V hyperpriestore sú dve wraithské materské lode, ktoré sa blížia k Zemi. Na jednej z nich je však stále Rodney, Ronon a Sheppard, ktorý s X-302 pristál pri trupe lode. Dr. Weirová preto nariadi na lode zaútočiť Orionom a Daedalom. Nebol by to však McKay, keby neprišiel s nejakým nápadom, ako lode sabotovať ...

Sheppard a jeho tím skúmajú ďalšiu planétu. Tam sa stretnú s mužom menom Lucius Lavin, ktorého všetci v jeho dedine zbožňujú a milujú. Je známy ako obchodník s prírodnými liekmi, a tak Johnovi ponúkne, či by nemohol ísť s nimi na Atlantídu. Po príchode do strateného mesta začne mať Lucius na všetky vplyv - na Carsona, Zelenku, Weirovú aj na ostatných. John mu však nedôveruje a preto sa vracia na planétu, kde zisťuje, že jeho ľudom Lucius veľmi chýba a sú smutní...

Sheppardov tím je na jednej misii napadnutý, Rodneymu sa podarí utiecť na Atlantídu, avšak zvyšok tímu je zajatý. Dedinčania sú nepriateľskí obzvlášť k Rononovi, ktorý si uvedomí, že už tu vlastne raz bol. Skôr, keď mal ešte implantované wraithské sledovacie zriadenie, priviedol do tejto dediny nechtiac Wraithov. Dedinčania si želajú pomstu, a tak chcú Ronona vydať Wraithom, ktorí im výmenou za neho sľúbili ušetrenie ich planéty...

Sheppardov tím prechádza bránou na ďalšiu misiu a zistí, že sú na ďalšej z antických základní. Vyzerá to, že na planéte žijú Antikovia. Prichádza teda aj dr. Weirová, ale pri odchode tímu zistí Oberoth, vodca rasy Asuranov, že ľudia pochádzajú z Atlantídy. Nechá ich teda zajať. John a jeho tím zistia, že Asuranov vyvinuli Antikovia pre boj s Wraithami, lenže celý experiment sa im vymkol z rúk a rozhodli sa teda Asuranov vyhladiť. Asurania sú vlastne ľudskí replikátor a chcú teraz Atlantídu kvôli pomste zničiť...

Jedného krásneho rána sa dr. Elizabeth Weirová prebudí v psychiatrickej liečebni na Zemi. Nevie, ako sa sem dostala a kde je zvyšok jej tímu z Atlantídy. Je jej povedané, že všetko, čo podľa nej posledných pár rokov prežila, je len výmysel jej predstavivosti a fantázie. Atlantída nikdy neexistovala, nikto nič nevie ani o hviezdnej bráne a cestovaniu medzi planétami. Všetko je vraj zapríčinené nadmerným stresom a zrútením Elizabeth. Je len na nej, či tomu uverí alebo nie...

Na jednej z ďalších misií je Sheppard tím vlákaný do pasce. Z nej sa podarí všetkým utiecť a dostať sa späť na Atlantídu, iba John uviazne. Je zachytený kolesami a uväznený. Kolya kontaktuje Atlantídu a chce vykonať výmenu - vodca Genijov Ladona chce vymeniť za Shepparda. Lenže naráža na problém, Weirová s výmenou nesúhlasí. S tým však Kolya počítal a tak necháva priviesť uväzneného Wraitha, ktorý sa na Johnovi začína kŕmiť. Kolya dáva Atlantíde ultimátum, inak Sheppard zomrie. John má našťastie tuhý korienok, lenže dlho už nevydrží...

Jeanie Millerová, sestra Rodneyho McKaya, príde na matematický dôkaz, ktorý by vyriešil problém s časticami. Rodney teda cestuje na Zem, aby ju navštívil. Tam ju prehovára, že tento dôkaz je veľmi dôležitý a chce po nej, aby s ním odišla na Atlantídu. Keď je spoločne s McKayom prenesená na palubu Deadala, je to pre ňu šok. Jeanie sa dozvie o hviezdne bráne a Atlantíde. Po prílete na Atlantídu sa jej, Rodneymu a Zelenkovi podarí úspešne spustiť komoru, ktorá čerpá energiu z alternatívneho vesmíru. Všetko prebieha bez problémov, lenže zrazu sa vo vnútri komory objaví ďalší McKay z paralelného vesmíru...

Tím majora Leonarda je na misii na jednej planéte, lenže sa už dlho neohlásili. Atlantída teda vysiela Sheppardov tím, ktorý spoločne s dr. Beckettom majú zistiť, čo sa stalo. Na planéte nájdu niekoľko mŕtvych géniov, troch mŕtvych členov Leonardovho tímu a videokameru. Keď sa pozrú na záznam zachytený na kamere, nestačia sa diviť - vrahom členov Leonardovho tímu je sám Leonard. McKay zachytí nejaký energetický signál, ktorý vydáva záhadné wraithské zariadenie. Všetci z tímu začnú mať halucinácie a vidiny...

McKay je na palube Deadala a chce vyskúšať medzigalaktický most, ktorý spoločne s Carterovou vymyslel. Ide vlastne o to, že medzi Zemou a Atlantídou je umiestnených viac ako 30 brán a cestovanie z jedného miesta na druhé ide ľahko a rýchlo. Pri teste sa však objaví na blízku nejaká cudzia loď. Rodneymu sa podarí loď kontaktovať. Tá je antického pôvodu a na palube sa nachádzajú Antikovia. Majú však nejaké problémy s hyperpohonom, preto požiadajú, aby ich Daedalus prepravil na Atlantídu. Po prílete do strateného mesta Antikovia chcú, aby expedícia opustila Atlantídu, že už sa o mesto postarajú sami...

Atlantída je pod vedením Antikov. V meste sa nachádza aj gén. O'Neill a Richard Woolsey z I.O.A., ktorí majú s Antikmi vyjednávať. Lenže mesto je napadnuté replikátormi. Tím pplk. Shepparda spoločne s dr. Weirovou a dr. Beckettom sa aj napriek zákazu SGC vracia jumperom pomocou medzigalaktického mosta späť na Atlantídu. McKay dostane nápad, ako replikátorov v Atlantíde zlikvidovať. Chce využiť Niama - replikátora, ktorý sa pohybuje na obežnej dráhe.

Na Atlantíde sa zdá byť všetko v poriadku, kým Teyla nezačne mať zvláštne vidiny. Keď sa prechádza mestom, z ničoho nič vída antickú ženu, ktorá hovorí divnú rečou, a popáleného antického pilota. Nikto jej najskôr neverí, vyšetrenie tiež nič neukážu, lenže neskôr majú vidiny aj ostatní členovia expedície na Atlantíde. Pod vodou sa k mestu tiež začnú približovať stovky veľrýb. Čo majú tie dve zdanlivo rozdielne veci spoločné?

Athosianovia Teyla povedali, že na jednej planéte žije superhrdina, ktorý sa postavil niekoľkým ozbrojeným mužom a všetkých ich premohol. Sheppardov tím sa teda vydáva na danú planétu. Tu však zistí, že oným hrdinom je ich starý známy Lucius Lavin, ktorý aktivoval antický osobný štít. Lenže na planéte sa objaví ešte niekto, koho všetci poznajú - genijský veliteľ Kolya. Problémy na seba nenechajú dlho čakať...

Vedci na čele s Rodneym McKayom prechádzajú mestom a snažia sa vypnúť všetky nepotrebné zariadenia, ktoré Antikovia na Atlantíde aktivovali. Lenže Rodney je náhle zasiahnutý energetickým výbojom z nejakého zariadenia. Všetko vyzerá v poriadku, ale potom McKay zistí, že má nové schopnosti - počuje všetko, čo sa len šustne, ovláda telekineziu a vie čítať myšlienky. Weirová pomáha s prekladom antických textov spojených s prístrojom. Dozvedá sa, že sa Rodney musí povzniesť, inak zomrie...

Po príchode na Atlantídu objavili McKay so Sheppardom záhadnú hru, ktorú začali hrať. Jednalo sa vlastne o real-time stratégiu - každý z nich sa staral o národ na imaginárnej planéte. Aspoň si mysleli, že imaginárnej. Jedného dňa totiž tím majora Lorna navštívi planétu, kde má jeden národ na vlajke tvár McKaya. Planéta totiž bola súčasťou antického sociologického experimentu, ktorý si však McKay so Sheppardom vyložili inak. Medzi národmi sa vedú spory, ktoré môžu vyústiť vo vojnu. Tomu sa však musí za každú cenu zabrániť...

Sheppardov tím preskúmava vesmírnu stanicu zasadenú vnútri malého mesiaca. Po reštarte počítača sa zistia, že sa vo vnútri stanice nachádza ešte niekto ďalší, počítač totiž detekuje známky života, aj keď tu predtým žiadne neboli. Ďalším človekom na stanici je Herick, ktorý mal za úlohu zachrániť niekoľko tisíc svojich ľudí pomocou wraithskej transportnej technológie práve pred Wraithami. Lenže niečo sa pokazilo a tak tu uviazol tiež. Tím sa mu snaží pomôcť...

Je krásna slnečná nedeľa a všetci v expedícii na Atlantíde majú mať voľno. Aspoň to nariadila dr. Heitmayerová, pretože si každý musí odpočinúť. Elizabeth prijme pozvanie na obed od jedného z vedcov, McKay má schôdzku s Katie Brownovou, nechce sa mu totiž s dr. Beckettom na ryby. Sheppard je s Ronon, dr. Radek Zelenka hrá s niekoľkými súpermi šach a Teyla sa len tak prechádza po meste. Lenže zrazu sa ozve strašná rana, ktorá nedeľný pokoj preruší. Explózia v časti mesta zraní niekoľko ľudí vrátane Teyla, lenže to nie je posledná smutná udalosť...

Vedci na Atlantíde zistia, že sa niekde na dne oceána nachádza geotermálna vrtná stanica. Tú by mohli použiť, ako zdroj energie. Preto sa Sheppardov tím, dr. Weirová a niekoľko ďalších vedcov "nalodia" na jumpery a vydajú sa stanicu hľadať. Keď ju nájdu a začnú ju preskúmavať, Teyla vycíti prítomnosť wraithov. Senzory však žiadne známky wraithov neodhalia. Teyla, aby dokázala, že má pravdu, sa pokúsi s wraithským návštevníkom spojiť. Lenže je ovládnutá wraithskou kráľovnou a zraní niekoľko ľudí. Kráľovná sa do oceánu zrútila počas vojny wraithov s Antikmi.

Sheppard, Ronon, McKay a Teyla cestujú na jednu planétu, z ktorej sa im už dlho nikto neozval. Zdá sa im to preto divné. Keď dorazia do osady, nikde ani živej duše, až na jedného - McKay totiž objaví jednu známku života v podzemí. Zostupujú teda do podzemných chodieb, kde nájdu veľa zavraždených a zmasakrovaných tiel obyvateľov dediny. Tiež zazrú nejaké stvorenie, ktoré až nápadne pripomína obrovské Eratruské chrobáky. Zistia, že Wraith, ktorého sa snažili "poľudštiť" - Michael - tu na planéte vykonával experimenty...

Plukovník Abe Ellis prilieta na Atlantídu s novou pozemskou loďou Apollo. Zaobstarali totiž zábery rozostavaných replikátorských lodí, ktoré sa určite pripravujú k útoku na Atlantídu. V tom sa im musí zabrániť, a tak je naplánovaný útok jadrovými bombami. Ten je úspešný, lenže potom na orbite planéty, kde je stratené mesto Atlantída, prilieta satelit, ktorý má aj hviezdnu bránu. Tá sa aktivuje a skrz ňu je na Atlantídu vyslaný silný energetický lúč. Mesto okamžite aktivuje štíty, tie ale nevydržia večne...