אטלנטיס יצאה מעל-חלל מוקדם מדי ובמיקום לא ידוע בחלל. המנועים מושבתים ומקור הכוח מתדלדל במהירות. בפני הצוות עומדות משימות רבות, שכישלון בכל אחת מהן משמעו מוות לאחד מהם, או אף לכולם.

בניסיון לאתר את אטלנטיס האבודה, ה-"אפולו" אוספת שני מדענים העובדים על השלמתה של תחנת החלל הבין-גלקטית: קולונל סמנתה קרטר וד"ר ביל לי. במקביל מוביל שפרד צוות למשימה מסוכנת.

מק'קיי בטוח שהוא ייבחר כמחליף של ד'"ר ויר בהנהגת אטלנטיס, אך עתיד להתאכזב. הצוות פוגש שלושה ידידים של רונן מסאטידה, שהצליחו לשרוד את מתקפת הרפאים על כוכב הבית שלהם.

שפרד נוגע בחייזר שחי על כוכב שהצוות מסייר בו. אחרי בדיקה שלא מוצאת דבר, בטוחים כולם ששפרד לא נפגע, אך סדרה של סיוטים שתוקפים את האנשים שבאו במגע איתו, מעלה את החשד שישות כלשהי חדרה לאטלנטיס.

שפרד נשבה ע"י אנשים שחיים כבר אלפי שנים בספינות בחלל מחשש שיתקפו אותם. בעוד צוות אטלנטיס מחפש אותו, נרקמת מערכת יחסים מוזרה בינו לבין האישה העומדת בראש הספינה ששבתה אותו.

מחלה קשה מתפשטת בעיר ופוגעת בזיכרונו של מי שנדבק בה. רודני רואה הודעה שהשאיר לעצמו לפיה עליו למצוא את טיילה, כיוון שהיא יכולה לעזור. חסר זיכרון הוא מנסה לחפש אותה, בעוד חיילים רודפים אחריו.

טיילה יוצאת לביקור בכפרה האתוסי ואליה מתלווה ד"ר קלר, שאינה מורגלת ביציאה לגלקסיות אחרות. כשהן מגיעות למקום הן מגלות שהכפר נטוש ונראה כמו אחרי קרב, ובמהרה נאלצות להימלט על חייהן.

חברי הצוות יוצאים אל כוכב כדי לפגוש חוזה עתידות ולבקש את עזרתו. כשהם נפגשים מתברר כי האיש חולה מאוד וזקוק בעצמו לעזרה, אך בכל זאת הוא מצליח להעביר להם חיזיון שבו אטלנטיס מופצצת ומושמדת.

בעקבות חילופי דוא"ל בין מקיי לאחותו היא נחטפת מביתה, ובמהלך החיפושים אחריה נחטף גם מקיי. הם מגלים שנחטפו בידי אדם העומד בראש חברה גדולה לפיתוח רפואי, שגילה את האמת על אטלנטיס ועל הנאניטים.

שער העיר אינו פועל וגשוש מתרסק בתוכה. בעת שמקיי וזלנקה מנסים לגלות מה מקורו, נופלת תוכנת האבחון שלהם. שפרד נפצע קלות, אך עד שהוא מגיע לתפור את הפצע אצל ד"ר קלר, הפצע נרפא לחלוטין.

הצוות ממשיך לחפש דרך להיפטר מהאיום של המשכפלים אחת ולתמיד. מקיי חושב על דרך פעולה אפשרית, המצריכה יותר ספינות מהשתיים שיש להם. הרפא השבוי מציע לשכנע את אחיו הרפאים להצטרף לקרב.

צוות אטלנטיס מגלה ספינת כוורת של רפאים שנמצאת במקום מבודד, ומגיע ממנה אות זהה לאות של הרפא שעזר להם במלחמה נגד המשכפלים. הם מחליטים לצאת לבדוק זאת ומגלים שהכוורת הותקפה, והרפא נלקח בשבי.

בביקורם באחד הכוכבים מתבקשים שפרד ומקיי ללוות נסיכה צעירה בטקס מסורתי שעליה לבצע כדי להיות מוכתרת למלכה. המסע משתבש כאשר השלושה מותקפים על ידי חיילי ג'ניי שמנסים להתנקש בחייה של הנסיכה.

שפרד חוזר לכדור הארץ בעקבות הודעה על מות אביו מהתקף לב, ורונון מצטרף אליו. בעודם שם מדענית פונה אל שפרד ורונון ומבקשת את עזרתם בלכידת משכפל דמוי אדם שנבנה בפרויקט סודי ולא חוקי.

מקיי, קלר וקרטר יוצאים לעזור לתושבי כוכב מכרות שסובלים מרעשי אדמה תכופות ומקשיי נשימה. בדרכם הם נופלים למכרה ישן של הג'ניי, וכעת עליהם למצוא דרך לצאת ממנו לפני שרעש האדמה ידרדרו אותם לתהום.

רונון יוצא אל כדור-הארץ כדי לעבור ראיון שיקבע אם יוכל להמשיך לעבוד באטלנטיס, וטיאלק מתלווה אליו. כשהם נמצאים בתחנת הביניים, היא מותקפת ע"י רפאים שהצליחו לחדור לגשר השערים הבין-גלקטי.

טיילה רואה את קיינן, אבי הילד שהיא נושאת בבטנה, בחזיונות שבהם הוא קורא לעזרתה ורומז איך לחפש אחריו. במקביל מנסה הצוות להבין מהי המגיפה החדשה שהורגת בני אדם בכוכבים שונים.

ד"ר בקט עובר סדרה של בדיקות כדי לגלות איך יתכן שהוא חי, ואם הוא אכן עצמו או העתק כלשהו. הניסיון למצוא את טיילה השבויה נמשך. בקט מוביל כוח חילוץ לאחד המתקנים של מייקל, שבו לפי המידע מוחזקת טיילה.

שפרד מוצא את עצמו הרחק בעתיד בגלל תקלה. סביבו אטלנטיס נטושה ומקיף אותה רק חול במקום אוקיינוס. מה שנותר הוא הולוגרמה מתקדמת של ד"ר מקיי, שהשאיר אותה כדי לעזור לשפרד לחזור אל ההווה.