Wraithovia stále bombardujú ochranný štít Atlantídy. Expedícia sa chce pokúsiť odpáliť nad štítom Genijskú atómovú bombu a všetku vzniknutú energiu použiť na zamaskovanie Atlantídy obrazom, ktorý nasimuluje obraz jeho totálneho zničenia. Podarí sa vizuálne oklamať nepriateľa?

Vesmírna loď Daedalus sa vracia späť na Atlantídu spoločne s členmi expedície. Dr. McKay ale zistí, že systémy Daedala boli infikované wraitským vírusom, ktorý nastavil kurz lode na tesný prelet okolo slnka. Jeho radiácia má zabiť posádku a Wraithovia potom Daidalom odletia za svojou potravou, ktorou sú ľudia, obyvatelia novej planéty Zem.

Expedícia pri pátraní po poručíkovi Fordovi objaví štvanca Ronona Dexa. Jeho fyziológia znemožňuje Wraithom vysať z neho jeho životnú silu, a tak mu na chrbát voperovali zariadenie, pomocou ktorého svojich nepriateľov sledujú a potom prenasledujú. Za to, že mu doktor Beckett sledovacie zariadenie odstráni, Ronon sľúbi, že chytí Forda.

Doktora McKaya a poručíčku Cadmanovú náhle transportuje wraithská stíhačka. Tú ale nepriateľ zostrelí. Energia v stíhačke však stačí len na zhmotnenie jedného z nich. Doktorovi Zelenkovi sa podarí zhmotniť telesnú schránku McKaya, ten ale zisťuje, že svoje telo zdieľa spolu s vedomím Cadmanovej.

Tím plukovníka Shepparda sa vydáva jumperom na prieskum ďalšej planéty. Narazí na skupinu trestancov, ktorú miestne lode vzápätí zaženú a pozemšťanov pozvú do mesta. Návštevníci sa dozvedia, že mesto je už dlhé roky v nebezpečenstve práve vďaka trestancom, pretože Wraithovia sa kŕmia ich životnou energiou, útočia na nich ako na lovnú zver a tunajší život je v neustálom ohrození.

Expedícia objaví celkom zničenú planétu, na povrchu ktorej sa nachádza jedno z Antických laboratórií. Antici tu vyvíjali vyspelejší zdroj energie než ZPM, ale urobili chybu a celý povrch planéty zničila gigantická explózia. McKay sa rozhodne uviesť do prevádzky nový zdroj energie, ale počas testu dôjde k nehode a jeden z vedcov zomrie.

Na jednej z planét sa náhle zrúti wraithská stíhačka. Obyvatelia všetkých nepriateľských Wraithov zabijú a spália, až na jedného. Je ním wraithské dievča, o ktorú sa stará jeden z miestnych dedinčanov. Tvrdí, že vynašiel liek, vďaka ktorému sa už Wraithovia nemusia kŕmiť ľuďmi, aby z nich načerpali životnú energiu.

Podplukovník Sheppard sa infikuje retrovírusom, ktorý by mal premeniť Wraitha späť na človeka, ale funguje, žiaľ, opačne a pozmeňuje ľudskú DNA. Jedinou nádejou pre Shepparda sú kmeňové bunky z eratuských chrobákov, z ktorých sa Wraithovia vyvinuli a ktoré musí dr. Beckett získať, aby mohol účinky retrovírusu zvrátiť.

Podplukovník Sheppard a jeho tím sa stanú obeťami únosu poručíka Aidena Forda. Ten všetkým okrem Shepparda podá wraithský enzým, aby ich predvedčil, že skutočne účinkuje. Napokon Ford spolu s Sheppardovým tímom plánujú zaútočiť na jednu z materských lodí nepriateľských Wraithov.

Poručík Aiden Ford a jeho muži zaútočia na wraithskú materskú loď, ale padnú do zajatia. Všetkým, ktorým bol naočkovaný enzým, sa začína zhoršovať zdravotný stav. Potrebujú novú dávku enzýmu, a preto sa rozhodnú utiecť. Počas záchrany ľudí, ktorí sa majú stať potravou pre Wraithov, však znova padnú do pasce a jeden z Fordových ľudí kvôli chýbajúcemu enzýmu zomrie.

Doktor McKay zachytí energetické výkyvy a rozhodne sa ich preskúmať. Tím vedcov sa vydá k horskému hrebeňu a nájde v ňom priechod chránený bariérou. Sheppard sa rozhodne prejsť, ale len čo sa dotkne bariéry, svet za ňou ho rýchlo vtiahne dovnútra bez možnosti návratu. McKay zistí, že za bariérou plynie čas niekoľkonásobne rýchlejšie. Z tejto novej reality sa však sám nedokáže vymaniť a vrátiť do pôvodného sveta.

Na Zemi zistia, že na základni Atlantídy je bomba, ktorá má explodovať pri otvorení červej diery smerom k materskej planéte Zem. Atlantis sa podarí včas informovať, ale do systému niekto pridal program, ktorý sa opäť pokúsil spojiť sa so Zemou a potom začal vysielať núdzový signál. Ten zachytili dve nepriateľské lode Wraithov, ktoré zmenili svoj kurz a teraz sa blížia k mestu pozemšťanov, Atlantíde.

Doktor McKay sa pri skúšobnom lete s opraveným vesmírnym lietadlom zrúti do mora. Predné sklo praskne, jeho pilot zomrie a on zostáva uväznený v zadnej časti lietadla. Na Atlantíde sa pokúšajú určiť jeho polohu, ale on sa zatiaľ potápa stále hlbšie. Začína upadať do bezvedomia a v halucináciách sa mu objavuje Samantha Carterová.

Sheppardov výskumný tím objavuje vežu podobnú centrálnej veži na Atlantíde. Je v nej umiestené ovládacie kreslo, ktoré s pomocou Striel chráni celú planétu pred nepriateľskými Wraithami. Rod, ktorý žije vo veži a ovláda technológiu obrany, má v genotype vzácny gén Antikov. Ten sa však s každou ďalšou generáciou oslabuje, takže v blízkej budúcnosti určite nastane chvíľa, kedy potomkovia rodu stratia schopnosť technológiu Antikov ovládať a nebudú môcť planétu ďalej ochraňovať.

Sheppardov vedecký tím pri prieskume neznámej planéty nájde na jej orbite letiace kóje, ktoré udržujú pri živote telesné schránky dvoch ľudí. Pozemšťania prevezú kóje na planétu Atlantis a otvoria. Telá vo vnútri sú v žalostnom fyzickom stave, a tak bezpečnostný systém kójí prenesie ich vedomie do mysle vedcov Weirovej a Shepparda. Ale prenesené vedomia patria dvom nezmieriteľným nepriateľom, ktorí sa prebudení v nových telách chcú navzájom zabiť a zaútočia na seba...

Atlantídu kontaktuje Ladon Radim, člen genijskej prepadovej jednotky, ktorá sa počas búrky pokúsila obsadiť mesto. V súčasnosti Radim od Geniov zbehol a navrhuje dohodu. Ponúka Atlanťanom zdroj energie ZPM výmenou za granáty, výbušninu C4 a zbrane, ktoré potrebuje, aby uskutočnil vojenský prevrat a zvrhol doterajšiu Genijskú vládu.

Dr. Beckettovi sa podarí pomocou retrovíru zmeniť Wraitha späť na človeka. Ten však trpí amnéziou, a tak mu všetci tvrdia, že je poručík Michael Kenmore, člen expedície na Atlantíde. Neskôr však začne mať nočné mory s Wraithami, až nakoniec zistí, kým v skutočnosti je. Podarí sa mu utiecť, ale zároveň unesie Teylu ako rukojemníčku.

Dr. McKay zistí, že základňa Antikov na Taranise je umiestnená vo vnútri krátera nečinného supervulkánu. Miestni ľudia odčerpali priveľa geotermálnej energie do generátorov obranného štítu, a tým vulkán aktivovali. Dr. Weirová ponúkne domácim obyvateľom evakuáciu na Atlantídu, ale pri presune dôjde k otrasu a bránu pohltí žeravá magma.

Atlantídu kontaktuje blížiaca sa nepriateľská wraithská loď. Na jej palube je Michael, pôvodom Wraith, ktorého dr. Beckett premenil na človeka, aj keď len na krátky čas. Wraithovia požadujú Beckettov retrovírus, aby premenili Wraithov na ľudí, teda na svoju potravu. Na oplátku zasielajú kompletné informácie o svojich technológiách. Je v nich však ukrytý počítačový vírus...