La Daedalus, la nuova astronave da battaglia terrestre, arriva in soccorso di Atlantide al comando del Colonnello Caldwell. L'intervento fortuito della nave riesce a mettere in salvo Sheppard, partito per una missione suicida allo scopo di distruggere le navi Alveari dei Wraith. Dalla Via Lattea è arrivato anche un nuovo ZPM che McKay mette in funzione per attivare gli scudi della città. Nel frattempo Ford viene recuperato dalle acque che circondano Atlantide, ma il tenente non è più quello di prima...

Grazie al nuovo ZPM i membri della spedizione possono collegarsi allo Stargate Terrestre e dopo un aggiornamento all'SGC sono in viaggio verso Atlantide a bordo della Daedalus.

Sheppard e la squadra cercano di localizzare il Tenente Ford su un pianeta disabitato, ma durante le ricerche Teyla e John vengono catturati da un uomo che i Wraith usano come preda durante battute di caccia. Nel frattempo McKay s'imbatte in Ford che continua a mostrare segni di squilibrio.

McKay e il Tenente Laura Cadman vengono catturati dal raggio di una navetta Wraith, fortunatamente la squadra di Sheppard riesce ad abbatterlo. Purtroppo, in seguito ai danni subiti, è rimasta energia soltanto per rimaterializzare una sola persona.

Il puddle jumper comandato da Sheppard precipita su un pianeta; in cerca di aiuto, la squadra si imbatte in un gruppo di persone che li attaccano senza chiedere spiegazioni.

Ronon Dex accompagna Teyla in uno dei suoi viaggi commerciali e scopre che una piccola parte dei cittadini di Sateda, il suo pianeta d'origine, è sopravvissuta all'attacco dei Wraith, compreso il suo ex comandante. Nel frattempo McKay rischia di compromettere la sicurezza di Atlantide mentre studia uno generatore di energia costruito dagli Antichi.

Durante una missione, Sheppard e gli altri scoprono che un Wraith - precipitato sul pianeta - sta terrorizzando gli abitanti di un villaggio da decina anni. Il team offre immediatamente assistenza per eliminare il pericolo, ma mentre si trovano nei boschi Teyla avverte che il Wraith ha qualcosa di diverso...

Dopo essere stato infettato da un retrovirus, il corpo di Sheppard comincia a subire una mutazione genetica. Beckett e gli altri cercano di trovare una cura prima che sia troppo tardi e che John perda completamente il controllo di sé stesso.

La Daedalus porta la squadra ai limiti della Galassia per indagare su un'astronave degli Antichi chiamata Aurora che è rimasta inerte nello spazio per millenni. Arrivati a bordo, Sheppard, McKay, Teyla e Ronon scoprono che l'equipaggio è ancora vivo, in stato di sospensione animata.

Sheppard, McKay, Teyla e Ronon vegono catturati dal Tenente Ford, ora a capo di un gruppo di uomini che usa l'enzima dei Wraith come una forma di steroide. Ford somministra l'enzima a Teyla e Ronon per dimostrare che i suoi effetti sono un vantaggio e non un problema e nel frattempo cerca di convincere Sheppard a guidare una missione per distruggere un vascello Alveare.

Sheppard, Teyla, Ronon e Ford sono a bordo dell'Alveare, ma come previsto, il piano è andato in malora. McKay riesce a scappare dai suoi carcerieri iniettandosi una superdose di enzima e arriva ad Atlantide in pessime condizioni.

Mentre stanno indagando su una fonte di energia su un pianeta, John rimane intrappolato in una camera creata dagli Antichi dove il tempo progredisce molto più velocemente del normale: mentre all'esterno sono passati solo pochi minuti, all'interno Sheppard trascorre intere giornate aspettando l'aiuto dei suoi amici.

L'SGC scopre che il Trust ha infiltrato uno dei suoi elementi all'interno del progetto e che Atlantide è in pericolo a causa di un ordigno esplosivo che verrà attivato quando tenterà di collegarsi allo Stargate terrestre.

Durante il volo di collaudo di uno jumper, McKay finisce in fondo all'oceano senza possibilità di comunicare con la base. Mentre in città Zelenka e gli altri cercano di restringere l'area di ricerca, Rodney tenta di aumentare le sue possibilità di sopravvivenza. Per fortuna McKay può contare sull'aiuto di una vecchia amica: Samantha Carter.

Durante una spedizione su un pianeta abitato da contadini, la squadra scopre una copia esatta di Atlantide seppellita nel sottosuolo. Il pianeta è governato dal 'Protettore' che usa la tecnologia degli Antichi per tenere alla larga i Wraith e allo stesso tempo schiavizzare i cittadini. Il Protettore è gravemente malato e Sheppard si ritrova invischiato nelle trame di corte dei vari successori al trono.

La Dottoressa Weir e John Sheppard vengono posseduti dalle coscienze di due alieni ritrovati in stasi alla deriva nello spazio. I due fingono di essere marito e moglie e chiedono il permesso di usare i corpi di John ed Elizabeth per dirsi addio, prima che il trasferimento di coscienza finisca.

Il team scopre che i Genii sono nuovamente una minaccia e l'armistizio raggiunto rischia di finire all'aria. Nel frattempo Elizabeth deve decidere se cedere o no alle richieste di uno degli alti ufficiali Genii che sta progettando un colpo di stato.

Il Tenente Michael Kenmore si risveglia in infermeria con un'amnesia quasi totale. Non ricorda niente di se stesso o della sua famiglia e dopo breve tempo si accorge che i suoi colleghi si comportano stranamente in sua presenza e che non gli hanno detto tutta la verità su quanto è accaduto durante la sua ultima missione contro i Wraith.

La squadra è impegnata in una missione di salvataggio per mettere al sicuro il popolo di un pianeta la cui città giace su un supervulcano in procinto di esplodere. Le cose si complicano quando lo Stargate del pianeta finisce nella lava bollente.

La spedizione di Atlantide riceve una proposta incredibile dai loro acerrimi nemici, i Wraith. Un'astronave Alveare con a bordo Michael arriva in orbita e chiede un incontro con la Dottoressa Weir e Sheppard.