Zespół rozpaczliwie próbuje powstrzymać dwa statki Wraith od dotarcia do Ziemi. Sheppard musi polegać na starym wrogu, by uratować McKaya i Ronona.

Zespół Atlantis musi zadecydować o losie kolonii Wraith, którą przekształcili w ludzi. Dr Weir musi bronić swojego przywództwa, gdy jest oceniana przez I.O.A.

Zespół Shepparda spotyka nieprzyjemnego mężczyznę, który jest uwielbiany przez wszystkich dzięki sekretowi, który nosi - i który ma na nie nieoczekiwany wpływ.

Ronon Dex zostaje schwytany przez Wraith i wrócił do swojej ojczystej planety, gdzie jest nawiedzany przez swoją przeszłość, ponieważ jest zmuszony ponownie stać się ich ofiarą.

Weir wraz z zespołem odwiedzają zaawansowaną cywilizację, która oddzieliła się od Lanteńczyków przed tysiącami lat, ale odkryli, że nie są ludźmi tylko Replikatorami.

Elizabeth Weir budzi się w szpitalu psychiatrycznym, gdzie mówi się, że wyprawa na Atlantydę i do Gwiezdnych Wrót jest wytworem jej wyobraźni.

Pułkownik Sheppard staje się więźniem dowódcy Genii, wraz z rozpaczliwie głodnym Wraith, który został oddzielony od swojego Roju.

Rodney McKay spotyka się ze swoją siostrą po powrocie na Ziemi, a która zrezygnowała z błyskotliwej kariery jako naukowca, i założyła rodzinę.

Sheppard i Ronon są pod wpływem urządzenia zmieniającego umysł stworzonego przez Wraith podczas misji ratowania zgubionego zespołu.

Ekspedycja Atlantis jest oszołomiona, gdy odkrywa że statek pełen Pradawnych wraca, by odzyskać utracone miasto.

Zespół Atlantis bierze udział w misji ratowania Atlantydy zajętej przez Replikatorów - i uratowania generała O'Neilla i Richarda Woolseya, którzy są uwięzieni w okupowanym mieście.

Mieszkańcy Atlantydy zaczynają odczuwać złe skutki, gdy populacja wielorybów na planecie zaczyna migrację do miasta na wyspie, przynosząc nieoczekiwany zwiastun zguby.

Zespół odkrywa, że ​​Lucius Lavin manipuluje ludźmi innej nieszczęsnej planety, używając starożytnej technologii, aby pozować jako niezwyciężony bohater.

Po tym, jak starożytne urządzenie daje Rodneyowi nadludzkie moce, jego zwiększona jasność jest sprawdzana tylko przez zbliżającą się śmierć - chyba, że ​​może nauczyć się ascendencji.

Zespół odkrywa ostatnią cywilizację w zawieszonej animacji, której przetrwanie jest zagrożone, gdy ich stacja jest krytycznie uszkodzona.

Zespół stara się odprężyć podczas obowiązkowego dnia wolnego, dopóki eksplozja nie zostawi trzech osób martwych - i ujawnia, że ​​jeden naukowiec jest chodzącą bombą zegarową.

Zespół odkrywa starożytną stację wiertniczą głęboko pod powierzchnią oceanu, ale okazuje się, że królowa Wraith wciąż tam żyje.

Zespół Atlantis bada zniknięcie jednego z ich sojuszników, aby znaleźć starego wroga inżyniera wyścigu potężnych potworów.

Replikatory używają broni energetycznej na Atlantydzie po tym, jak Ziemia rozpoczyna prewencyjny atak na ich ojczystą planetę.