שתי ספינות כוורת של הרפאים לוכדות את ד"ר מקיי ואת רונון ונמצאות בדרכן אל כדור הארץ. כעת על קולונל שפרד להציל אותם ולמצוא דרך לעצור את הרפאים מלהשיג "שטח מחייה".

הצוות של אטלנטיס חייב להחליט לגבי גורל מושבת רפאים שהם הפכו לבני אנוש. ד"ר וויר חייבת להגן על הנהגתה כשהיא עומדת בפני מבחן.

צוות האטלנטיס מוצא את עצמו תחת השפעה יוצאת דופן של אדם מכוכב אחר, מה שגורם להם להתנהג מוזר. המעטים מהצוות שאינם מושפעים, חייבים להבין את הסיבה לכך ולנטרל אותה.

שפרד, טיילה ורונון מוצאים את עצמם תחת מתקפה כאשר הם נמצאים על כוכב מיוער. רונון מבין שהוא כבר היה בכוכב הזה לפני כן, ומגלה שביקורו הקודם הביא עמו השלכות אכזריות.

ד"ר וויר מתלווה אל צוותו של שפרד, במשימה אל ציוויליזציה מתקדמת, שיש לה קשר היסטורי עם האטלנטיס. הם חושפים קשר, אל תגלית קודמת הנוגעת לעיר.

ד"ר וויר מתעוררת בבית מרגוע מחוץ לוושינגטון הבירה, שם נאמר לה כי אטלנטיס ותכנית סטארגייט נמצאים רק בראשה.

ג'ון שפרד נלכד על ידי קוליה המרושע מהג'ניי ונכלא בתא סמוך למישהו מהרפאים, בעוד שד"ר וויר מנהלת משא ומתן לגבי שחרורו.

רודני שב אל כדור הארץ כדי לקחת עמו את אחותו, אחרי שמצאה הוכחה מתמטית חיונית. הדברים מסתבכים, כאשר רודני מקיי נוסף מגיע ממימד אחר.

שפרד ורונון מוצאים את עצמם תחת השפעת מתקן משנה-תודעה של הרפאים, המאיים לאלץ את כל אנשי צוות אטלנטיס להרוג זה את זה.

בעוד אנשי הצוות בוחנים שרשרת של שערים שיאפשרו להגיע מאטלנטיס לכדור הארץ בפחות מחצי שעה, הם מגלים ספינה עתיקה שטסה כמעט במהירות האור.

משימתו של גנרל ג'ק אוניל להגן על אטלנטיס נכשלת, כשהוא וריצ'ארד וולסי נלקחים בשבי במהלך התקפה על העיר; אנשי צוותו של שפרד יוצאים למשימה עצמאית ובחזרה לפגסוס, כדי להשתלט שוב על העיר.

הלווייתנים של לנטיאה מתקהלים סביב העיר ותושבי אטלנטיס מתחילים לסבול מתופעות לוואי חולניות. האם הם שם כדי לתקשר או כדי לתקוף?

הצוות מגלה שלושיוס לווין הונה עוד כוכב של אנשים חסרי ישע בעודו מעמיד פני גיבור בלתי מובס בעזרת טכנולוגיית קדמונים.

מקיי ושפרד מגלים שמשחק ששיחקו תקופה ארוכה הוא למעשה מציאות אמיתית באחד הכוכבים, ושהתרבויות שיצרו וטיפחו קיימות. המחלוקות שהתגלעו ביניהם במהלך המשחק, מאיימות להוביל למלחמה אמיתית.

הצוות מוצא חלל על ירח מרוחק ומגלה שעליה נמצא מתקן המאכסן בתוכו את שארית הפליטה מעם, שהושמד ברובו ע"י הרפאים. במהרה מתברר שגם כעת חייהם בסכנה ומנהיג העם גורר פנימה גם את טליה והצוות.

במהלך יום חופשה, מרעיד פיצוץ את אטלנטיס ומותיר אחריו שלושה הרוגים ופצועים רבים. ד"ר מקיי מגלה שהסיבה לפיצוץ קשורה במכונה שהפעילו שניים מעוזריו, ושהוא נבע מגידולים נפיצים שגדלו בגופם.

חברי הצוות נשלחים לאסדה של הקדמונים, שנועדה להפיק אנרגיה גיאותרמית וניצבת על קרקעית האוקיינוס. בהגיעם הם נתקלים במלכת רפאים שהייתה רדומה אלפי שנים, מתקופת מלחמת הרפאים בקדמונים.

צוות אטלנטיס יוצא אל כוכב שעליו הוקמה המושבה טראנאן, כיוון שלא יצרו קשר זמן רב ולא הגיבו לניסיונות ליצור עמם קשר. הם מגלים סימן חיים מתחת לאדמה, אבל מתברר שלא בהכרח מדובר באנשי המושבה.

בפרק סיום העונה, כשהמשכפלים פותחים בבניית צי ספינות מלחמה, מורה קולונל אליס להשמידן בפצצות אטום. הפעולה גוררת מתקפת נגד, וקרן לייזר בעלת עוצמה אדירה נורית על העיר ומאיימת על קיומה.