Meses después de renunciar al cargo de líder del Comando Stargate, la Dra. Elizabeth Weir ha estado trabajando en el puesto de avanzada en la Antártica, reuniendo miembros para una expedición que se embarca a la ciudad perdida de Atlantis. Cuando parece que son capaces de determinar la dirección del Stargate, una nueva aventura comienza.

Después de que el Mayor John Sheppard regresa con los refugiados del ataque, la ciudad esta a punto de ser aplastada por el agua. Cuando toda esperanza parece perdida, Atlantis se suelta del fondo del océano, elevándose a la luz del día. Sheppard planea rescatar a sus compañeros.

El Dr. Beckett ha desarrollado una terapia genética experimental para darle el gen de los Antiguos a aquellos que nacieron sin él. La primera persona en someterse a la terapia es el Dr. McKay, quien prueba el gen con un escudo personal de los Antiguos. El problema comienza cuando no puede desactivarlo. Mientras tanto, una misteriosa entidad comienza a rondar por la ciudad después de que uno de los niños Athosianos se extravía.

El Puddle Jumper del equipo del Mayor Sheppard queda atascado en la Stargate, sin posibilidad de pasar, mientras que un desagradable insecto está adherido al cuello del Mayor Sheppard, drenando su vida como un Wraith. El equipo solo tiene 38 minutos antes de que la Stargate se cierre cortando la nave en dos.

Después de que el equipo del Mayor Sheppard es atacado una vez más por los Wraiths, Weir y el Sargento Bates comienzan a sospechar que uno de los Athosianos pueda ser un espía, pero cuando ordenan una investigación, toda evidencia apunta a Teyla. Enfurecidos por el hecho de que la Dr. Weir no confie en ellos, los Athosianos desean marcharse al recién descubierto continente.

El equipo visita un planeta donde nadie tiene más de 24 años, debido a rituales suicidas que ellos creen mantienen a los Wraiths alejados. En realidad, los Wraiths no pueden atacar debido a un campo electro-magnético que deja a toda la tecnología inútil. Investigando descubren que la fuente de energía del campo es un MPC. Llevándoselo, inintencionadamente desactivan el campo que realiza la función de escudo, quedando de esta manera a la merced de los Wraiths.

El Mayor Sheppard ofrece de voluntario al Dr. Beckett para ayudar a los Hoffanos, quienes están desarrollando una vacuna en contra de los Wraiths. Pero los Hoffanos están dispuestos a ir a cualquier extremo para eliminar a su enemigo, incluso si eso significa la destrucción de la mayoría de su gente.

Sheppard y su equipo visitan el planeta de los Genii para comerciar con ellos, así la ciudad no tiene que recurrir al racionamiento. De acuerdo con Teyla, su pueblo ha comerciado con ellos en el pasado y cree que son pacíficos granjeros. Sin embargo, pronto Sheppard y McKay encuentran un bunker subterráneo, permitiéndoles ver el verdadero rostro de los Genii.

El equipo encuentra un planeta con una atmósfera llena de energía que les permitirá marcar a la Tierra. Sorprendentemente, el S.G.C. les da la bienvenida, diciéndoles que podrán regresar gracias al nuevo hiperpropulsor del Prometheus. Sin embargo cuando los motores explotan, el equipo comienza a descubrir el misterio de la situación.

Una gigantesca tormenta que tiene lugar cada 20 o 30 años, se dirige a Atlantis y devastará la ciudad a menos que McKay y Zelenka encuentren la manera de activar el escudo. Pero no es coincidencia que los Genii invadan la ciudad en su momento más vulnerable.

Sheppard combate contra los Genii quienes tienen a Dr. Weir y a Dr. McKay como rehenes. Mientras tanto, la mayor parte de la tormenta se aproxima a la ciudad y podría aplastarla en su frágil estado. Convenciendo a sus captores de reparar la ciudad para activar el escudo, McKay gana tiempo para el rescate, mientras que el Mayor continua jugando al gato y al ratón.

Cuando Sheppard, McKay, y dos científicos investigan un satélite defensivo de los Antiguos, descubren una llamada de auxilio proveniente de una nave Wraith. Al investigar, encuentran un Wraith con 10,000 años que no morirá fácilmente gracias a que ha comido recientemente. Parece que la única forma de matarlo será, "suficiente armamento para luchar una pequeña guerra."

Mientras examinan el daño causado a la ciudad por la tormenta, McKay, Ford, Zelenka y un grupo de científicos son infectados por un virus que los está matando uno por uno. Pero cuando un científico empieza a tener alucinaciones, escapa hacia la ciudad mientras está en cuarentena, amenazando a toda la población.

Cuando la nave Wraith que los persigue es destruida por una misteriosa arma energética. El equipo del Mayor Sheppard se dirige al planeta a investigar. En él encuentran una civilización pacífica y libre de Wraiths en la cual creen que son protegidos por una diosa. Los habitantes llevan al equipo a ver a su sacerdotisa, quien guarda un secreto sobre ella misma.

Mientras exploran la ciudad, Sheppard, Ford y Teyla encuentran en éxtasis a una mujer muy anciana, quien creen que es una de los Antiguos. Ella dice ser la Dr. Weir, y el examen de ADN lo confirma. Una vez estable, comienza a contar una historia que lleva guardando durante 10.000 años: como fue ella, quien salvo la ciudad de Atlantis.

Mientras tratan de localizar un MPC, el equipo descubre como La Hermandad lo ha escondido de los Wraiths a petición de los Antiguos. Mientras tratan de descubrir donde está, el equipo se encuentra con Kolya. Pero Atlantis tiene sus propios problemas cuando un Dardo Wraith aparece sobre la ciudad.

McKay encuentra una manera de abrir el Stargate a la Tierra por 1.3 segundos, que los permitirá mandar un mensaje de alta compresión (más tarde mcKay logra mejorar la compresión de datos aumentando el tiempo a 2.6 segundos) al S.G.C. que podrá incluir reportes de misiones, especificaciones de la ciudad, y mensajes personales. Mientras, Sheppard y Teyla van a otro planeta para conseguir más información sobre los Wraiths, pero se encuentran con varios contratiempos.

Teyla empieza a tener sueños relacionados con los Wraiths, pero más que nada uno en el que ella se convierte en uno. Mientras trata de averiguar más sobre su pasado, se encuentra con un laboratorio de los Wraiths, el cual el Dr. Beckett usa para hacer un asombroso descubrimiento acerca de su ADN.

El S.G.C. ha encontrado un MPC, y como resultado del mensaje enviado, refuerzos llegan a la ciudad para ayudar contra los Wraiths. El recién llegado Coronel Everet dice que el MPC está en camino gracias a la nueva nave de la Tierra, y que necesitan resistir por 4 días, o la ciudad podría perderse para siempre.