Episódio duplo. No episódio de estreia da série, um novo grupo de exploradores se aventuram na cidade perdida de Atlantis. Presos numa nova galáxia e sem a possibilidade de voltar a Terra, o grupo se depara com um poderoso inimigo.

Continuação da primeira parte.

Atlantis é ameaçada quando uma entidade alienígena é libertada por engano. As experiências de McKay com tecnologia alienígena não trazem bons resultados.

Um grupo no Saltador de Poças ficam presos num portal. O problema pode ser fatal se eles não agirem rápido.

Como os Wraith continuam atormentando as missões de Sheppard, Weir começa a desconfiar que existe um espião duplo agindo entre eles.

Sheppard e seu grupo chegam a um planeta totalmente habitado por crianças. Elas acreditam que sua religião conseguiu manter os Wraith afastados por quinhentos anos.

A equipe Atlantis encontra uma civilização humana que pode ter desenvolvido uma arma formidável contra os Wraith.

Teyla apresenta a equipe Atlantis aos Genii, um simples grupo de fazendeiros que escondem um segredo perigoso.

A equipe Atlantis encontra um caminho de volta à Terra, mas logo descobre que poderá não conseguir retornar a Atlantis.

Uma grande tempestade ameaça destruir a cidade. Enquanto isso, a equipe Atlantis enfrenta a ameaça dos Genii.

O major Sheppard faz um perigoso jogo de Gato e Rato com soldados que assumiram o controle de Atlantis e estão fazendo Weir e McKay reféns.

A equipe de Sheppard investiga uma nave abatida dos Wraith e acabam ficando presos em um planeta juntamente com um sobrevivente da raça Wraith.

Vários moradores de Atlantis são infectados por um vírus mortal. Com isso, os governantes são forçados a isolar a cidade.

A equipe encontra um mundo que seria o local ideal para aqueles que fogem dos Wraith. No entanto, os habitantes deste paraíso acreditam que seu Deus não permitirá que isso aconteça.

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Uma mulher é encontrada em animação suspensa em Atlantis. A equipe fica chocada ao constatar tratar-se da Dra. Weir, que conta ao grupo sobre sua viagem de 10 mil anos ao passado da cidade.

A equipe parte em busca de um valioso equipamento que supostamente está escondido no planeta Dagan. No entanto, seus novos aliados têm suas próprias razões para apanhar o objeto.

Os integrantes da expedição Atlantis encontram uma brecha para enviar transmissões a Terra e gravam mensagens em vídeo para seus entes queridos.

Quando pesadelos terríveis sobre os wraiths atormentam Teyla, ela vai se aconselhar com o psicólogo da cidade e descobre que ela pode "sentir" os wraiths. Determinada a descobrir mais sobre essa sua característica, ela lidera uma pequena equipe em missão a um planeta no qual as vítimas dos wraiths retornam "miraculosamente". Lá, eles descobrem o que parece ser um laboratório de estudos genéticos. Será que a ligação de Teyla com os wraiths é resultado de experiências genéticas?

Um esquadrão Wraith está a caminho de Atlantis. A equipe procura um lugar para escapar e uma maneira de destruir a cidade. Mckay lidera uma equipe para tentar ativar a plataforma orbital de armas dos Antigos.

Um novo contingente militar da Terra é enviado para assumir o comando de Atlantis e defende-la de um iminente ataque dos Wraith.