Nadat de 3 Hiveships zijn vernietigd, ontdekt dr. Zeleka een nieuwe vloot die onderweg is naar Atlantis. Het snelle herstel van Lt. Aiden Ford na de aanvaring met een Wraith baart Dr. Beckett zorgen. Ford kan namelijk wel eens geïnfecteerd zijn met een Wraith enzym. Ondertussen heeft het team weinig tijd om weer op krachten te komen nadat ze de eerste aanval van de Wraith op Atlantis hebben overleefd. De Wraith plannen immers alweer een nieuwe aanvalsgolf. McKay bedenkt een drastisch plan, maar veel tijd is er niet meer.

Onderweg vanaf de aarde, heeft de Deadalus te kampen met een Wraith computer virus. Een Wraith Artificial Intelligence heeft de computers aan boord van de Daedalus geïnfecteerd. De A.I. neemt het schip over en zet koers naar Wraith gebied. Dr. Rodney McKay moet het computervirus elimineren voor het er in slaagt Wraith gebied te bereiken.

Lt. kolonel John Sheppard en zijn team zijn nog steeds op zoek naar Lt. Aiden Ford om hem terug te brengen naar Atlantis en hem van zijn verslaving af te helpen. In plaats daarvan wordt het team van Lt. Kolonel John Sheppard gevangengenomen door een man die al jaren achterna gezeten wordt door de Wraith.

Dr. McKay en Cadman worden opgestraald door een "Wraith Darth". Het lukt het team om de Darth neer te schieten, maar Dr. McKay en Cadman zitten nog steeds vast in de transporter. Dr. Zelenka weet Dr. McKay uit de transporter te krijgen, maar blijkt ook een stukje van Cadman meegenomen te hebben.

Kolonel John Sheppard en zijn team vinden een wereld waarin mensen leven die technologisch geavanceerd zijn. De teamleden vinden het vreemd dat deze mensen ogenschijnlijk met rust gelaten worden door de Wraith, maar ze beginnen toch onderhandelingen om technologie en voedsel te kunnen ruilen.

Het team van luitenant-kolonel John Sheppard stuit op een bijna vernietigde wereld met een Ancient wapen. Dr. Rodney McKay weet zeker dat hij het wapen weer aan de gang kan krijgen met de aanwijzingen die de Ancients achter hebben gelaten. Dr. Zelenka vindt het vreemd dat er niets over deze Ancient buitenpost te vinden is in de Atlantis database.

Het Atlantis expeditieteam stuit op een jonge Wraith die bij een man leeft die haar voor de dorpelingen beschermt en opvoedt. De vrouwelijke Wraith lijkt helemaal aangepast aan het menselijke leven en hoeft zich volgens de man niet te voeden met mensen, omdat hij een speciale kruidendrank ontdekt heeft die de honger bij de Wraith wegneemt.

Sheppard ondergaat een merkwaardige transformatie nadat hij is geïnfecteerd met de anti-wraith drug waar Dr. Beckett aan werkt.

Het team van Sheppard stuit op een Ancient schip met nog levende, maar in stasis verblijvende Ancients. Sheppard gaat hun virtuele wereld binnen en merkt dat niet iedereen is wie ze zeggen te zijn.

Het expeditieteam van kolonel Sheppard wordt gevangengenomen door Luitenant Aiden Ford en zijn nieuwe team van jonge mannen die verslaafd zijn aan het Wraith-enzym. Luitenant Ford wil de hulp inroepen van zijn oude team om een aanval te plegen op een Hive-schip.

Sheppard en zijn team zijn gevangengenomen door de Wraith na de aanval op het Hive-schip. McKay doet zijn best om zijn teamleden te bevrijden.

Kolonel Sheppard bevindt zich op een planeet waar de tijd sneller voorbij gaat. Hij kan geen contact meer krijgen met zijn andere teamleden en Atlantis.

Een spion van de Trust plaatst een bom op Atlantis. De spion en de bom moeten gevonden en uitgeschakeld worden voordat de Wraith terugkomen en Atlantis ontdekken.

McKay komt onder water vast te zitten in een Puddle Jumper. Zijn enige kans om te overleven is een hallucinatie van kolonel Samantha Carter.

Het team vindt een Ancient verdedigingsmechanisme op een planeet. Kolonel Sheppard wordt als pion gebruikt door de diverse troonopvolgers van de planeet.

Het team vindt twee menselijke lichamen die al lang in stasis zijn. Het bewustzijn van de twee gevonden lichamen nemen de lichamen van Sheppard en Weir over en gaan verder met de ruzie die ze hadden voor ze in stasis werden geplaatst.

Een jonge luitenant met geheugenverlies heeft verschrikkelijke nachtmerries; hij denkt een Wraith te zijn. Maar de ontdekking die later gedaan wordt is nog veel schokkender.

Het Atlantis-team vindt een samenleving die op het punt staat vernietigd te worden door een supervulkaan. Het team komt vast te zitten op de planeet wanneer de stargate vernietigd wordt gedurende de evacuatie.

Michael en zijn Wraith-fractie arriveren op Atlantis om een alliantie voor te stellen. Ze hopen dat het retrovirus van dr. Beckett de voor hen vijandelijke Wraith kan omvormen tot prooi.