Sheppard egyedül próbálja a Föld felé tartó lidérc kaptárokat megállítani, késõbb a Daedalus és az Orion siet segítségére. Ezalatt Dr. Weirnek a Földön kell felelõsséget vállalnia Atlantisz vezetése során hozott döntéseiért.

Az atlantiszi csapatnak el kell döntenie, hogy mit kezdjenek az emberré átalakított lidércekkel. Dr. Weir-t Woolsey kíséri vissza Atlantiszra, aki az IOA-nek készít riportot a városban hozott döntésekrõl.

A város életét felforgatja egy Lucius Luvin nevû férfi, akit csodálnak az emberei és hamarosan az egész expedíciót megbolondítja.

A csapat egy olyan világra látogat, amely a Dex hosszú menekülése miatt a lidércek áldozatává vált.

A hihetetlen technológiai szinten álló Asura fajról kiderül, hogy hajdanán Atlantisz lakói voltak és egyáltalán nem békében váltak el az Õsöktõl.

Dr. Weir egy súlyos veszteség okozta sokk után egy Washington melletti szanatóriumban ébred, ahol újra kell gondolnia az elmúlt két évét.

Sheppard fogságba esik és egy Genii vezetõ cellájában találja magát, ahol megismerkedik egy kaptárjától elszakadt különleges lidérc katonával.

Egy új tudományos felfedezés reményében Samantha Carter alezredes Atlantiszra viszi Dr. McKay húgát, aki évekkel ezelõtt feladta tudományos karrierjét, hogy családot alapíthasson.

Sheppard és társai egy másik Atlantisz csapat megmentésére indulnak, de emiatt õk is csapdába esnek. Nem sokkal ezután lidércek támadnak rájuk, akiknek a technológiája egyre nagyobb hatást gyakorol Sheppardék viselkedésére.

Az új McKay-Carter Intergalaktikus Kapuhíd kipróbálása közben a Daedalus felveszi a kapcsolatot egy Õs ûrhajóval két galaxis között, amelynek legénysége újból birtokba veszi a várost és ezért az expedíció tagjainak vissza kell térnie a Földre.

A parancs ellenére Sheppardék visszamennek Atlantiszra, hogy az ott ragadt O'Neillt és Woolseyt kimenekíthessék.

Sokan szellemszerû alakokat kezdenek el látni, miközben néhány bálna megjelenik Atlantisz mellett. Bár a kapcsolat homályos, a bálnákat tanulmányozva McKay rájön, hogy egy szörnyû katasztrófa van készülõben.

Sheppardék újra találkoznak Lucius Luvinnal, aki egy õsi technológiát felhasználva megment egy falut, amelynek lakossága ezért hõsként kezdi el ünnepelni. A hírek eljutnak Acastus Kolyához is, aki elhatározza, hogy végleg leszámol az alezredessel.

A csapat rádöbben, hogy egy atlantiszi számítógépes játékban szereplõ két civiziláció a valóságban is létezik és nekik köszönhetõen háborúra készülnek egymás ellen.

Egy idegen civilizáció módosított lidérc eszközben vészelte át az elmúlt évszázadokat, de a holdjukba rejtett ûrbázisuk a pusztulás szélére kerül az atlantiszi felderítõk megérkezése után.

Dr. Weir általános pihenõnapot rendel el az expedíció tagjainak, de minden hamarosan rémálommá változik, amikor a városban váratlanul felrobban egy bomba.

Az expedíció egy Õs épületre bukkan az Atlantiszt körülvevõ óceán mélyén.

Sheppard csapatának ki kell derítenie, hogy mi történt a Taranis bolygó lakosságával, akikkel nemrég megszakadt a kapcsolatuk. A helyzetük bonyolódik, mikor egy föld alatti bázist találnak, ahol egy régi ellenségük szövögeti terveit.

Abe Ellis ezredes, az Apollo nevû új földi csatahajó kapitánya azt a parancsot kapja, hogy vezényeljen le egy támadást az emberformájú replikátorok ellen, akik a bolygójukon ûrhajókat kezdtek el építeni, hogy elpusztítsák Atlantiszt és a Földet.