rononovi. Carterová si myslí, že Ronon je impulzívny typ a tak pozve svojho starého známeho z SG1 Teal'ca, aby Rononovi poradil. Ten však pomoc odmieta, hovorí, že vie, čo robiť. Čas stretnutia z Coolidgeom sa blíži, a tak Ronon a Teal'c cestujú na Zem. Aby sa zbytočne nevyčerpávalo ZPM, cestujú cez stanicu Midway, ktorá je prostredníkom medzi galaxiou Pegas a Mliečnu dráhou. Lenže tam sú napadnutí Wraithami, ktorí sa dostanú až na Zem. Teal'c a Ronon ich musia zastaviť...

Teyla má sny o svojom priateľovi, s ktorým čaká dieťa. Ten jej prostredníctvom vidín odkazuje, aby ho neprestala hľadať. Preto sa Sheppardov tím vydáva spoločne s Teylou do jednej dediny, kde by mohli byť stopy k nájdeniu Athoisanov. Medzitým doktorka Kellerová informuje Carterovú o novej chorobe, ktorá sa vyskytla už na rôznych planétach. O tejto chorobe niečo vie aj Todd, Wraith, ktorý bol na chvíľu na Atlantíde uväznený. Preto kontaktuje Atlantídu a požaduje od nich pomoc. Zistí sa, že za všetkým stojí ďalší Wraith - náš starý známy Michael, ktorý Teylu unesie. Sheppardov tím sa vydáva Teylu nájsť, lenže nájde niečo, teda skôr niekoho, koho nikto nečakal...

Na Atlantíde skúma doktorka Kellerová neobvyklé anomálie u dr. Carsona Becketta. Je totiž veľmi nepravdepodobné, že by sa jednalo o pravého Carsona, každý totiž vie, že zomrel. Zistia, že Michael experimentoval s ľudskou DNA a stvoril preto Beckettov klon. Michael s Teylou pristanú na neobývanej planéte, kde sa vodkyňa Athoisanov stretáva so svojimi ľuďmi. Michael má však s ňou a jej dieťaťom iné plány. Z Atlantídy je vyslaný tím, ktorý má za úlohu Teylu nájsť a zachrániť. Na planéte sú napadnutí Michaleovými mužmi, lenže Michael bohužiaľ aj s Teylou unikne...

Sheppard je na jednej planéte s tímom maj. Lorna. Zadá adresu Atlantídy, prejde bránou a nikde nikto. Stratené mesto Antikov je opustené a miesto v mori leží v nekonečnom oceáne piesku. John sa pokúsi spojiť s niekým pomocou vysielačky. Nikto sa mu neozýva až zrazu počujú hlas Rodneyho. Lenže Rodney je oveľa starší, než si Sheppard pamätá, a navyše je hologram. Dozvedá sa, že sa nejako dostal do budúcnosti. McKay mu rozpráva, o tom čo sa stalo, o smrti Teyly, Ronona aj plk. Carterovej, o tom, ako Michael vyhral svoju vojnu v galaxii Pegasa a ako boli donútení sa vrátiť z Atlantídy na Zem. Lenže toto všetko môže John zmeniť. Keď sa všetko podarí, tak ako má, Sheppard sa vráti do prítomnosti a zmení históriu...