Después de que los Wraiths traicionaron a la expedición, comienzan su viaje a la Tierra con McKay y Ronon a quienes tienen capturados. Mientras tanto, Elizabeth deberá responder a la IOA por sus acciones durante la alianza con los Wraiths y Sheppard deberá evitar que las Colmenas lleguen a la Tierra, a toda costa.

El equipo tuvo éxito en usar el retro-virus para convertir a toda la tripulación de la Colmena en humanos, y los llevan a un planeta sin Stargate convenciéndolos que están enfermos, pero los Wraiths comienzan a sospechar de la historia que el equipo les ha dicho. Mientras tanto, Richard Woolsey llega a Atlantis a ver si la Dr. Weir está capacitada para continuar como líder de la expedición.

Ronon es capturado en otro planeta, donde por su llegada ahí cuando era corredor les llevó a los Wraith, y sus captores lo entregan a los Wraiths quienes los regresan a su planeta natal. Una vez ahí, es cazado por su pasado ya que una vez más es forzado a convertirse en la presa. Testigos de su captura, el equipo de Sheppard se dirige a Sateda para ayudarlo, pero el testarudo orgullo de Ronon no los permitirá hacerlo, ya que quiere matar el mismo al Espectro causante de todo esto.

Weir y el equipo visitan una avanzada civilización que se separó de los Antiguos de Atlantis hace miles de años, y son asombrados por su vasta cantidad de tecnología sin ningún problema relacionado con los Wraiths. Pronto descubren que puede que no sean Antiguos y ni siquiera orgánicos.

La Dr. Weir despierta en una clínica psiquiátrica a las afueras de Washington D.C. solo para descubrir que Atlantis es solo una fantasía. Pero luego de una serie de pesadillas, no le toma mucho darse cuenta de que las cosas no son lo que parecen, y está determinada a regresar a la ciudad.

El Col. Sheppard es capturado por su antiguo némesis, Kolya, quien planea intercambiar a Sheppard por Ladon Radim, líder de los Genii. Para ayudar a persuadir a la Dra. Weir, Kolya usa a un Wraith capturado para que se alimente de Sheppard una y otra vez. Para escapar, Sheppard deberá aliarse con el único que tiene la misma meta que el, el Wraith.

En algún lugar de la Tierra, una joven ama de casa ha escrito una teoría que podría traer grandes beneficios para Atlantis. Esta mujer es la hermana de Rodney McKay quien dejo la carrera de científica para tener una familia, cuando el logra persuadirla de ir a Atlantis, otro Rodney llega de una realidad alterna. Y trae malas noticias.

Mientras buscan a un equipo desaparecido, Sheppard y compañía encuentran un aparato de alucinaciones de los Wraiths, después de unas horas de examinarlo, McKay determina que el aparato es muy peligroso. Cuando tratan de irse, el DHD explota, dejando al equipo a merced del aparato.

Durante la primera prueba del Puente intergaláctico, el equipo descubre una nave de batalla de los Antiguos en el extremo de la galaxia y regresan a los Antiguos a Atlantis, solo para descubrir que quieren que la expedición abandone la ciudad en 48 horas. Luego deberán encontrar la forma de regresar cuando los Asurans invadan.

El General Jack O'Neill y Richard Woolsey son capturados por los Asurans durante el ataque a la ciudad, por lo que Sheppard, Weir, Beckett, y McKay desobedecen órdenes y regresan a la Galaxia Pegaso reclutando a Teyla y a Ronon para retomar Atlantis, sin destruirla en el proceso.

Comenzando con Teyla, todos empiezan a ver fantasmas de los Antiguos, provocadas por los ecos emitidos por las ballenas que rodean la ciudad, aunque al principio pensaron que eran los fantasmas que advertían sobre las ballenas, que llegaron en cientos. Cuando los efectos secundarios se agravan, McKay descubre que los Antiguos trataron de enseñarles a las ballenas su lenguaje, y ahora están tratando de advertir a la expedición y refugiarse con ellos de una turbulencia en el Sol del planeta que causaría un gran daño en el mismo y en sus habitantes. Pero al final lo evitaran llevando al Dedalus entre el sol y el planeta protegido por su escudo.

Lucius Lavin, esta con sus viejos trucos de nuevo. Usando un escudo personal de los Antiguos se hace pasar por un héroe, pero necesitara la ayuda del equipo cuando Acastus Kolya aparece para encargarse de él personalmente, hasta que descubre que Sheppard está en el planeta.

McKay adquiere poderosas habilidades mentales a través de un aparato de la ciudad. Nada parece andar mal, y después de descubrir varias nuevas habilidades, él lo toma como una bendición. Pero cuando su cerebro comienza a evolucionar rápidamente, deberá elegir entre morir o ascender.

El equipo del Maj. Lorne descubre un planeta que aunque tienen satélites avanzados, son de solo de la edad media y, más curioso aun, tienen una bandera con la cara de Rodney Mckay. Es por eso que descubren que , un experimento de los antiguos que confundieron con un video juego que Sheppard y McKay jugaban. Resulta que han estado controlando de cierta forma a esas personas a través de la serie de satélites de los Antiguos, y ahora en cierta forma por culpa de Rodney y Sheppard están al borde de la guerra.

El equipo del Coronel Sheppard descubre una estación especial donde los últimos de una raza de humanos permanece en estasis. Pronto descubren, que toda la población está en peligro cuando la estación es dañada después del suicidio de uno de los residentes.

En las veinticuatro horas del día libre de la expedición, una explosión mata a tres personas y deja a muchas más heridas. Después de un análisis, McKay descubre que un aparato de los antiguos utilizado contra los Wraith, pero como muchos otros, salió mal, les ha provocado a dos personas tumores explosivos, habiendo explotado el primero. Beckett trata de quitar el otro, con éxito, pero al dejar el tumor con un especialista en explosivos, explota, el resultado será la pérdida de un importante miembro de Atlantis.

Cuando descubren una plataforma de perforación de los Antiguos en el fondo del océano dando la posibilidad de una alternativa a los MPCs, el equipo comienza la búsqueda de la plataforma. Durante su visita, son emboscados por un viejo y hambriento enemigo, una Reina Wraith con 10,000 años.

Ahora que los Wraiths lo ven como una cosa extraña, Michael ha estado experimentando con insectos Iratus, creando monstruos para protegerse y crear un ejército para dominar la galaxia. Cuando el equipo encuentra uno de sus laboratorios son atacados por muchas de estas criaturas.

Cuando el Apollo llega desde la Tierra, lanza un preventivo ataque contra los Asurans cuando se descubre que están construyendo una flota de naves. Cuando la armada es destruida, un arma satélite aparece sobre la ciudad, y al principio decidirán sumergir la ciudad para protegerla o, al menos ganar tiempo para realizar un plan. Pero no resulta muy bien y deciden salir del planeta usando un asteroide que intercepte el rayo momentáneamente para salir seguros, pero debían desactivar los escudos momentáneamente para tener propulsión, y en esos momentos el rayo roza una torre, hiriendo a muchos. Luego inesperadamente el motor hiperespacial falla y se pierden sin saber como regresar.