Екип от учени смятат, че са открили местонахождението на отдавна изгубеният град Атлантида. Той може да бъде достигнат от Старгейт, който води към друга галактика.

Шепард се опитва да убеди Уиър за подготвянето на спасителна мисия, за да освободи полковник Съмър, Тейла и останалите пленени от Призраците.

Родни не може да се отърве от устройство, което го прави непобедим и не му позволява да пие или яде. Междувременно възникват електрически неизправности и един от атосианците споменава че е видял някаква сянка.

Шепард бива ухапан от подобна на призрак буболечка и е на път да умре. Докато джъмпера го връща в Атлантис засяда в самият Старгейт. Имат на разположение 38 минути за да намерят решение.

След поредица от спречквания с Призраците, екипът започва да подозира, техните атосиански съюзници за внедряването на шпионин сред тях.

Шепард и екипът посещават нов свят, чиито жители се самоуват, когато навършат 25 години. Заради ритуалното самоубийство те вярват че предотвратяват намирането им от Призраците. Докато Родни не разследва МНТ-то на планета.

Експедицията на Атлантис прави първи контакт с Хофаните, които разработват лекарство за предотвратяване на храненето на Призраците с хора. Д-р Карсън Бекет им помага да го усъвършенстват, но открива няколко непредвидими странични ефекти.

Атлантис иска да търгува храна с Дженаите, екипът открива това, което на пръв поглед изглежда проста цивилизация занимаваща се предимно с земеделие. Но всъщност те планират ядрена атака срещу Призраците. Когато Шепърд и МакКей биват разпитвани, разбират че Дженаите не са толкоз добри съюзници.

След проучване M5S-224, д-р Родни МакКей, открива че уникална атмосферна мъгла на планета излъчва енергия всеки път, когато Старгейт е набран. Това предоставя на екипа възможност да се върне обратно на Земята.

Майор Джон Шепърд играе опасна игра на котка и мишка с командир Акастус Коля и войниците му, като се опитва да си върне Атлантис докато бурята е във вихъра си, но същевременно се опитва и да занули и града. От континенталната част, д-р Карсън Бекет, Тейла Емаган и лейтенант Ейдън Форд рискуват живота си, за да стигнат до града през окото бурята.

Обикаляйки из системата Лантеан, майор Джон Шепард, Родни МакКей и двама учени намират Призрачен кораб, който е катастрофирал и се е приземил на планетата преди 10 хиляди години, по време на войната между Атлантис и Призраците. Докато го разследват, екипът откриват, че те всъщност не са сами, тъй като един призрак е оцелял и все още е жив, но изпраща и SOS сигнал.

Въпреки проучването от секциите на града, които бяха наводнени по време на бурята, някои от учените започват да умират, след като виждат реалистични халюцинации, които причиняват мозъчен аневризъм, което принуждава заключването на града. Техните опити да задържат вируса не вървят добре. Шепард се впуска в преследване след един от заразените учени, който се опитва да избяга в населената част на града.

Екипът на майор Джон Шепард са под атака от стрелите на Призраците, но след това изведнъж биват унищожени от мистериозен енергиен лъч. Те се спускат на планетата Прокулус, но разбират че хората не разполагат с модерни технологии, но д-р Родни МакКей се съмнява, че се крие нещо, особено след като канят жрицата Чая Сар на Атлантида и харесва Шепърд.

Експедицията на Атлантис намира една възрастна жена в стазис,за която разбират че е на 10 000 години. Мислейки, че е древна, те я съживяват, но разбират, че тя всъщност е Елизабет Уиър, която е от алтернативна времева линия и там експедицията стигна до Атлантида, но условията не са толкова добри, тъй като другата експедиция не е направила това което трябва когато са пристигнали.

На планетата Даган, екипът намира поредица от улики, водещи до модул на нулева точка, който служи за за защита на Атлантис и за свързване със Земята. Въпреки това, една група от Дженаите водена от командир Акастус Коля също желае да намери МНТ-то.

В навечерието на откриването на приближаващият Призрачен флот към Атлантис, д-р Родни МакКей успява да даде на Старгейт достатъчно мощност, за да наберете Земята за една секунда, което е повече от достатъчно време, за да изпратят компресирани данни, включително видео съобщения за членовете на екипа до своите близки. В същото време Шепард и Тейла използват Старгейт като взимат Джъмпер и се отправят на разузнаване към приближаващия Призрачен флот.

Измъчвана от ужасяващи кошмари, Тейла разследва и открива с помощта на стар приятел, че тя е потомък на хора, които са били подложени на генетични експерименти от Призраците. Това дава на Тейла възможност да се свържете с Призраците от определено разстояние, включително и с тези от пристигащите кораби.

С много малко време, преди корабите Призрачният флот да достигнат до Атлантида, д-р Родни МакКей планува да поправи Лагранж Пойнт спътника в рамките на Лантеантовата система и да унищожи корабите. В същото време, като предпазна мярка, д-р Елизабет Уиър счита за разумно да унищожат града, преди Призраците да получат контрол на него, така че те не могат да намерят път към едно ново пазбище за хранене, до Земята.

Земята, наскоро оборудвана с МНТ изпраща нов военен контингент да поеме командването на Атлантида и да я защити от предстоящата Призрачна атака докато новооборудваният кораб на Земята, Дедал пристигне там. Скоро Призрачните корабите пристигат и щормуват града със своите Призрачни стрели, като телепортират войниците в самият град.