La oportuna llegada del Daedalus, liderado por el Coronel Caldwell, salva la vida del Mayor Sheppard, pero quizás no sea suficiente para derrotar a las naves Wraith. Afortunadamente gracias al MPC, McKay quizás pueda realizar otro milagro.

Sheppard, Weir, McKay y Beckett regresan de su viaje a la Tierra en el Daedalus pero la nave empieza a sufrir dificultades técnicas. Después de 2 muertes por malfuncionamientos, se descubre que la nave ha sido infectada por un virus de los Wraiths durante el sitio, y ahora la nave tiene el instinto de mantenerse viva y matar.

Mientras investigan un nuevo planeta, uno de los equipos encuentra una pista del paradero del Teniente Ford. Durante la búsqueda, el recién ascendido Teniente Coronel Sheppard y Teyla son capturados por Ronon Dex, un corredor, un hombre al que los Wraiths cazan por placer. Cuando Beckett quita el aparato que les permite a los Wraiths encontrarlo, regresa a Atlantis con el equipo.

McKay y la Teniente Laura Cadman son capturados por un Dardo Wraith, pero es derribado para impedir que los Wraiths descubran Atlantis. Cuando Zelenka finalmente logra transportarlos fuera del aparato, solo consigue sacar a McKay, con la mente de Cadman atrapada dentro. Mientras que, Sheppard prueba a Ronon para convertirlo en parte de su equipo.

El equipo del Coronel Sheppard encuentra a una civilización tecnológicamente avanzada que deja a sus criminales en la isla donde el Stargate esta para que los Wraiths se alimenten de ellos y dejen a los demás en paz. Pero después de que los prisioneros derriban el Jumper, descubren que las cosas no son tan claras como parecen.

Después de encontrar un generador de energía experimental de los Antiguos muy inestable y peligroso que mato a los mismos, McKay se obsesiona con triunfar donde los Antiguos fallaron, pero el precio puede ser demasiado alto. Mientras, Teyla y Ronon van al planeta Balkan a comerciar, donde descubren que no toda la gente de Ronon murió.

Mientras investigan un planeta, el equipo se cruza con una joven Wraith quien vive con un humano al que llama padre. Ella dice que no se alimenta de humanos, gracias a una droga que le quita la necesidad de hacerlo. Al comprobar que lo que dice es verdad, Beckett revela la posibilidad de transformarla en humana usando su retro-virus, aunque no estaba listo.Pero aun así la Wraith se lo inyecta y se vuelve más agresiva, fuerte y Wraith, por lo que la tienen que matar.

Después de ser infectado con el retro-virus por Ellia, el equipo corre contra reloj para encontrar la forma de revertir la transformación de Sheppard en un híbrido entre humano e insecto Iratus. Pero incluso con Sheppard haciéndoselos difícil puede que el sea la clave de su propia salvación.

El equipo encuentra una nave de batalla de los Antiguos todavía habitada por estos en animación suspendida, pero conectados a través de ambiente virtual. Sheppard entra para obtener la información sobre como vencer a los Wraiths, pero los Antiguos no tienen idea que el ambiente virtual no es real, excepto por un Wraith que ha entrado en el programa.

Sheppard, Ronon, Teyla y Ford son capturados abordo de la Colmena durante su intento de destruirla, la Reina lleva a Sheppard para interrogarlo. Preocupado por sus compañeros, McKay se inyecta una gran dosis de la enzima para escapar, regresar a Atlantis e informar sobre la situación, la ciudad envía al Daedalus al rescate.

Mientras investigan un aparato de los Antiguos, Sheppard queda atrapado dentro, separado del resto del equipo. Mientras tratan de sacarlo, el equipo descubre que el tiempo pasa mucho más rápido dentro y que Sheppard podría morir de viejo antes de que puedan sacarlo.Pero sheppard descubre a un grupo de gente tratando de ascender que son atemorizados por un "monstruo".

El N.I.D., ha descubierto que El Trust se ha infiltrado en Atlantis y ha plantado una bomba, la cual explotara la próxima vez que marquen a la Tierra. Para agregar más tensión, dos Cruceros Wraiths se dirigen a la ciudad, la Dr. Weir quiere averiguar si hay algún espía Goa'uld en Atlantis antes de que los Wraiths lleguen.

Durante la prueba del Jumper derribado en el episodio 2x05 recientemente reparado, este se estrella en el océano, dejando al Dr. McKay atrapado bajo el agua. Empezando a mostrar las primeras señales de estar perdiendo la esperanza y la razón, deberá confiar en su alucinación de la Teniente Coronel Samantha Carter para sobrevivir.

En un planeta con una ciudad como Atlantis el equipo descubre el Lord Protector aleja a los Wraiths con una gran dotación de Drones, pero que trata a su pueblo con poca dignidad. Cuando el muere repentinamente, el Coronel Sheppard queda atrapado en la disputa entre los herederos del trono.

El equipo de Sheppard encuentra dos cápsulas de estasis flotando en el espacio y regresan a la ciudad con ellas. Al abrirlas, las mentes de las personas en ellas son transferidas a los cuerpos de Weir y Sheppard. Pero cuando descubren que los dos son enemigos esperando resolver una antigua disputa, el combate pone en peligro a toda la población de Atlantis.

Después de la supuesta muerte del equipo del Mayor Lorne, Ladon Radim llega a la ciudad buscando derrocar al líder de los Genii. A pesar de las sospechas aceptan ayudar, ya que parece haber encontrado un MPC que está dispuesto a comerciar por suministros. Pero luego, los verdaderos motivos de Radim se revelan.

El Teniente Michael Kenmore despierta en Atlantis sin tener idea de quien es, sin embargo tiene algunos recuerdos acerca de los Wraiths. Pero cuando la gente comienza a tratarlo de manera extraña, empieza a sospechar que podría ser un Wraith convertido en humano.

El equipo va a un puesto de avanzada de los Antiguos habitado por miles de personas, pero pronto un supervolcán es descubierto debajo de ellos. Mientras tratan de escapar, el Stargate es tragado por la lava, con ninguna forma posible de escapar, Dr. McKay deberá tratar de salvarlos reparando una nave de batalla de los Antiguos.

Atlantis une fuerzas con una facción de los Wraiths que buscan ayuda para destruir a su enemigo común, los Wraiths. Debido a que los Wraiths están enfrentados en una guerra civil, ellos sugieren usar el retro-virus para convertir Wraiths en humanos y así poder alimentarse de ellos y no de los humanos de la galaxia.