Daedalus ajunge să apere Atlantida de atacul Wraith, dar poate că nu este suficient atunci când echipa descoperă că o armată și mai mare de Wraith este de pe drum.

Daedalus este infectat de un virus de calculator Wraith, în timp ce membrii expediției speră să se întoarcă pe Pământ.

Sheppard și echipa lui încearcă să-l localizeze pe locotenentul Ford, doar pentru a se găsi captivi ai unui fost soldat care este vânat de Wraith.

După o întâlnire avută cu o navă-Săgeată Wraith, conștiința unui tânăr ofițer de securitate al Atlantidei, rămâne prinsă în mintea doctorului McKay.

Echipa Atlantidei găsește o comunitate care trăiește într-o relativă siguranță față de Wraith, pentru că îi predă pe criminalii lor la Wraith - echipa se prăbușeste în colonia penală volatilă.

McKay își pune echipa la risc atunci când încearcă să perfecționeze o tehnologie antică neterminată ce a distrus o civilizație. Ronon Dex descoperă că nu este singurul supraviețuitor din lumea lui.

Echipa descoperă o fată tânără Wraith, care a fost crescută de un om și se ascunde de oamenii din satul ei uman, temându-se pentru viața ei.

Colonelul Sheppard începe să sufere o transformare fizică tulburătoare după ce a fost expus medicamentului anti-Wraith al lui Beckett.

Când echipa descoperă o navă de război antică în derivă pe marginea galaxiei, cu echipajul ei încă în viață, colonelul Sheppard intră în staza lor de realitate virtuală pentru a comunica cu ei.

Echipa este capturată de locotenentul Ford, care conduce acum un grup de tineri care iau enzimă Wraith - și care dorește ajutorul echipei pentru un atac sinucigaș împotriva unei nave-stup.

Colonelul Sheppard și echipa lui se trezesc prizonieri ai Wraith după atacul lui Ford pe o navă-stup. Dr. McKay se străduiește să-i ajute.

Sheppard se află pe o planetă în care timpul trece mai rapid, fără să poată să-si contacteze echipa sau să se întoarcă în Atlantida.

Când un agent operativ al Trustului pune o bombă în Atlantida, echipa trebuie să găsească un spion în propriile rânduri înainte ca Wraith să sosească și să descopere orașul.

Când Dr. McKay este prins sub apă într-un Puddle Jumper ce se scufundă, singura sa șansă de supraviețuire poate fi o halucinație a lui Samantha Carter.

Echipa găsește o lume care posedă tehnologie de apărare antică, unde Colonelul Sheppard devine un pion în rivalitatea dintre moștenitorii de la tron.

Echipa descoperă două capsule care conțin mințile unor ființe extraterestre, care preiau controlul asupra trupurilor lui Weir și Sheppard pentru a-și continua războiul lor personal.

Un tânăr locotenent amnezic din Atlantida suferă de coșmaruri tulburătoare în care el este un Wraith, doar pentru a face o descoperire șocantă despre el însuși.

Echipa lui Sheppard întâlnește o civilizație care urmează să fie distrusă de un super-vulcan și este prinsă în capcană atunci când Poarta Stelară este distrusă în timpul evacuării.

Michael și grupul lui Wraith, ajung la Atlantida pentru a propune o alianță, sperând să folosească retro-virusul pentru a-și transforma dușmanii Wraith în pradă.