Daedalus带来ZPM启动Atlantis的护盾抵御Wraith的进攻但 他们发现实在不够抵抗如此多的舰队。紧急关头他们利用一个核 爆诡计领Wraith相信城市已经被毁灭。Atlantis在未来一段时 间将获得安全。

当探险队计划回到地球时发现Daedalus感染了一种Wraith电脑病毒，该病毒把Daedalus引向Wraith领地并发送地球的坐标。 McKay要清除船上电脑内存并重启以消除病毒.

Sheppard小队试图寻找Ford中尉他们去到一个星球发现Ford 正以杀死Wraith夺取酶为生。同时他们发现一个被Wraith追逐 的人Ronon Dex。

Cadman和McKay被吸入Dart的内存里当Zelenka把其中一个 释放出来时发现是McKay的身体但却是Cadman的意识然后好不容易才解决了这个问题。与此同时Sheppard开始帮助Ronon 适应Atlantis的生活。

Atlantis发现一个星球Olesia和Wraith有着安稳的关系原来他们提供一群“有罪的人”在岛上给Wraith喂食以换取和平。 Jumper在回城途中被岛中居民俘虏并驱使他们打开星门以逃离 这个星球。最后众人平安回到Atlantis而和Wraith交易的 Olesia高官Marin看见一部Cruiser正缓慢朝他飞来。

探险小队发现一名Wraith小孩Ellia被一个人类所抚养还藏在一个小村庄中。Beckett医 生打算利用这次机会测试Wraith逆转录酶病毒的效果。村庄的人想杀死Ellia而居然发现原来该人类自愿给她吸食。她尽管偷服了一瓶逆转录酶病毒样本但仍脱离不了Wraith 的本性。最后Ellia逃离了村庄但最终被Ronon击倒。

Sheppard由于被Ellia咬了一口身体渐渐往Wraith方向转化Caldwell暂时代替他的职务。科学家们认为只有用iratus虫子为本源制造的药物才有可能使Sheppard复Beckett 组织小队前往iratus的星球取所需材料但无功而返。最后Sheppard在使用抑制剂的情况下自己独闯虫洞取得所需从而治好了自己。

小队发现一艘古人的大舰Aurora漂泊在星系的边缘而船员全部生存处于冬眠状态。 Sheppard加入了他们的虚拟世界和他们交流以学习打败Wraith的方法却发现他们对自己的情况一无所知。同时Teyla发现一个Wraith也混入其中。

小队被Ford俘虏他现在正带领着一群同样服用酶的人对抗Wraith还建议小队服用酶以 获得更强的能力。他们要McKay修好Dart然后留下他而拉上Sheppard一行去一艘Hive 执行死亡任务。但很不幸被Wraith捕获了。

Sheppard和Ford一行被Wraith困在Hive里寻求逃脱办法而McKay冒险使用酶从而得以回到Atlantis。在一次逃离行动中他们 救了一个人类女子Neera想不到竟是崇拜Wraith一族为了刺 探情报而已。正好这时出现了第二艘HiveSheppard利用离间计使两艘Hive互相攻击而毁灭而Ford再次逃离。

小队在一个星球发现古人遗迹的一个怪洞由一种能化结界隔离里面的时间比外界快约第倍。Sheppard被困在里面其他人回到AtlantisMcKay推测有个ZPM存在。原来里面是一个村村民们都是准备升天的人类。

Atlantis被告知被Turst放置了一个炸弹原来Goauld已经有 一个奸细插入Atlantis中。Weir等人对此展开调查甚至动用非常手段。最后才发现被Goauld侵入的Caldwell。在紧急 关头他们关闭了被超载的ZPM避免了被Wraith船只发现。

McKay和Daedalus上的成员Griffin试飞一部修复的Jumper美想到出了故障掉下深海Griffin为此牺牲McKay困在后舱。 他在心理压力越来越大的情况下出现幻觉——Carter出现了并且和他一起寻求解决方法渡过难关最终等到了求援。

小队发现一个行星上有一座类似Atlantis城的古人装置并被一群人占据着统治其他居民。他们前去调查果然发现了不少古人的东西还有武器。Sheppard莫名其妙成为了争夺国王宝座的继承人McKay用尽了ZPM的能量阻止了一场大祸，不过他们补充了不少Drone和Jumper。

小队发现两具人体舱里面分别有一个外星人。他们不慎激活了装置两个外星人的意识侵入了Weir和Sheppard开始了他们相互的战争。幸好这种占据是有期限的。在未发生重大变故前 Weir两人恢复了自己的意识。

Atlantis又和Genii较上了劲，这次还掺入Genii的政变中。Genii使诡计骗取Atlantis的Jumper来对付Wraith，但其最高指挥官自食其果被自己研制的核弹所毁灭。Genii从此步入新的时代。

一名失忆的年轻中尉Michael经常被恶梦所困扰。终于他发现自己并不是人类而是被Beckett医生发明的药物从Wraith转变而来。他用尽办法逃走了并扬言要报告Atlantis未消失的消息给所有Wraith知道。

小队发现一个文明在研究古人的装置却发现这个装置下面是一 座即将爆发的大型火山。同时他们也发现了一艘古人大舰Orion。 最后在Daedalus等帮助下众人逃出升Orion留在了Atlantis。

由Michael带领的一群Wraith联系Atlantis意图合作，他们提供Wraith的资料换取Beckett的转化药物，把其他意见相左的 Wraith转成人类以吸食。Atlantis轻信了他们并帮助他们投放药物。想不到他们在资料中设置了病毒，该病毒不仅消除了Wraith资料还获得了地球的坐标。Wraith抓住Sheppard小队并使母舰向地球驶去。