Uma nova equipe Stargate, liderada pela Dra. Elizabeth Weir (Torri Higginson), embarca numa missão perigosa numa galáxia distante, onde descobre a cidade perdida de Atlantis – e um novo e mortal inimigo que se alimenta do medo humano.

Como os Wraith continuam atormentando as missões de Sheppard, Weir começa a desconfiar que existe um espião duplo agindo entre eles.

Vários moradores de Atlantis são infectados por um vírus mortal. Com isso, os governantes são forçados a isolar a cidade.

Quando um cientista morre, McKay acredita que a causa foi um problema técnico. Porém, quando outro cientista é morto, McKay começa a suspeitar de sabotagem. McKay descobre um vírus wraith que está invadindo rapidamente os controles e deixa a tripulação cada vez mais impotente. A equipe luta contra o tempo para tentar impedir que sua nave se volte contra eles mesmos.

Em sua contínua busca por Ford, que foi infectado pelos wraiths, a equipe encontra Ronon Dex, um guerreiro corajoso que sobreviveu a uma batalha com um wraith e tem fugido desde então. Ronon conta que sabe o paradeiro de Ford. Mas quando encontram Ford, a equipe rapidamente percebe que pode não ser capaz de salvar Ford daquilo em que ele se tornou.