Dedal przybywa, by bronić Atlantydy przed atakiem Wraith, ale może to nie wystarczyć, gdy zespół odkryje, że zbliża się jeszcze większa armada.

Dedal jest zainfekowany wirusem komputerowym Wraith, podczas gdy członkowie ekspedycji mają nadzieję powrócić na Ziemię.

Wejście z Wraith Dart pozostawia świadomość przedwcześnie żyjącego oficera bezpieczeństwa Atlantydy uwięzionego w umyśle doktora McKaya.

Zespół Atlantis znajduje kulturę, która żyje w względnym bezpieczeństwie od Wraith, ponieważ przekazują swoich przestępców do Wraith - i lądują w niestabilnej kolonii karnej.

McKay naraża zespół na próbę udoskonalenia niedokończonej starożytnej technologii, która zniszczyła cywilizację. Ronon Dex odkrywa, że ​​nie jest samotnym ocalałym ze swojego świata.

Zespół odkrywa młodą dziewczynę Wraith, która została wychowana przez człowieka i ukrywa się przed ludźmi z jej ludzkiej wioski w obawie przed jej życiem.

Pułkownik Sheppard zaczyna doświadczać niepokojącej fizycznej transformacji po tym, jak został wystawiony na działanie leku anty-Wraith Becketta.

Kiedy zespół odnajduje dryfujący na skraju galaktyki Starożytnego okrętu wojennego, jego ekipa wciąż żyje, pułkownik Sheppard wchodzi do wirtualnej rzeczywistości, aby się z nimi komunikować.

Zespół zostaje schwytany przez brak porucznika Forda, który prowadzi teraz grupę młodych mężczyzn którzy biorą enzym Wraith - i którzy chcą pomocy zespołu w ataku samobójczym na statek Wraith.

Pułkownik Sheppard i jego zespół znajdują się w więzieniu Wraith po ataku Forda na statek Wraith. Dr McKay dokłada wszelkich starań, aby im pomóc.

Sheppard znajduje się na planecie, gdzie czas płynie szybciej, bez możliwości skontaktowania się ze swoją drużyną lub powrotu na Atlantis.

Kiedy agent Trustu zasadzi bombę na Atlantydzie, zespół musi znaleźć szpiega w swoich szeregach, zanim przyjdą Wraith i odkryją miasto.

Kiedy doktor McKay zostaje uwięziony pod wodą w zatapialnym skoczku, jego jedyna szansa na przeżycie może być halucynacją Samanthy Carter.

Zespół znajduje świat, który posiada starożytną technologię obronną, gdzie pułkownik Sheppard staje się pionkiem w rywalizacji między spadkobiercami na tron.

Zespół odkrywa dwie kapsuły zawierające umysły obcych istot, które przejmują kontrolę nad ciałami Weir i Shepparda, aby kontynuować ich osobistą wojnę.

Po zniknięciu drużyny z Atlantis wyprawa znajduje się w samym sercu zamachu stanu Genii.

Młody Amnezjanin w Atlantydzie cierpi z powodu niepokojących koszmarów, że jest Wraith, tylko po to, by dokonać szokującego odkrycia na swój temat.

Zespół Shepparda spotyka cywilizację, która ma zostać zniszczona przez super-wulkan i zostaje uwięziona tam, gdy Gwiezdne Wrota zostaną zniszczone podczas ewakuacji.

Michael i jego frakcja Wraith przybywają do Atlantydy, by zaproponować sojusz, mając nadzieję na wykorzystanie retrowirusa do przekształcenia swoich wrogów Wraith w ofiary.