Echipa încearcă cu disperare să oprească două nave-stup Wraith să ajungă pe Pământ. Sheppard trebuie să se bazeze pe un vechi dușman pentru a-i salva pe McKay și Ronon.

Echipa din Atlantida trebuie să decidă soarta unei colonii de Wraith pe care au transformat-o în oameni. Dr. Weir trebuie să-și apere funcția de conducere atunci când este evaluată de către I.O.A.

Echipa lui Sheppard întâlnește un om insuportabil, care este adorat de toată lumea datorită unui secret pe care îl poartă - și care are un efect neașteptat asupra lor.

Ronon Dex este capturat de Wraith și reîntors în lumea sa de origine, unde este bântuit de trecutul său, fiind forțat să devină din nou prada lor.

Weir și echipa vizitează o civilizație avansată care sa desprins de Lanteani cu mii de ani în urmă, dar descoperă că nu au părăsit Atlantida cu gânduri pașnice.

Elizabeth Weir se trezește într-o instituție de boli mentale, unde i se spune că expediția către Atlantida și Poarta Stelară sunt niște plăsmuiri ale imaginației ei.

Colonelul Sheppard se trezește prizonierul unui comandant Genii, împreună cu un Wraith înfometat, care a fost separat de stupul lui.

Rodney McKay se reîntâlnește cu sora sa înstrăinată, pe Pământ, care a renunțat la o carieră strălucită ca om de știință pentru a-și întemeia o familie.

Sheppard și Ronon sunt influențați de un dispozitiv de alterare a minții creat de Wraith în timp ce se află într-o misiune de salvare a unei echipe pierdute.

Expediția de pe Atlantida este uluită să afle că o navă plină de Antici se întoarce să revendice orașul pierdut.

Echipa din Atlantida ignoră ordinele de nu încerca să salveze Atlantida de controlul Replicatorilor - și de a nu-i salva pe generalul O'Neill și Richard Woolsey, care sunt prinși în orașul ocupat.

Locuitorii Atlantidei încep să sufere efecte dăunătoare atunci când populația de balene a planetei începe să migreze spre orașul insular, aducând cu ea o prevestire neașteptată de distrugere.

După ce un dispozitiv antic îi dă lui Rodney puteri supraomenești, inteligența sa îmbunătățită este oprită numai de moartea sa iminentă - asta dacă nu poate învăța cum să evolueze.

Sheppard și McKay descoperă că jocul lor video competitiv controlează o planetă de oameni reali, care acum stau la un pas de război.

Echipa descoperă ultimii supraviețuitori ai unei civilizații, în stare de hibernare, a căror supraviețuire este pusă în pericol atunci când stația lor este grav avariată.

Echipa încearcă să se relaxeze în timpul unei zile libere obligatorii, până când o explozie se soldează cu trei morți - și dezvăluie că un om de știință nu este altceva decât o bomba cu ceas.

Echipa descoperă o stație de foraj antică, aflata la mare adâncime sub suprafața oceanului, doar pentru a afla că o regină Wraith este încă în viață acolo.

Echipa din Atlantida investighează dispariția unuia dintre aliații lor, doar pentru a descoperi un vechi inamic, ce construiește prin tehnologie, o rasă de monștri puternici.

O armă a cărei energie este de neoprit, lasă Atlantida sub asediu, după ce Pământul lansează un atac preventiv împotriva lumii unui inamic foarte puternic.