レイス側の裏切りにより、彼らを人間にする作戦は失敗に終わった。母船は、レトロウィルスを仕掛けるために乗り込んでいたマッケイとロノンを乗せたまま、ハイパースペースに突入。シェパードもそれを追いかける……。一方、地球からの呼び出しを受けたウィアーは、今回の作戦の責任を問われるのだった。

シェパードたちは、母船を奪取して帰還した。しかし、引き連れてきたレイスたちの処遇が問題となる。レイスは人間化しているものの、ウィルスの効果は未知数。アトランティスに置いておくわけにもいかず、結局、別の惑星に移すことになった。医師としての責任を感じたベケットは、惑星にひとり残って経過を観察する。

とある小さな村で、シェパードたちはルシアスという男に出会った。彼は「宇宙で一番賢くて優しい男」として村人から慕われ、特に彼の作った薬はよく効くことで評判だという。しかし、ルシアスはパドルジャンパーをほしがるなど、執拗に交易を迫ってくる。不信感を抱いたシェパードたちは、早々に立ち去るが……？

探査機からの映像をチェックしていると、画面に研究施設らしきものと人が映し出された。友好関係を築くため、ウィアーたちはゲイトをくぐる。ところが、そこにあったのはアトランティスとそっくりの街。出迎えたニアムによると、彼らはエンシェントの子孫であり、レイスとの戦争で意見が分かれて分裂した一派だという。

目覚めたウィアーは、見知らぬ病室にいた。主治医のフレッチャーによると、ここはワシントン郊外にある精神病院で、彼女は国連の条約調停会議のスピーチ中に倒れ、運び込まれたという。フレッチャーはウィアーがアトランティスに駐留していたことを知らず、不審に思ったウィアーはオニール将軍を呼ぶが……？

ジェナイからの情報で向かった惑星で、シェパードはコリヤに捕らえられた。クーデターを狙うコリヤは、シェパードの命と引き替えにラドンの身柄を要求するが、ジェナイの内乱を避けたいウィアーは別の解決策を見出そうとする。するとコリヤは、捕虜のレイスにシェパードの生命を吸わせ、ウィアーに回答を迫るのだった。

自宅で娘と遊んでいたひとりの女性。ふと何かを思いついた彼女は、大がかりな数式を書き始めた。やがて、彼女の家をカーター中佐が訪れる。数式は、人類を救う世紀の大発見だったのだ……。女性の名はジニー・ミラー。マッケイの実の妹であり、結婚して家庭に入る前は兄と研究を競い合うほどの優秀な物理学者だった。

惑星探査に出たレオナルド少佐のチームが消息を絶った。捜索に向かったシェパードたちは、現地で複数の白骨化した遺体を見つける。何らかの理由で、仲間同士で殺し合ったらしい。捜索を続けると、森の中に小さな洞窟があった。その奥からは、レオナルド隊が調査していたらしい謎のエネルギーが発生していた。

アトランティスのエネルギーが枯渇した。地球との行き来は不可能となり、アトランティスと地球との間に中継ステーションが設けられた。ところが、その運用テスト中にエンシェントの戦艦が出現。かつてのレイスとの戦闘で破損し、宇宙をさまよっていたという。ウィアーたちは彼らをアトランティスに招き入れるが……？

アトランティスは、レプリケイターに乗っ取られた。現地にいたオニール将軍とウールジーはレプリケイターたちの目を逃れ、都市内に潜んでいる。一方、シェパードたちは、ランドリー将軍の帰還命令を振り切ってアトランティスへ。オニールと連携してアトランティスを取り戻すべく、作戦を立てる。

テイラは、白いドレスを着た謎の女性が通路を歩いているのを目撃した。女性は意味不明の言葉を発しながら、こちらへ向かってくる。そして、いまにもぶつかりそうになった瞬間、幽霊のごとくテイラの体を通過してしまった。ところが、その光景はテイラにしか見えていないらしい。この不思議な現象の正体とは……？

ある町に英雄がいると聞き、調査にやって来たシェパードたち。しかし、英雄とはルシアスのことだった……。彼はこの町でも人気者だったが、彼の語る武勇伝は嘘ばかりで、得意の薬を使った形跡もない。怪しむシェパードたちを前に、ルシアスは自分の力を見せつける。なんとルシアスは不死身の体になっていたのだ！

節電のため、アトランティス内の不要な装置を止めることになった。その作業中、ある装置の操作盤に触れたマッケイは、装置から発生した謎のパルスに直撃されてしまう。健康診断の結果、体に異常はなかった。しかし、マッケイは遠くの話し声が聞こえたり、念じたことが現実になるなど、次第に超能力を発揮するようになる。

ローン少佐からの報告で、軌道上に複数の人工衛星を浮かべている惑星が発見された。地上の住民の暮らしぶりからは、それほど高度な科学技術を持っているようには感じられない。しかし、驚いたことに、町内に掲げられた国旗にはマッケイの顔がプリントされている。マッケイは、その旗に心当たりがあった……。

シェパードの操縦するシャトルは、墜落寸前だった。その8時間前、彼はマッケイたちと、ある月の地中に作られた古い施設を調査していた。奥にはひとりの男が倒れており、ヘリックと名乗る。かつて彼は仲間たちとともにレイスと戦っていたが、敗色濃厚となり、レイスの転送技術でこの施設に長期保存されていたという。

医師の指示により、アトランティスは一斉休暇に入っていた。この日、シェパードはロノンとゴルフに興じ、ベケットはマッケイを釣りに誘うなど、それぞれの休日を楽しんでいた。しかし、食堂付近で爆発が起き、居合わせたテイラは重傷を負ってしまう。爆発の原因は装置の故障ではなく、爆弾によるものだというが……？

ウィアーたちは、海底の地熱掘削基地を探していた。基地は移動式で探索は難航するものの、稼働させれば無限の動力を得られる可能性もあり、ウィアーは大きな期待を寄せる。基地はやがて発見され、内部の調査が始まった。しかし、レイスの気配を感じたテイラは、その存在を確認するため、レイスとの意識交信を申し出る。

タラニス人と連絡が途絶えてから数ヶ月が経っていた。調査に行ったシェパードたちは、村の地下に生命反応をキャッチする。地下には何かの施設があり、一室には空のマユが残されていた。さらに探索を続けると、タラニス人が大量死しているのが発見される。死者たちの首には傷があり、シェパードはその傷に見覚えがあった。

レプリケイターが船を大量に建造していることが判明した。目標は地球と見られるため、直ちに奇襲作戦が展開されることになった。作戦の指揮を執るのは、地球から来たエリス大佐。核弾頭で船を爆破するという作戦に、ウィアーは中途半端な先制攻撃は危険だと警告する。しかし、エリスは作戦を強引に推し進めていく……。