Daniel Jackson objavuje adresu strateného mesta Antikov - Atlantídu. V SGC je pripravená expedícia, ktorá má za úlohu mesto preskúmať, ale energia vystačí len na cestu tam, takže sa nemusia už vrátiť späť. Po príchode nájdu mesto Atlantídu, ktoré je ale úplne opustené a pod hladinou mora. Energia mesta vystačí len pár dní a až dôjde, bude celé mesto zatopené vodou...

Výprava, ktorá sa vydala hľadať nový zdroj energie (ZPM), je napadnutá Wraithami - nepriateľmi Antikov, ktorí sa živia energiou ľudí. Niekoľko členov výpravy je unesených. Pri ich záchrane je však zabitá wraithská kráľovná, ale ostatný Wraithovia sa prebúdzajú a začínajú pustošiť galaxiu...

Dr. Beckett objaví spôsob, ako aktivovať gén Antikov u ľudí, ktorí ho nemajú. McKay chce podstúpiť tento experiment kvôli osobnému štítu, ktorý našiel. Po jeho spustení sa stáva McKay nezraniteľným, avšak, keď sa chce najesť alebo napiť, nápoj steká po štítu dolu a McKay ho nemôže vypnúť...

Puddle jumper sa vracia späť na Atlantis, ale pri prelete Hviezdnou bránou sa zastaví, pretože časť motora sa zasekla o okraj brány. Loď je teda napoly v červej diere a zostáva presne 38 minút, než sa brána uzavrie a loď aj s cestujúcimi sa rozpolí.

Tím majora Shepparda sa vracia späť na Atlantídu a uniká pred paľbou nepriateľa. Opäť ho prepadli Wraithovia. Je to už po piatykrát, čo zaútočili a dr. Weirová sa domnieva, že na Atlantise je špeh, ktorý Wraithov informuje o každom ich pohybe.

Pri prieskume planéty M7G-677 musí puddle jumper núdzovo pristáť, pretože prestane fungovať ovládanie. McKay zisťuje, že chybu spôsobilo silné elektromagnetické pole. Vydávajú sa teda čo najrýchlejšie k Bráne, aby sa vrátili na Atlantis. Cestou však stretnú veľkú skupinu detí a mladých ľudí, ktorým nie je viac než 24 rokov, a nájdu zdroj ZPM, ktorý napája generátor elektromagnetického poľa. Deti ich zavedú do dediny, kam kedysi havarovala nepriateľská wraithská stíhačka...

Ľudia z Atlantídy narazili na pomerne vyspelú planétu Hoph. Jej obyvatelia sa už desťročia snažia vytvoriť substanciu, ktorá by Wraithom znemožnil vysávanie energie z ľudí.

Na Atlantíde dochádza jedlo a Sheppardov tím vyráža na planétu Genia, ktorej obyvatelia sú poľnohospodári. Po príchode tímu SG vysvitne, že miestni obyvatelia sa za roľníkov iba vydávajú. V skutočnosti v podzemí tajne vyvíjajú atómové bomby, ktoré plánujú prepašovať do vesmírnych lodí útočných Wraithov.

Sheppard a jeho tím objavujú planétu, pri ktorej povrchu sa nachádza hmla s veľkým množstvom energie. Vďaka tejto energii je možné otvoriť červiu dieru späť na Zem, ale najprv je potrebné dopraviť na Atlantídu kryštál z ovládacieho panela Hviezdnej brány, ktorý cestu do inej galaxie umožňuje.

K Atlantíde sa blíži búrka, ktorá zaberá dvadsať percent povrchu planéty a vznikla spojením niekoľkých hurikánov. McKay zisťuje podľa antickej databázy, že búrka sa objavuje každých 20 - 30 rokov a mesto pred ňou chránil ochranný štít, ktorý však v súčasnosti nefunguje. Začína sa evakuácia obyvateľov, ale McKay prichádza s novým plánom na záchranu mesta.

Záchranný plán sa nedarí uskutočniť, pretože Atlantídu prepadli bojovníci z planéty Genia a žiadajú lieky a výbušniny C-4. Štít hviezdnej brány nie je stále uvedený do prevádzky, no už o necelú hodinu udrie na Atlantídu obrovská búrka v plnej sile.

V slnečnej sústave, kde sa nachádza Atlantída, tím SG-1 objaví obranný satelit Antikov, ktorý bránil Atlantídu pred útokmi nepriateľského národa Wraithov. V súčasnosti je zrejme poškodený. Neďaleko satelitu však zachytia núdzový signál, ktorý vychádza z povrchu blízkej planéty a nesporne je wraithského pôvodu.

Keď McKay, Zelenka a Ford kontrolujú mesto po búrke, začujú rádiové volanie o pomoc. V blízkej chodbe narazia na mŕtveho Wagnera a Johnsonovú, ktorá čoskoro tiež umrie. Všetko nasvedčuje tomu, že smrteľná nákaza sa šíri zo zničeného laboratória.

Loď pozemšťanov je pod útokom Wraithov, a tak sa snaží dostať k Hviezdnej bráne na povrchu planéty. Wraithov však náhle zničí výboj, ktorý vychádza z povrchu planéty. Na planéte nájdu primitívnu civilizáciu, ktorá nemá o Wraithoch a ich útokoch žiadne tušenie.

Tím SG-1 pri prieskume mesta nájde ženu v hibernácii. Po jej prebudení dr. Beckett zistí, že je to desaťtisíc rokov stará dr. Weirová. Má pri sebe päť adries svetov vo vesmíre, kde by sa mali nachádzať zdroje energie ZPM vyrobené Antikmi.

Sheppardov tím sa vydáva na jednu z planét, na ktorých majú byť ukryté antické zdroje energie ZPM. Energetický zdroj Antikov strážilo Bratrstvo, ktoré však vyvraždili Wraithovia. Jedinou možnosťou, ako energiu ZPM získať, je nájsť 9 kameňov, ktoré pri spojení vytvoria mapu. Na nej má byť vyznačené miesto, kde je zdroj ZPM ukrytý...

Teyla začne mať desivé nočné mory, v ktorých sa objavujú Wraithovia. Zdá sa, že má po svojich predchodcoch schopnosť Wraithov nielen vycítiť, ale aj vnímať ich komunikáciu.

Lode nepriateľských Wraithov majú preletieť okolo antického obranného satelitu, a tak sa vedci z Atlantídy k nemu vydajú, aby ho opravili a prichádzajúcu hrozbu z vesmíru zastavili.

Lode Wraithov spomaľujú, ale stále sa blížia k Atlantíde. Chystajú sa ju obliehať? Medzitým sa na Atlantíde aktivuje Hviezdna brána a po prijatí kódu SGC z nej vychádzajú pozemskí vojaci. Zem chce ubrániť Atlantídu za každú cenu, a preto by do štyroch dní mala priletieť nová loď Daedalus, ktorá dopraví zo Zeme nové energetické zdroje ZPM.