Atlantis wordt gevonden en er wordt een groep mensen naartoe gestuurd in de hoop meer te leren over de Ancient Technologie en levende Ancient te ontmoeten.

Dr. Weir en haar team komen in Atlantis. Ze ontmoeten een nieuwe vijand.

Hallings zoon Jinto is vermist geraakt. Heel Atlantis is naar hem op zoek, maar zonder resultaat. Ondertussen wordt er door diverse Athosiers een vreemde schaduw gezien. McKay heeft zo zijn eigen problemen: hij draagt een apparaatje van de Ouden dat hem onkwetsbaar maakt, maar krijgt het niet meer af.

De puddle jumper komt vast te zitten in de stargate. Het voorste gedeelte, met daarin twee man, is wel door de gate gegaan, het achterste niet. In het achtereind bevinden zich Teyla, McKay, Ford en Sheppard. De crew heeft 38 minuten om het probleem op te lossen.

Telkens wanneer majoor Sheppard met een team door de Stargate gaat, worden ze opgewacht door de Wraith. De Athosiërs blijven op het vasteland, waar ze een dorp aan het bouwen zijn.

Het verkenningsteam bezoekt een planeet waar niemand ouder is dan 24 jaar. De bevolking gelooft dat de Wraith niet geïnteresseerd zijn in jongeren en kinderen.

Het team komt op een planeet waar men bezig is een vaccin tegen de Wraith te ontwikkelen. Als ze daarin slagen, zullen mensen die worden aangevallen door de Wraith niet meer eetbaar voor hen zijn.

Teyla neemt de overgebleven mensen mee voor een bezoek aan de planeet van de Genii, in de hoop voedsel te kunnen kopen. De simpele boeren blijken echter een geheime militaire basis onder de grond te hebben.

Het team ontdekt op een mysterieuze planeet een Stargate die hen terug naar de aarde kan brengen.

Een superstorm is onderweg naar Atlantis. McKay moet een manier vinden om het schild te activeren. Met een monsterlijke en allesvernietigende storm in het vooruitzicht die slechts eenmaal per 20 of 30 jaar voorkomt, probeert Sheppard een veilig onderkomen voor de Atlantians te vinden op Manara.

Atlantis is geëvacueerd en de Genii hebben het veroverd. John krijgt hulp van Teyla, luitenant Aiden en Dr. Carson, die nog op het vaste land waren.

Bij een onderzoek naar een Ancient satelliet stort Sheppard neer op een planeet waar een Wraith rondstruint. John, Dr. Rodney, Dr. Gall en Brendan zijn bij een satelliet aan de rand van het zonnestelsel.

Een nanovirus is losgebroken en doodt iedereen die eraan wordt blootgesteld. McKay komt met een team in een deel van de stad dat overstroomd is geweest en nog niet onderzocht is. Als ze terug willen keren blijken er twee mensen te zijn verdwenen.

Rond de planeet Proculis wordt de Jumper aangevallen door de Wraith. Maar een of ander energiewapen van de planeet vernietigt de Wraith en laat de Jumper ongemoeid. Als de Jumper landt worden ze opgevangen door een wat primitief volk.

Het Atlantis-team is op een planeet die de "oude" Dr. Weir had opgeschreven. Uit oude geschriften en tekeningen blijkt dat er hier een ZPM geweest moet zijn. Een speciaal Broederschap heeft deze verborgen voor het geval de Ouden terug zouden komen om het te halen voor Atlantis.

Met de Wraith in aantocht doet McKay een voorstel om SGC te laten weten hoe ze ervoor staan. Ondanks dat ze niet terug kunnen door de Stargate, kan de Gate 1,3 seconde open blijven om data te versturen. Terwijl Ford bezig is met deze opnames gaan Teyla en Sheppard kijken hoe groot de invasie van de Wraith worden en die wordt groot, zeer groot.

Teyla blijkt een bijzondere gave te bezitten. Ze heeft steeds vaker last van nachtmerries over de Wraith. In eentje is ze er zelfs één.

De Wraith zijn bij Atlantis en beginnen het beleg. McKay komt op het idee om de kapotte satelliet van de Ouden te repareren. Deze kan de drie Wraith schepen die in aantocht zijn vernietigen.

Atlantis heeft hulp gekregen van SGC en de Deadalus die een ZPM bij zich hebben. Atlantis zal door de Wraith worden verslagen en in hun handen vallen, iets wat nooit mag gebeuren. Dr. Weir ziet geen andere mogelijkheid dan evacueren.