Due astronavi Alveari Wraith hanno catturato McKay e Ronon e si dirigono verso la Terra. Sheppard è nascosto nel suo 302 in prossimità di una dei vascelli e viene contattato da Michael che gli offre il suo aiuto.

Dopo aver tramutato l'equipaggio di una nave alvare Wraith in umani, Atlantis deve decidere del loro destino. Nel frattempo la dottoressa Weir attende la valutazione dell'IOA.

Lucius, un uomo incontrato su un altro pianeta e venerato come un eroe nonostante sia una persona del tutto comune, ha uno strano effetto sui membri della spedizione di Atlantide. Tutti, eccetto Sheppard, cominciano a trattarlo come una specie di superuomo e ad accordargli totale fiducia.

Sheppard, Teyla e Ronon vengono attaccati e catturati su un pianeta dagli abitanti di un villaggio che anni addietro ha offerto asilo a Ronon. Il villaggio subì le conseguenze della sua ospitalità venendo distrutto dai Wraith.

La Dottoressa Weir si unisce al team esplorativo per incontrare una civiltà che potrebbe discendere direttamente dagli Antichi.

Elizabeth si risveglia in un ospedale psichiatrico in Washington D.C. e il suo dottore le dice che gli ultimi tre anni della sua vita sono soltanto frutto della sua mente, rimasta traumatizzata dalla morte di Simon.

John Sheppard viene catturato da Kolya il quale cerca vendetta e pretende di scambiare John con Ladon, l'attuale leader degli Genii.

Durante una missione su un pianeta, Sheppard, Ronon e Carson subiscono gli effetti di un macchinario Wraith che altera le percezioni sensoriali e rischiano di uccidersi l'uno con l'altro.

Mentre stanno effettuando un test di efficienza per il Ponte Intergalattico McKay-Carter (una catena di Stargate che permette di viaggiare dalla Galassia di Pegaso alla Via Lattea in trenta minuti), il team scopre una nave degli Antichi che sta viaggiando a velocità luce.

Il Generale O'Neill e Richard Woolsey, rimasti ad Atlantide per negoziare con gli Antichi, rimangono intrappolati in città dopo che i Replicanti hanno lanciato un attacco uccidendo i loro creatori. Sheppard, Weir, Carson e McKay rubano un Jumper che si trova all'SGC e partono per una missione di salvataggio.

Le balene che abitano gli oceani di Lantea (il pianeta dove si trova Atlantide) migrano verso la città. Teyla è la prima a subire gli effetti devastanti delle loro onde sonore che minacciano di uccidere gli abitanti. Tuttavia sembra che le balene stiano cercando di comunicare con gli umani per avvertirli di un pericolo...

Il team si reca su un pianeta per indagare la leggenda locale che parla di un supereroe dai poteri incredibili. Una volta arrivati in città, Sheppard e gli altri s'imbattono in una vecchia conoscenza: Lucius.

McKay e Zelenka stanno perlustrando la città per spegnere tutti i sistemi secondari attivati dagli Antichi quando hanno ripreso possesso di Atlantide.

Per trascorrere il tempo, Sheppard e McKay si sfidano con un gioco scoperto al tempo del loro arrivo in città, una sorta di gioco di strategia in tempo reale. Tuttavia, ben presto scoprono che quello che sembrava essere un innocuo divertimento è in realtà un elaborato esperimento scientifico.

La squadra scopre una stazione spaziale costruita all'interno di un meteorite in orbita attorno a un pianeta disabitato. McKay mette in funzione i sistemi e si scopre che i sopravvissuti del pianeta si trovano in sospensione animata all'interno di un macchinario.

La squadra si gode un giorno di relax e ognuno si dedica alle sue attività preferite. Disgraziatamente la serenità dura poco e la città viene devastata da un'esplosione.

La squadra si reca in missione nelle profondità oceaniche sotto la città per esplorare un complesso geotermico degli Antichi. Una volta arrivati all'interno del laboratori, Teyla avverte una presenza, anche se i sensori non indicano nessun segno vitale.

Atlantide ha perso i contatti con i Taraniani e dopo aver perso i contatti anche con la squadra di ricognizione, Sheppard e il suo team decidono di indagare sulla situazione.

Ad Atlantide arriva il Colonnello Abe Ellis al comando della nuova astronave Terrestre, la Apollo. Ellis è al capo di una missione per operare un attacco preventivo ai Replicanti. Elizabeth è convinta che si tratti di un errore che potrebbe scatenare una minaccia terribile per Atlantide, ma i suoi dubbi non sono tenuti in considerazione.