Michael带领的一群Wraith突然改变合作的主意进攻 Atlantis军事小队被俘。但Michael受到女王的歧视在 Sheppard的纵容下叛变了Wraith，协助脱险后的军事小组向 Wraith母舰释放转化药物。Wraith除女王无法转变而被杀死外，其他的都被转化为人类 ，母舰也被缴获。同时Weir回地球接受调查。

转化后的Wraith被隔离到一个没有星门的星球上治疗，但 Michael再次发现自己没有过去并开始怀疑自己是Wraith。 知道自己底细后的Wraith开始对付人类，并向其他Wraith发出求救信号。Wraith派出母舰营救Michael，Atlantis派出缴获的Wraith母舰前去解围，但缴获的Wraith母舰因故障无法精确使 用能量武器。当Odysey赶到后缴获的Wraith母舰已和敌舰同归于尽，Sheppard等驾驶 Jumper逃离。同时地球IOA派出代表到Atlantis调查科考队。

Sheppard等人为了寻求更快的回地球所需要的星门到了一 个星球，Lucius想用他的药物来交换Jumper，Sheppard觉得他居心叵测，回到Atlantis后派出Beckett医生去调查，而Beckett 医生却擅自把Lucius带回了Atlantis。除了Sheppard因感冒没被感染外其他的全成了Lucius的‘粉丝’。原来Lucius的药物是一种专门泡妞的迷药，Sheppard劫持了Beckett医生并用事实说明真相。最后在Beckett 医生的努力下，利用Lucius想修改基因而解除了他的药物功效。

Ronon被出卖给 Wraith，Wraith得到 Ronon后杀死了该星球 上的居民。Ronon则被 放上追踪器再次给Wraith当靶子送回到他的故乡Tia星球。Sheppard带来军事小组协助Ronon杀死了猎杀Ronon的Wraith，解救Ronon回Atlantis。

Weir跟随Sheppard的队伍前往前哨站所在的星球Asuras---一 个居住着几百万人的星球。没多久队伍就认定他们就是未升天的古人，但后来队伍发现他们其实是古人研制的、进化了不受控制的复制者。当Atlamtis的古人发现他们的实验失控的时候就用舰队袭击了这个新种族，几乎全部消灭了他们。 Weir大吃一惊，她猜测这个古人的实验也许与在银河系里SG1与之战斗的复制者的起源有关。复制者是由一个神秘科学家创造的机器人制造出来的（见SG-1 5.19:"Menace"那集)， 而这个神秘科学家很可能就是在幽灵战争战败后回到银河系的Atlantis古人。这些复制者最后进化成了人形由数十亿 计的Nanite所构成。后来利用其中一复制者想掌握升天技术的弱点，当复制者的城市级飞船准备毁灭Atlantis的时候使ZPM过载城舰被毁。队伍乘Jumper逃脱。

Weir在华盛顿附近的一家疗养院醒了过来，在受害者身上发生的悲剧严重影响了她的情绪。不久她见到了Fletcher医生，一个富有同情心的男人，是他负责治疗Weir的精神问题。Weir意识到她已经在紧张性精神症的状态中度过好多天了。当她把自己所知道的有关Atlantis的一切告 诉Fletcher后她被强烈地震惊了，原来她的探险队以及星门计划等的一切全都是她所幻想出来的虚幻东西。Weir开始怀疑是什么地方出了差错，她的怀疑最终被证实她周围的一切只是个通过催眠而制造出来的假象。

Sheppard在一个星球被一个Genii指挥官截住，这个幽灵在这个星球很多年了。Kolya利用Sheppard向Atlantis提出交换Genii首领的要求。Atlantis多次派队伍救援无效。之后Sheppard和幽灵结成逃亡联盟试图逃脱。

Mckay的妹妹Jeanie，早在第一季第13集“Hot Zone”中Mckay就说过他有个妹妹。现在Mckay要回到地球与他那疏远的妹妹团聚了。Jeanie跟Mckay一样的有才气但她对物理学的看法有点左。当她还在大学里的时候就怀孕了，决定去做一个母亲对她真的很重要，为此她放弃了自己的一部分生活。Mckay当然没有忘记她的这些。他私下觉得她甚至比他更有才华。Mckay去看望他的妹妹Jeanie以及她的丈夫和女儿。他们真的不知道怎么对待他，因为在过去兄妹俩曾有 过吵嘴的不愉快历史，而Jeanie也有着来自Mckay的众所周知的坏毛病骄傲、自负、固执。Mckay希望她能离开去帮助自己几个月的忙因为至少她和他一样能干。

Sheppard的队伍将返回A城但是有人在星门上做了手脚使得他们不能回去。紧接着他们开始交火，但幽灵的技术却对Sheppard 产生了影响，接着他们的行为开始变得古怪。在这之后甚至连整个队伍都感觉到了不可思议的幻觉。

McKay在做星门跳跃测试的时候发现一个可疑的飞行物，原来是当年离开Atlantis 的古人舰。他们被带回Atlantis后却提出收回Atlantis的管理权。探险队被迫返回地球，泰勒和Ronon则到了另 一个可居住的星球定居，仅留Jack O'Neill少将和Woolsey参议员作为地球人的代表协助处理地球和Atlantis的外交工作。

Asurans古人在一万多年前创造的一个人造生命形式的强大种族已经控制了Atlantis。Asuran人由兆级数目的微观nanite所构成，他们认为自己就是那种SG-1里的更晚的人形复制者的最初技术形式。为帮助Atlantis探险队，一个人前来完成这个艰巨的任务 - Jack O'Neill少将，他以前曾对付过复制者。但是当Asurans控制了Atlantis之后，O'Neill和Richard Woolsey发现了他们的俘虏应该就是A城里的人类。

Beckett目睹一些医护人员在为一个严重烧伤的人做手术，但是突然他们全都不见了。Mckay正在研究一个不明的、无法表述的滤波器，这个东西使得他们能讲一种已知的语言。

Sheppard带领队伍到了一个星球，在那里他们发现了一个村庄，Lucius居然又能赢得了村民们极大的好感，其中就有忠心的Amaris。原来这家伙这次是穿了一件古人的个人防护罩使他能刀枪不入战无不胜。可惜他为了骗取村民的信任雇佣了Genii政变失败的Cowen的个人卫队假装匪徒袭击再由他出面营救。

Rodney在开启一个不明了的古人装置的时候被一股神秘的电波击中，却具有了神秘的力量，使他能看懂并运算一些他平时根本无法了解的题目。

一支SGA小队在探索一个星球的时候发现该星球的上空规则的布满了正在工作的古人技术卫星，但星球上的人们却过着相对原始的生活，技术也比较落后。小队还发现星球上的人们把Rondey的像片当作神来供奉。原来这个星球是古人的一个试验场所。古人通过一个游戏装置指导该星球上的人们工作、生活等等。古人战败后该星球便停止利发展，是Sheppard 和Rodney无意中继续了古人的游戏。Sheppard和Rodney变成了该星球上两个国家共同的神。

SGA小队在探索一个行星的卫星时发现，该卫星里有一个幽灵装置存储了大量的该行星的人类。负责该装置的科学家恢复人形以后发现自己的妻儿均已死去，觉得万念俱灰准备与该装置同归于尽。此时该装置的能量已经快耗尽，另一个该装置的负责人出下策以Teyla作人质，要胁SGA小队协助修复该装置恢复这个星球的人。

这是Atlantis的一个平凡的星期天，Weir和她的手下一如往常一样处理着各种事务。一个很帅的年轻科学家Mike Branton在休息日里找到在办公室里正在工作的Weir想泡她。

Weir带领SGA小队和其他科学家乘Jumper来到深海的一座古人钻井平台准备进行研究工作。此时Teyla感觉到有Wraith的存在，可生物传感器却搜索不到。Teyla利用她特有的和Wraith作意识连接的本事进行尝试，却被Wraith控制‘她’破坏了平台的通讯等设施后才清醒过来。

地球新战舰Apollo的舰长Ellis上校带来了地球SGC的消息，自从上次被复制人攻占后，地球战舰Daedalus一直在复制人母星戒备。最近发现该星球上的复制人在制造大量的舰队，看样子这次不象是要袭击Aleantis，攻击目标可能是地球。SGC总部派他们和SGA小队一起行动，携带6枚核弹的‘地平线’运载火箭先发制人想炸平该星球。