Az antarktiszi romok megfejtése révén egy nemzetközi tudósokból álló csapat elindul a távoli Pegazus-galaxisba, hogy megtalálja az Õsök elveszett városát. Atlantisz azonban a pusztulás szélén áll és ezért egy helyi népcsoport segítségét kell kérniük.

Vakmerõ katonai akcióra indul a csapat egy része, hogy társaikat kiszabadítsák az ellenség karmaiból. A küldetésük tragikus fordulatot vesz és csak még nagyobb veszélybe sodorják az expedíciót egy õsi ellenség figyelmének felkeltésével.

A Puddle Jumper az ûrben lebegõ csillagkapuban ragad és csupán 38 percük marad a probléma megoldására, miközben egy veszélyes élõsködõvel is meg kell küzdeniük az utastérben.

Miután több küldetésen a lidércekbe botlanak, a csapat gyanakodni kezd az athosiai szövetségeseikre, hogy talán áruló férkõzött a soraikba.

Sheppard és csapata egy olyan bolygóra látogat, ahol senki nem öregebb 24 évesnél, mivel úgy tartják, a 24 felettiek rituális öngyilkossága távol tartja a lidérceket.

A csapat egy olyan bolygóra látogat, melyen a lidércek rendszeresen táplálkoznak, de amelynek lakói közel járnak egy felfedezéshez, ami immunisá teheti õket az ellenséggel szemben.

A Genii-vel tervezett kereskedelmi szerzõdés kudarcba fullad, amikor a csapat rájön, hogy az új "szövetségeseknek" hátsó szándékaik vannak.

McKay kísérlete, hogy egy idegen bolygó atmoszférájából kigyûjtse az energiát, lehetõséget ad egy földi útra, de a csapat valószínûleg nem térhet vissza Atlantisra.

Amikor egy óriási vihar fenyeget, Atlantist evakuálják - miközben a csapat legújabb ellensége elfoglalja a várost.

Sheppard õrnagy macska-egér játékot folytat azokkal a katonákkal, akik átvették az irányítást Atlantis fölött, és fogságban tartják Weirt és McKayt.

Sheppard csapata egy lezuhant lidérc hajót vizsgál, amikor ott ragadnak egy idegen bolygón, a lidérc túlélõvel.

Az Atlantison néhányan megfertõzõdnek egy halálos nanit vírussal, ezért a teljes várost le kell zárni.

A csapat egy paradicsomi világot talál, ami ideális menhely lenne azoknak, akik a lidércek elõl menekülnek, ám a helyiek úgy hiszik, istennõjük nem fogja ezt megengedni.

Egy hibernált nõt találnak az Atlantison, akiben a csapat meglepõdve Dr. Weirt ismeri fel. Dr. Weir aztállítja, hogy 10000 évet utazott vissza a múltbeli Atlantisra.

A csapat a Dagan nevû bolygón egy legendás tárgy után kutat, amit a daganiak "Potentia"-nak hívnak, s ami nem más, mint egy ZPM, ami energiával láthatná el Atlantis rendszereit, így a pajzsot is, ami megvédhetné Atlantiszt egy esetleges lidérc támadástól.

Amikor kiderül, hogy közeleg egy lidérc támadás, Atlantisz felfedezõi számításba veszik lehetõségeiket. Úgy döntenek, érdemes megpróbálniuk legalább üzenni a Földre, ha már egy ember átküldéséhez nem tudják a kaput elég ideig nyitva tartani.

Teylat rémálmok gyötrik, melyekben egy lidérc üldözi, majd magát is lidércként látja. Az egyik rokonától megtudja, hogy közelebbi a kapcsolata a lidércekhez, mint gondolná.

A tudósok egy csoportja megpróbál mûködõképessé tenni egy Õs mûholdat, hogy megelõzõ csapást mérhessenek a város felé közeledõ lidérc hajókra.

Egy katonai csapatot küldenek a Földrõl Atlantisra azzal az utasítással, hogy vegyék át a parancsnokságot Dr. Weirtõl és védjék meg a várost a lidérc támadástól.