Атлантис е спасен в последния момент от Дедал, който успява да унищожи останалите два корабa кошери. Въпреки това, още 12 са на път и те бързо се адаптират към мерките на Таури. МакКей и екипа му трябва да инсталират новият МНТ и да повишат щитовете на града, за да защитят Атлантис, преди останалата част от Призрачният флот да пристигне и да превземе града. Междувременно, екипът намира и лейтенант Ейдън Форд, който е получил предозиране от ензима на един рейфовете.

След двупосочно пътуване от Земята обратно към Лантеа, необяснима смърт се случва на борда на Дедал. Един човек е бил убит, когато разбират че за смърта му е отговорен компютърен вирус на Призраците, който се е качил в компютрите Дедал и взима контрол върху кораба. Д-р МакКей и екипа му трябва да го спрат. По време на срещата в Старгейт, д-р Уиър научава, че Пентагонът планира да замени Шепард с полковник Колдуел.

След намиране на мъртъв Призрак на P3M-736, експедицията на Атлантис намира доказателства, че лейтенант Ейдън Форд е отговорен за това. Шепърд и опитният му екип се опитват да открият лейтенанта, само че се озоват в плен на един млад човек, който е преследван от Призраците.

След като МакКей и лейтенант Лаура Кадмън са заловени от Призрачна стрела, екипа на Шепърд свалят стрелата. Опитвайки се отново да материализират двойката, съзнанието на лейтенант Лаура Кадмън се озовава в тялото на Маккей и го споделят и двамата. Ронън Декс през това време решава дали да остане в Атлантис.

Екипа на Шепард открива планета недокосната от Призраците, защото правителството изпраща своите престъпници в наказателен остров, където Призраците могат да се хранят. Джъмпера на Шепард е свален и се разбива на острова.

Екипът намира пост на необитаема планета и откриват, че древните са изследвали източник на захранване, пред който МНТ-то изглежда като малка батерийка. МакКей веднага изследва източникът на енергия и излага Атлантис на риск, когато се опитва да изключи тайният древен източник на захранване. Междувременно, Ронън Декс научава, че една малка част от хората му са оцелели след атаката на Призраците на планета му, включително и бившия си военен треньор, с когото той има недовършена работа.

The team discovers a young Wraith girl who has been raised by a human, and is in hiding from the people of her human village in fear of her life.

Colonel Sheppard begins to undergo a disturbing physical transformation after being exposed to Beckett's anti-Wraith drug.

When the team finds an Ancient warship adrift on the edge of the galaxy, its crew still alive, Colonel Sheppard enters their virtual reality stasis to communicate with them.

The team is captured by the missing Lieutenant Ford, who is now leading a group of young men who are taking the Wraith enzyme -- and who wants the team's help in a suicide attack against a hive ship.

Colonel Sheppard and his team find themselves prisoners of the Wraith following Ford's attack on a hive ship. Dr. McKay goes to great lengths to help them.

Sheppard finds himself on a planet where time passes more rapidly, with no way to contact his team or return to Atlantis.

When Dr. McKay is trapped underwater in a sinking Puddle Jumper, his only chance for survival may be an hallucination of Samantha Carter.

The team finds a world that possesses Ancient defense technology, where Colonel Sheppard finds himself a pawn in the rivalry between the heirs to the throne.

The team discovers two pods that contain the minds of alien beings, who take control of Weir and Sheppard's bodies to continue their personal war.

After a team from Atlantis goes missing, the expedition finds itself in the middle of a Genii coup.

An amnesiac young Lieutenant in Atlantis suffers from disturbing nightmares that he is a Wraith, only to make a shocking discovery about himself.

Sheppard's team meets a civilization about to be destroyed by a super-volcano, and is trapped there when the Stargate is destroyed during the evacuation.

Michael and his Wraith faction arrive at Atlantis to propose an alliance, hoping to use the retrovirus to transform their Wraith enemies into prey.