Nowa drużyna Stargate wyrusza w niebezpieczną misję do odległej galaktyki, gdzie odkrywają mityczne, zaginione miasto - i śmiertelnego nowego wroga.

Sheppard próbuje przekonać Weir, aby wziął udział w misji ratunkowej, aby uwolnić pułkownika Sumnera, Teylę i pozostałych schwytanych przez Wraith.

Baza Atlantis jest zagrożona, gdy zespół odkrywa, że ​​w mieście jest obca jednostka. Eksperyment McKaya z obcą technologią nie idzie.

Zespół znajduje się w śmiertelnym niebezpieczeństwie, gdy ich statek Skoczka Skalnego zostanie wbity w Gwiezdne Wrota.

Po serii ataków Wraith, zespół zaczyna podejrzewać swoich sojuszników Athosan o posiadanie szpiega pośród nich.

Sheppard i zespół odwiedzają świat, w którym nikt nie ma więcej niż 24 lata - z powodu rytualnej praktyki samobójczej, która ich zdaniem powstrzymuje Wraith.

Wysiłki zmierzające do otwarcia stosunków handlowych z gatunkiem zwanym Genii stają się kwaśne, gdy zespół odkrywa ich nowych "sojuszników" mają ukryte motywy.

Starania McKay'a o wykorzystanie energii atmosfery obcej planety pozwalają na powrót na Ziemię - ale zespół może nie być w stanie powrócić na Atlantydę.

Kiedy ogromna burza zagraża miastu, Atlantis zostaje ewakuowana - tylko po to, by zostać przejętym przez nowego wroga zespołu.

Major Sheppard gra niebezpieczną grę w kotka i myszy z żołnierzami, którzy przejęli kontrolę nad Atlantydą i wzięli zakładnika Weir i McKay.

Zespół Shepparda bada zestrzelony statek Wraith i utknął na planecie z samotnym ocalałym Wraith.

Prawie jedna trzecia mieszkańców Atlantydy jest zarażona śmiertelnym wirusem, który powoduje halucynacje i śmierć, zmuszając do zamknięcia miasta.

Zespół odnajduje rajski świat, który byłby idealną świątynią dla uciekających przed Wraith, ale lokalni mieszkańcy wierzą, że ich bogini na to nie pozwoli.

Kobieta znajduje się w zawieszonej animacji na Atlantydzie, a zespół jest zszokowany, widząc, że to sama doktor Weir opowiada im o swojej podróży sprzed 10 000 lat w przeszłości miasta.

Zespół poszukuje cennego modułu Zero Point, podobno ukrytego na planecie Dagan - ale ich nowi sojusznicy mają własne motywy.

Dzięki krótkiej okazji wysłania transmisji danych na Ziemię członkowie ekspedycji Atlantis składają wiadomości wideo do swoich bliskich.

Nękana strasznymi koszmarami, Teyla zaczyna przypominać czas, kiedy ona i jej ojciec zostali schwytani przez Wraith i poddani niepokojącym eksperymentom.

Wraz z grupą statków kosmicznych Wraith w drodze do Atlantydy, zespół poszukuje miejsca do ucieczki i sposobu na zniszczenie miasta. McKay przewodzi zespołowi, który próbuje aktywować platformę orbitalnych broni Pradawnych.

Cała nadzieja wydaje się stracona, póki pułkownik Everett nie przybył nagle z Ziemi. Jest zdecydowany bronić miasta do przybycia ZPM, przyniesionego przez nowy statek.