Atlantis pokušava izbjeći satelitsko oružje replikanata. Dr. McKay i dr. Keller moraju donijeti tešku odluku o ozlijeđenoj Elizabeth Weir.

Ekipa pukovnika Shepparda planira smiono infiltriranje na asuranski planet kako bi ukrali opremu koja će pomoći Atlantisu da se pokrene.

Neki stari Rononovi drugovi govore o tome kako su preživjeli pad Satede. No Samantha odbija da ih pusti na brod.

Sheppard nenamjerno na Atlantis prima neobičnu kristalnu vrstu koja ima sposobnost ulaziti u umove ljudi i izazivati noćne more.

Shepparda zarobi rasa ljudi koja ga žele iskoristiti da aktivira ratni brod Drevnih.

Smrtonosna infekcija izazove gubitak pamćenja kod ključnih članova ekipe Atlantisa. Teyla i Ronon moraju naći lijek.

Tijekom posjeta Novoj Atoziji, Teyla i dr. Keller nađu se u bijegu od primitivnog ratničkog plemena, a Teyla dolazi do šokantnog otkrića.

Ekipa susreće čovjeka s neobičnim proročanskim sposobnostima koji im da mračno predviđanje budućnosti Atlantisa.

Nakon što McKaya i njegovu sestru Jeanie Miller otmu na Zemlji, Sheppard i Ronon moraju potražiti pomoć NID-a kako bi ih pronašli.

Neobičan dron sudari se s Atlantisom pa ekipa posumnja da su replikanti možda locirali grad… Ili su već među njima?

Nakon bitke s replikantima, ekipa Atlantisa saznaje neke važne informacije dok spašava oštećeni matični brod.

Medicinska uzbuna blokira Atlantis, zarobivši ključno osoblje s neočekivanim ljudima u različitim dijelovima grada.

Sheppard i McKay susreću se s opasnošću dok prate princezu na putu da postane kraljica.

Sheppard se vraća na Zemlju gdje dozanje da su znanstvenici stvorili replikant u ljudskom obliku koji je sada pobjegao.

Pukovnik Carter pridružuje se dr. McKayu i dr. Keller na zadatku da uvjere ljude da se presele iz svijeta poharanog potresima.

Pukovnik Carter poziva Teal'ca na Atlantis kako bi savjetovao Ronona, a Wraithi otkrivaju novu, potpuno funkcionalnu svemirsku postaju Midway.

Bolest se širi galaktikom Pegaz, a Teyla vjeruje da otac njezina djeteta pokušava komunicirati s njom.

Teyla planira odvažan bijeg iz Michaelova tajnog postrojenja, dok Keller istražuje podrijetlo Beckettova dvojnika.

Sheppard se nehotice transportira 48.000 godina u budućnost kad je Atlantis potpuno napušten i okružen pješčanim dinama.