Het team probeert wanhopig te voorkomen dat twee Wraith Hive-schepen de Aarde bereiken. Kolonel Sheppard is gedwongen om op een oude vijand te vertrouwen om zijn mensen McKay en Ronon te redden.

Het team van Atlantis moet het lot van een in mensen veranderde Wraith kolonie bepalen. Dr. Weir moet haar leiderschap van Atlantis verdedigen wanneer zij wordt geëvalueerd door de I.O.A. (International Oversight Advisory).

Sheppard en zijn team ontmoeten een irritante man die wordt aanbeden door iedereen dankzij een geheim dat hij bij zich draagt. Deze man heeft een onverwacht effect op hen.

Ronon Dex is gevangengenomen door de Wraith en teruggebracht naar zijn thuiswereld, waar hij wordt achtervolgd door zijn verleden, terwijl hij weer wordt gedwongen om hun prooi te worden.

Dr. Weir en het team bezoeken een geavanceerdere beschaving die duizenden jaren geleden afgesplitst is van de Lanteans. Het team ontdekt al spoedig dat deze beschaving ooit Atlantis op een niet vreedzame wijze heeft verlaten.

Elizabeth Weir wordt wakker in een instelling, waar men haar vertelt dat de expeditie naar Atlantis en de Stargate alleen maar in haar verbeelding bestaan.

Sheppard is de gevangene van een Genii commandant, samen met een Wraith die afgescheiden is van zijn Hive.

McKay wordt terug op Aarde herenigd met zijn zus, die een briljante wetenschapper was, maar haar carrière heeft opgegeven om een gezin groot te brengen.

Als Sheppard en Ronon bezig zijn met de missie om een vermist team te redden, worden hun gedachten gemanipuleerd door een Wraith apparaat.

De Atlantis expeditie is stomverbaasd als zij ontdekken dat een ruimteschip vol met Ancients onderweg is naar Atlantis om hun verloren stad terug te eisen.

Het team van Atlantis moet generaal O'Neill en Richard Woolsey redden wanneer zij gevangen worden genomen door de Asurans.

De Atlantis expeditie begint geesten te zien. De geesten worden veroorzaakt door vissen, die op walvissen lijken. Naarmate de walvissen steeds dichter bij komen worden de hallucinaties steeds erger. McKay ontdekt dat de Ancients de walvissen hun taal leerden. Misschien proberen de walvissen hen nu te waarschuwen.

Een man, genaamd Lucius Lavin, doet zich voor als een held op een planeet. Hij blijkt in bezit te zijn van een Personal Shield Emitter die gebouwd is door de Ancients. Hij trekt de aandacht van de Atlantis-expeditie, maar ook van Acastus Kolya.

McKay krijgt een ongeluk met een apparaat dat zijn DNA veranderd. Hij krijgt bovenmenselijke krachten en wordt steeds slimmer. McKay vindt het in eerste instantie geweldig, maar door de snelle evolutie van McKay kan zijn lichaam het niet aan.Hij moet een manier vinden om te overleven.

Majoor Lornes team ontdekt een planeet die hetzelfde is als de beschrijving van Kolonel Sheppard en McKays spel. Het blijkt dat het geen spel is, maar een sociaal experiment van de Ancients. De planeet staat nu op het punt van oorlog, door toedoen van Sheppard en McKay.

Kolonel Sheppard en zijn team ontdekken een ruimtestation van een volk dat vluchtte voor de Wraith. Het volk bouwde het ruimtestation om de laatste van hun volk te redden, maar als een zelfmoordaanslag het station ernstig beschadigt, komen niet alleen kolonel Sheppard en zijn team in levensgevaar, maar ook de laatst levende mensen van een planeet.

De Atlantis expeditie ontdekt een energieplatform op de bodem van de oceaan, dat misschien net zoveel energie kan leveren als een ZPM. Als kolonel Sheppard en zijn team het platform willen opstarten krijgen ze echter een onverwachts bezoek van een Wraith- koningin die er al duizend jaar lang blijkt te leven.

Michael heeft geëxperimenteerd met de Iratus-bug en heeft geprobeerd een monster te scheppen nog verschrikkelijker dan de Wraith. Het team van kolonel Sheppard ontdekt één van zijn laboratoriums en probeert hem te stoppen.

SGC besluit om vanaf Atlantis een aanval op de Replicators te lanceren. Aarde begint een aanval tegen de thuisplaneet van de Asurans wanneer men ontdekt dat de Replicators een vloot van ruimteschepen aan het bouwen zijn.