Dr. Elizabeth Weir i ekipa iz zapovjedništva odlaze u daleku galaktiku u potrazi za izgubljenim gradom Atlantisom i susreću novog neprijatelja.

Dok Wraithi isisavaju život iz Sumnera i drugih zatočenika, Sheppard kreće na spasilačku misiju svemirskim brodom kojim se upravlja mislima.

McKay aktivira uređaj polja sile koji če ga ubiti ako ga ne isključi. Dvoje djece nestaje, a zagonetno biće uzrokuje kaos.

Dok je na zadatku na planetu Wraitha, skakalica zapne u Zvjezdanim vratima. Posada ima 38 minuta do uništenja broda.

Ekipa Atlantisa sumnja da je među njima izdajnik jer Wraithi imaju tajanstvenu sposobnost da ih pronađu kad god napuste neki planet.

Sheppard i ekipa odlaze u svijet u kojem nitko nije stariji od 24 godine zbog obrednog samoubojstva koje održava Wraithe spremnima za napad.

Ekipa Atlantisa susreće ljudsku civilizaciju koja je možda razvila zastrašujuće oružje protiv Wraitha.

Nastojanja da se pokrenu trgovinski odnosi s vrstom po imeni Genejci izjalove se kad ekipa otkrije da njihovi novi "saveznici" imaju skrivene motive.

Nastojanja da se obuzda energija atmosfere nepoznatog planeta omogućuju put na Zemlju - ali ekipa se možda neće moći vratiti u Atlantis.

Kad snažna oluja zaprijeti gradu, Atlantis je evakuiran, ali ga preuzme najnoviji neprijatelj ekipe.

Bojnik Sheppard igra opasnu igru mačke i miša s vojnicima koji su preuzeli kontrolu nad Atlantisom i zarobili Weir i McKaya.

Sheppardova ekipa istražuje oboreni brod Wraitha i nađe se na planetu s jedinim preživjelim Wraithom.

Nekoliko stanovnika Atlantisa zaraženo je smrtonosnim nanitnim virusom što dovodi do zatvaranja grada.

Ekipa pronalazi raj koji bi bio savršen za one koji bježe od Wraitha, no mještani vjeruju da njihova boginja to neće dopustiti.

Žena je pronađena u hibernaciji u Atlantisu, a ekipa je šokirana kad vidi da je to dr. Weir koja im ispriča o svom putovanju u prošlost grada.

Dobivši kratkotrajnu mogućnost slanja podataka na Zemlju, članovi ekspedicije Atlantis sastavljaju video-poruke za svoje voljene.

Mučena noćnim morama, Teyla se počinje prisjećati vremena kad su Wrathi zarobili nju i njezina oca i podvrgnuli ih opasnim pokusima.

Skupina matičnih brodova Wraitha na putu je prema Atlantisu, pa ekipa traži mjesto za bijeg i način da uništi grad.

Novi vojni kontigent sa Zemlje poslan je da preuzme kontrolu nad Atlantisom i obrani ga od napada Wraitha.