Новая команда Звездных врат отправляется в опасную миссию в далекую галактику, где они обнаруживают мифический затерянный город и нового смертоносного врага.

Шеппард пытается убедить Вейер организовать спасательную миссию, чтобы освободить полковника Самнера, Тейлу и других, захваченных Призраком.

База Атлантиды находится под угрозой, когда команда обнаруживает, что в городе находится инопланетная сущность. Эксперимент Маккея с инопланетными технологиями проваливается.

К шее майора Шеппарда присосался инопланетный жук, питающийся жизнью, как и Рейфы. Экипаж джампера стремится быстрее вернуться на Атлантис, чтобы помочь ему, но корабль застревает во Вратах. У Маккея есть только 38 минут, чтобы починить джампер, прежде чем Врата закроются.

Команда майора Шеппарда, отправляясь на исследование других планет, постоянно натыкается на засады Рейфов. Атлантийцы думают, что в городе появился шпион. Основное подозрение падает на Атозианцев. У Тейлы находят передатчик Рейфов, встроенный в амулет.

Джампер теряет управление и падает на планету, где люди живут только до 24 лет, а потом приносят себя в жертву. Они уверены, что именно это защищает их от нападения Рейфов. Маккей же считает, что причина в силовом поле, окружающем селения, которое поддерживает МНТ.

Ученые планеты Хофф много лет пытаются изобрести вакцину, которая бы делала людей «несъедобными» для Рейфов. Беккет помогает усовершенствовать его. Атлантийцы разрешают провести эксперимент с их пленным Рейфом. Однако вакцина имеет не просто защитный эффект.

Тейла знакомит Атлантийцев с Дженаями - простым народом фермеров. Жители Атлантиса пытаются договориться с ними о поставках продовольствия. Но случайно Маккей и Шеппард обнаруживают подземный бункер и узнают, что Дженаи гораздо более развитая нация. Подземный город - их защита от Рейфов.

Команда Шеппарда обнаруживает планету, покрытую заряженным туманом. Его энергии хватит, чтобы попасть на Землю через Врата. Шеппард, Вейр, Маккей, Тейла и Форд отправляются домой, но там они узнают, что у них нет возможности вернуться обратно на Атлантис, так как космический корабль Дедал поврежден. Да и вокруг творятся странные вещи.

Шторм практически накрыл город. Маккей и Вейр в заложниках у командующего Коли. Шторм на материке на некоторое время стих. Беккет, Тейла и Форд решают вернуться на Атлантис, чтобы помочь Шеппарду. Майор старается не допустить прибытия в город солдат Дженаев.

Шеппард, Маккей и еще двое ученых, обследуя спутник Древних, улавливают слабый сигнал бедствия Рейфов с ближайшей планеты. Приземлившись, они обнаруживают пустой поврежденный корабль Рейфов. Но оказывается, что на борту есть один выживший Рейф, очень голодный и во что бы то ни стало желающий убраться с планеты.

Во время осмотра повреждений, нанесенных штормом, двое ученых заражаются неким вирусом. Он вызывает галлюцинации, разрыв сосудов головного мозга, смерть наступает через несколько часов. Город объявляет карантин. Маккей уверен, что следующий он. Беккет пытается решить проблему.

Джампер Шеппарда спасается от погони. Внезапно Стрелы Рейфов поражает какая-то энергетическая волна, исходящая с планеты. Атлантийцы предполагают, что это особое оружие, но местные жители уверяют, что Рейфы не нападают на них, потому что их планету оберегает богиня Атор.

В одном из отсеков Атлантиса Тейла, Шеппард и Форд находят стазисную кабину с очень старой женщиной внутри. Судя по показаниям, она провела там 10000 лет. Атлантийцы оживляют ее, считая, что она Древняя. Однако проснувшаяся женщина сообщает, что она - доктор Элизабет Вейер из параллельного пространства.

Атлантийцы ищут МНТ на одной из планет, указанных в списке старой Вейер. По легенде здесь существовало братство, которое прятало некую вещь, называемую «потентией», которую они получили от Древнего. Дорога к ней зашифрована. Дженаи, узнав о появлении Атлантийцев, также хотят получить «потентию».

Через 2 недели корабли Рейфов долетят до Атлантиса. Атлантийцы хотят отправить письмо на Землю, среди полученных сведений они решают послать и личные сообщения от всех жителей Атлантиса. Шеппард и Тейла в это время застревают на одной из планет, атакуемых Рейфами.

Тейле по ночам снятся кошмары, в которых она видит Рейфов на Атлантисе. Она пытается разобраться в своей способности предчувствовать приближение Рейфов. Беккет, анализируя ее кровь, делает странное открытие.

Атлантийцы эвакуируются из города, но в это время через Звездные Врата в Атлантис приходит подкрепление с Земли. Полковник Эверетт сообщает, что им надо продержаться несколько дней до прибытия Дедала. Он приказывает выставить вокруг планеты кольцо из бомб, на все башни города устанавливаются тяжелые батареи.

Рейфы атакуют Атлантис. Бомбовый щит вокруг планеты сбит метеоритами, посланными Рейфами. Шеппард предлагает попросить атомные бомбы у Дженаев и послать их на корабль-улей на джампере, управляя им дистанционно из кресла. Маккей и Зеленка пытаются осуществить это. Рейфы высаживаются на Атлантис.