A város megsegítésére megérkezik a Daedalus nevû csatahajó, amelynek segítségével megelõzõ támadásra indulnak Atlantisz védõi. Közben Ford egy bizarr átalakuláson megy át, mely alapvetõen megváltoztatja az expedíció tagjaihoz fûzõdõ kapcsolatát.

A csapat visszafelé tart a Földrõl Atlantisz felé, amikor a hajójuk irányíthatatlanná kezd válni.

Az egyik kutatócsapat Ford nyomaira bukkan, akit egykori társai próbálnak megnyugtatni és hazahívni. Fogságba ejti õket azonban egy Ronan Dex nevû férfi, aki ugyanezen a bolygón rejtõzködött el.

Egy lidérc támadás után McKay nem teljesen önmaga, mert a testét meg kell osztania egy kollegájával. A furcsa viselkedése miatt bolondnak tartják.

Sheppardék egy vad civilizáció elõl menekülve egy fejlett városba jutnak, amelyrõl kiderül, hogy politikai tárgyalásokat folytat a lidércekkel.

McKay megpróbál tökéletesíteni egy olyan Õs energiatermelõ technológiát, mely hamarosan nem várt fordulatot vesz. Teyla és Ronan egy Belkan nevû kereskedõcsoportot látogat meg, ahol megtudják, hogy a férfi világának vannak túlélõi és közöttük van egykori mestere is.

A csapat egy elzárt világ lakóinak kérésére lidérc utáni hajtóvadászatba kezd. Megdöbbenve veszik tudomásul, hogy egy fiatal lidérc lány együtt él egy apjának tartott emberrel, aki a speciális fõzetének köszönhetõen mesterségesen el tudja nyomni az éhséget. Dr. Beckett megpróbálja a kivonat titkát felfedni.

Dr. Beckett retrovírusa miatt Sheppard egy furcsa átalakuláson megy keresztül.

Lefagyasztott Õsöket találnak Sheppardék, akikkel megpróbálják felvenni a kapcsolatot.

Ford egy különleges csoport vezetõjeként visszatér, hogy egy kaptárhajó elleni támadáshoz segítséget kérjen Atlantisztól.

Sheppard fogságba esik a lidérc hajóban, miután Ford terve nem úgy sül el, ahogy szerették volna.

Sheppard idõtorzulás miatt közel egy évig magára marad egy olyan bolygón, amelynek lakói Õsök.

A várost megtámadja egy Goa’uld, aki egy bombát helyez el az egyik épületben.

McKay a tenger mélyén találja magát egy Puddle Jumperben, ahol Sam Carter érkezik a segítségére.

Az egyik civilizáció egy fejlett Õs szerkezetnek köszönhetõen sértetlenül vészelte át az elmúlt évszázadokat, de az uralkodói házban kitört viszályban Sheppard csapatának kellene döntést hoznia.

Weir és Sheppard fenyegetést jelentenek a városra, amikor egy idegen életforma veszi át testük felett az irányítást.

Michael Kenmore hadnagy egy küldetést követõen amnéziában szenved. A felépülését elõsegítõ terápiában a város vezetése személyesen vesz részt.

A csapat egy olyan világba látogat, amely éppen megsemmisül egy vulkán miatt.

Michael és egy lidérc királynõ meglepõ ajánlatot tesz a város vezetésének, ha segítenek emberekké alakítani ellenfeleiket Dr. Beckett retrovírusával.