Dedal, Zemljin najnoviji bojni brod, odlazi spasiti bojnika Shepparda kojega žele ubiti brodovi Wraitha. McKay i ekipa čuvaju Atlantis.

Kad računalni virus zarazi Dedal, posada pokušava naći lijek. Za to vrijeme dr. Weir saznaje da bi bojnik Sheppard uskoro mogao biti smijenjen.

Sheppard i njegova posada pokušavaju locirati poručnika Forda, ali su spriječeni kad ih zarobi mladić kojeg traže Wraithi.

Nakon pokušaja da spasi McKaya i Lauru Cadman od posljedica strijele Wraitha, Cadmanin um zarobljen je u McKayevu tijelu.

Sheppardova ekipa otkriva planet gdje zvjezdana vrata drže u otočnom zatvoru kako bi se zadovoljili Wraithi.

Kad ekipa iskopa drevne planove stvaranja krajnjeg izvora energije, McKay vjeruje da bi mogao dovršiti projekt.

Sheppard se zarazi retrovirusom Wraitha i polako se pretvara u kukcoliko stvorenje.

McKay pronalazi ratnu krstaricu "Auroru" koja napušteno luta svemirom, a Sheppard otkriva da plovilo nosi poruku.

Ford zarobljava ekipu iz atlantisa i želi da im dokaže kako je enzim koji uzima nešto dobro tako što planira napad na baze Wraitha.

McKay pokušava spasiti Shepparda, Teylu i Ronona s matičnog broda Wraitha koji je Ford htio sabotirati i uništiti.

Pukovnik Sheppard nađe se odvojen od svoje ekipe dok istražuje drevni uređaj koji vrijeme pomiče unaprijed abnormalnom brzinom.

Posada Zvjezdanih vrata otkriva plan Trusta da digne u zrak Atlantis. Je li moguće da se u ekipi skriva izdajnik?

Kad dr. McKay ostane zarobljen pod vodom u potopljenoj skakalici, njegovo preživljavanje ovisi o Samanthi Carter.

Ekipa otkriva planet s drevnom obrambenom tehnologijom. Sheppard postaje pijun u rivalstvu između nasljednika trona.

Weir i Sheppard pod dojmom su umova dvojice izvanzemaljskih boraca koji traže osvetu nakon što naiđu na njihove čahure za spašavanje.

Ekipa Atlantisa saznaje da su Genajci postali nova opasnost i shvaćaju da bi primirje sa starim neprijateljem uskoro moglo završiti.

Poručnik Michael Kenmore, koji pati od amnezije, sumnja da osoblje Atlantisa laže o tome što mu se dogodilo na posljednjem zadatku.

Dr. McKay pokušava spasiti ekipu kad zalutaju na planet sa supervulkanom, naizgled bez izlaza za bijeg.

Michael se obraća Atlantisu i traži da mu pomognu uništiti zajedničke neprijatelje u zamjenu za informacije i Wraithima.