Ekspedicija na Atlantis pod vodstvom Dr. Weir dolazi u grad Drevnih i ubrzo su prisiljeni tražiti izlaz iz krize uzrokovane kroničnim nedostatkom energije te zalihama hrane koju zbog nemogućnosti pozivanja Zemlje ne mogu osigurati. Tako upoznaju Athosijance, a skupa sa njima i nove moćne neprijatelje Wraithe, koje bude iz dugogodišnje hibernacije. Major Sheppard sastavlja tim koji se sastoji od njega, Dr. McKaya, poručnika Forda i Athosijanke Teyle. Također početkom sezone stvaraju sebi nove neprijatelje Geniije, vojnu civilizaciju sa tehnologijom iz 1950-ih godina. Pred kraj sezone pod napadom Wraitha spremaju se na evakuaciju sa Atlantisa, ali im u zadnji trenutak stiže pomoć sa Zemlje. Sezona ipak završava opsadom Atlantisa, ne prikazujući konačan ishod.

Премиерата на първия сезон се проведе в Съединените щати на 16 Юли 2004 . Експедиция под командването на д-р Елизабет Уиър се отправя към града на древните, наричан Атлантида. Експедицията от Земята доста бързо попада в сериозна беда в галактиката Пегас и те биват принудени да търсят съюзници в тази нова галактика, но заедно с новите си приятели те се сдобиват и с нови врагове, наричани Призраците. Откъснати от Земята, екипът трябва със собствените си сили да опита да се справи с технологиите на древните и да намери начин да се защити от Призраците. Майор Джон Шепард сформира екип за «първи контакт» , в който включва себе си, Родни МакКей, лейтенант Ейдън Форд и лидера на Атозианците - Тейла Емаган . По време на една от първите си мисии те се сдобиват и с още един враг в лицето на Дженаите - милитаристична човешка цивилизация с технологии на нивото от 1960 год. на замята. Сезонът завършва по време на обсадата на Атлантис от ескадрилата на Призраците.

L'expédition, en partance vers la galaxie de Pégase et dirigée par le docteur Weir, s'installe dans la cité des Anciens. Elle se voit toutefois rapidement contrainte, pour des raisons techniques menaçant la cité et la vie du personnel, de l'abandonner pour partir à la recherche d'une nouvelle planète. Un groupe d'hommes fait la rencontre de nouveaux alliés, les Athosiens. Malheureusement pour l'expédition, ils vont aussi découvrir un nouvel ennemi : les Wraiths, alors que les explorateurs terriens essaient de sauver certains d'entre eux. Après le réveil de ces nouveaux ennemis dans la galaxie et l'emménagement dans la cité, le docteur Weir et le Major Sheppard ont fort à faire pour repousser les Wraiths, mais aussi les Géniis et d'autres menaces rendant difficiles l'exploration de la galaxie. La vie sur Atlantis n'est pas aussi idyllique que tous l'espéraient et les combats sont difficiles et douloureux pour protéger la ville des Anciens qui finit quand même par être assiégée à la fin de la saison.

A Dr. Weir által vezetett expedíció megérkezik az Ősök elveszett városába. Hamar új barátokra tesznek szert: az athosiakra és egy új, erős ellenségre: a lidércekre. Az expedíciónak a Földtől elvágva kell túlélniük az új galaxisban, miközben az Ősök technológiáját kell megfejteniük és utat kell találniuk a lidércek elpusztítására. Sheppard őrnagy összeállít egy csapatot, aminek tagjai ő maga, Dr. Rodney McKay, Aiden Ford hadnagy és az athosi vezető, Teyla Emmagan, aki Atlantisz első kapcsolatteremtő csapatát szolgálja. Első misszióik egyikében egy másik ellenséget is találnak, a Genii-t, egy emberi katonai civilizációt az 1950-60-as évek technológiai szintjével.

Az évad végén a lidércek megkezdik Atlantisz ostromát.

La primera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 16 de julio de 2004 y finalizó el 31 de enero de 2005 con un total de 20 episodios.