Майор Шеппард спасен подоспевшим на помощь Атлантису земным крейсером Дедалом. Корабль привез на Атлантис МНТ, над городом поднимают щит. В это время в городе найден лейтенант Форд, Рейф успел ввести в него фермент, который изменил Эйдена. Оружие Асгардов и их лучевые технологии сбивают несколько кораблей, но оставшихся слишком много.

Доктор Вейр, доктор Маккей и подполковник Шеппард возвращаются на Атлантис с Земли на Дедале, когда на борту начинают происходить странные неполадки. Родни приходит к выводу, что в них виноват компьютерный вирус, загруженный Рейфами.

Стрела Рейфов подобрала доктора Маккея и лейтенанта Кедмен. Корабль сбит, но достать можно только одного. Случайно это оказывается Родни. Но так же оказывается, что Зеленка что-то напутал, поэтому в Маккее, кроме его сознания, живет сознание Кедмен.

Атлантийцы обнаружили планету, где врата находятся на острове, служащем тюрьмой. Заключенные были настроены крайне агрессивно, но официальные власти вовремя пришли на помощь гостям. Так команда Шеппарда обнаружила, что в галактике Пегаса, под самым носом у Рейфов, есть довольно продвинутая в техническом плане цивилизация. Подозрение вызывает лишь то, какую цену они платят за возможность такого развития.

На орбите одной из планет обнаружено множество обломков кораблей, явно погибших в ужасной битве. Некоторые из них определенно принадлежали Рейфам. На самой планете единственным уцелевшим объектом оказывается оружейная установка Древних, но что больше привлекает внимание Маккея – это ее источник питания. Похоже, это была попытка создать вечный двигатель, используя технологию, подобную МНТ. Родни решает, что сможет исправить все ошибки Древних, восстановив и генератор, и оружие.

Деревенских жителей одной из планет терроризирует неизвестный монстр, по описанию подозрительно напоминающий Рейфа. Команда Шеппарда вызывается помочь местным жителям в его поимке. Через некоторое время поиски приводят их в пещеру, где живут пожилой мужчина и девочка-Рейф. Старик утверждает, что смог синтезировать препарат, помогающий Рейфу питаться обычной пищей.

Рана, полученная Шеппардом на предыдущем задании, неожиданно быстро затянулась. Через некоторое время все начинают замечать странности в поведении Джона. Доктор Беккет обнаруживает, что в кровь подполковника попал ретровирус, который должен блокировать в ДНК Рейфов участки, доставшиеся им от жуков Иратуса, но действует прямо противоположным образом. Если команде врачей не удастся срочно восстановить Шеппарда на генетическом уровне, он превратится в насекомое.

Дальнейшее изучение технологий Атлантиса позволяет обнаружить корабль Древних на самой окраине галактики Пегаса. Команда Шеппарда на Дедале отправляется за ним, но обнаруживают, что Рейфы опередили их. Корабль-разведчик удается уничтожить, но приходится спешить, поскольку Рейфы успели вызвать помощь. На «Авроре» Атлантийцы находят несколько тысяч камер стазиса с чрезвычайно постаревшими Древними внутри. Маккей обнаруживает, что камеры поддерживают ментальную связь друг с другом, создавая некую виртуальную среду. Шеппард погружается в одну из камер, чтобы войти в сеть. Там он обнаруживает весь экипаж «Авроры», который спешит вернуться домой, не подозревая, что все окружающее не реально. Тем временем Ронон и Тейла находят в одной из камер Рейфа.

Во время одной из миссий неизвестные нападают на команду Шеппарда и проводят к себе на планету. Там выясняется, что эти люди – банда Форда, которую он посадил на фермент. Теперь они разрабатывают собственные операции против Рейфов. В одной из них им понадобилась помощь Шеппарда, для этого его команда и была захвачена, а чтобы в будущем доказать пользу фермента Вейер, Форд обманом и силой заставил принимать его всех, кроме Джона.

Остатки банды Форда и команда Шеппарда пытаются бежать из камеры на корабле-улье. По пути Джон решает помочь людям, законсервированным в коконах, и беглецы снова оказываются пойманы Рейфами. Постепенно действие фермента начинает проходить, и у принимавших его начинается ломка. Тем временем Маккею удается бежать из пещеры, где его держали люди Форда, за помощью на Атлантис.

Джон оказывается в поле расширения времени, и пока Родни только удается выяснить это, Шеппард уже отчаивается дождаться помощи и начинает исследовать окрестности внутри поля. Он обнаруживает небольшое поселение, жители которого проводят все время в медитациях, следуя по пути к вознесению. Джон еще не знает, что за несколько часов, что Атлантийцы ищут способ вызволить его, ему придется провести в монастыре несколько месяцев.

На Земле, в Командном Центре Звездных врат получена информация, что Гуа’улды, захватившие Трест, смогли проникнуть на Атлантис и заложить там бомбу, которая сдетонирует, как только будет открыта червоточина на Землю – и это должно произойти через пару часов. Доктору Ли удается придумать способ, как с помощью Дедала вовремя переслать сообщение на Атлантис, но и после этого опасность не миновала - бомба запустила сигнал бедствия, который привлек внимание крейсеров Рейфов. Пока Маккей и Кедмен пытаются найти способ спасти город, Вейер начала поиски лазутчика.

Испытание джампера после ремонта заканчивается неудачей, и корабль начинает погружаться в океан. Лобовое стекло не выдержало давления воды, но Маккею удалось вовремя скрыться в заднем отсеке джампера. От сотрясения, полученного при падении, а также от вечной необходимости говорить с кем-то, его сознание порождает видение Саманты Картер. Пока Маккей таким образом спорит сам с собой о путях спасения, на поверхности Шеппард и Зеленка готовят свою спасательную операцию.

Знакомство с очередным аграрным обществом приносит сюрприз. Жители деревни рассказывают, что планету многие поколения защищает некая Башня. На деле оказывается, что Башня чрезвычайно напоминает центральный шпиль Атлантиса, а защитное оружие – управляемые снаряды. Инцидент в деревне приводит к тому, что Шеппард вынужден посетить аудиенцию у Лорда-Защитника и попасть в самую гущу интриг Королевского Двора.

На орбите луны одной из исследуемых планет команда Атлантийцев находит две спасательные капсулы. Во время осмотра одной из них выброс энергии переносит сознание женщины из капсулы в Вейер. Женщина рассказывает, что их корабль был уничтожен Рейфами и просит дать ей пообщаться с мужем, который покоится во второй капсуле. Когда сознание мужчины оказывается в Шеппарде, выясняется, что эта пара – не супруги, а старые враги, которые хотят свести прежние счеты. Полковник Колдвелл пытается справиться с пришельцами, пока они в своей битве не погубили Атлантис. Пока все его попытки были безуспешны, а энергообеспечение города сильно пострадало.

Пока Шеппард расследует исчезновение команды майора Лорна, на Атлантис прибывает один из Дженаев, объявленный у себя на родине вне закона. Он просит у доктора Вейер помощи в свержении шефа Кауна. Элизабет готова согласиться, но только в обмен на МНТ. Когда на Атлантис прибывает большая группа Дженаев, но модуль с собой не приносит, Вейер начинает подозревать ловушку. Тем временем Джон снова сталкивается с шефом Кауном и узнает, что Дженаи решили захватить флот джамперов, чтобы с их помощью уничтожать корабли Рейфов, жертвуя своими жизнями.

Молодой лейтенант приходит в сознание в медчасти Атлантиса, но ничего не помнит о своем прошлом. Из-за того, что все слишком внимательны к нему, Майкл начинает подозревать, что в его прошлом есть какая-то тайна. Выясняется, что он был Рейфом и стал объектом для испытания ретровируса доктора Беккета, блокирующего гены жуков Иратуса. Тем временем Ронон начинает подозревать, что внешнее обращение Рейфа в человека не изменило его сознания.

Команда Атлантийцев изучала технологию одной из планет, когда Маккей обнаружил, что одно из поселений находится прямо на гигантском вулкане, а частые землетрясения говорят о скором и неизбежном извержении. Вейер разрешает временно эвакуировать жителей на Атлантис, но в это время вулкан просыпается и поглощает врата. Команда Шеппарда оказывается в ловушке на планете, единственный выход – неисправный корабль Древних, идентичный «Авроре», найденный на планете. Доктор Вейер со своей стороны отправляет на помощь Дедал, но ситуация усложняется тем, что к планете приближается корабль Рейфов.

Междоусобные войны у Рейфов привели к тому, что Майкл, некогда обращенный ретровирусом Беккета в человека, вернулся на Атлантис вместе с небольшой группой своих единомышленников, чтобы предложить объединить усилия в борьбе против остальных Рейфов. Для этого Карсон должен придумать способ распространять ретровирус по воздуху. Но пока все надеются, что обрели новых союзников, подозрения не дают Ронону покоя.