O armă a cărei energie este de neoprit, lasă Atlantida sub asediu, după ce Pământul lansează un atac preventiv împotriva lumii unui inamic foarte puternic.

În timp ce plutesc prin spațiul adânc, scutul protector al orașului cedează, echipa trebuie să facă tot posibilul să mențină Atlantida în viață. O rănire extremă amenință viața lui Dr. Weir.

În timpul unei misiuni în afara lumii, colonelul Sheppard devine fără să știe, gazda unei entități extraterestre, care îi infectează și pe alții în Atlantida și le provoacă coșmaruri terifiante.

Când un virus le provoacă tuturor amnezie, cu excepția lui Teyla și Ronon, echipa din Atlantida trebuie să colaboreze pentru a găsi un remediu înainte ca amintirile lor să se estompeze în întregime.

În timpul unei vizite la Noul Athos, Teyla și Dr. Keller se trezesc fugind de un trib primitiv de războinici.

Echipa întâlnește un om cu abilități profetice extraordinare, care le oferă o predicție întunecată despre viitorul Atlantidei. Wraith caută o nouă alianță cu Atlantida în războiul lor cu Replicatorii.

O dronă misterioasă se prăbușește în Atlantida, indicând că Replicatorii ar fi găsit orașul. Dar când apare Elizabeth Weir, echipa realizează că sonda este doar o parte dintr-un mister mult mai mare.

O închidere automată blochează personalul din Atlantida în diferite părți ale orașului, fiecare din ei sperând că ceilalți le vor veni în ajutor.

McKay, Carter și Keller sunt blocați într-o cameră subterană în timp ce se află într-o misiune în afara lumii, aparent fără mijloace evidente de scăpare.

Pe măsură ce o boală misterioasă nouă se răspândește prin galaxia Pegasus, Teyla este convinsă de o viziune că tatăl copilului ei încearcă să o comunice cu ea.

Echipa este șocată când un vechi prieten, considerat mort, se întoarce în mod miraculos la ei. Teyla plănuiește o evadare din captivitatea lui Michael.

Sheppard se întoarce în Atlantida după o misiune și găsește orașul abandonat, toate sistemele inactive - și în loc de ocean, dune de nisip până în zare.

Lt. Colonelul John Sheppard și echipa sa sunt prinși sub ruinele clădirii lui Michael în încercarea lor de a o salva pe Teyla Emmagan. În timp ce Colonelul Samantha Carter trimite o echipă pentru a-i salva, ei nu știu că și Michael Kenmore cercetează planeta pentru supraviețuitori.

Atunci când un organism străin misterios o ia pe Dr. Jennifer Keller ca și gazdă, noul reînviat Dr. Carson Beckett și echipa caută cu disperare un ser, pentru a o salva de intrusul care evoluează, înainte de a se putea infiltra în Atlantida. Între timp, Richard Woolsey se alătură oficial echipei, fiind ales ca înlocuitor al Colonelului Samantha Carter pentru a conduce expediția din Atlantida.

Ronon Dex este capturat de Tyre, care vrea să îl predea la Wraith pentru a-și menține rolul în cercul lor. Cu toate acestea, atunci când afacerea ia o alta turnură iar Tyre este lăsat să moară, expediția din Atlantida îl convinge să-și recupereze prietenul. Între timp, Wraith îl transformă pe Ronon într-un adorator al lor.

Expediția din Atlantida descoperă în mod misterios nava Daedalus, abandonată și plutind în derivă prin spațiu. Când echipa Lt. Colonelului John Sheppard vine să investigheze, nava dispare misterios. Ei descoperă în curând că nava este de fapt un Daedalus alternativ dintr-o realitate alternativă, iar echipa trebuie să găsească o cale de a se întoarce înapoi în Universul lor sau riscă să fie blocată pentru totdeauna într-o realitate necunoscută.

În timpul unei misiuni, echipa locotenent-colonelului John Sheppard aduce din greșeală o entitate misterioasă în Atlantida. În curând, ei descoperă că entitatea nu este nimic mai mult decât Dr. Elizabeth Weir, despre care se credea că a fost ucisă după ce a fost capturată de Asurani.

Dr. Rodney McKay este infectat cu echivalentul din galaxia Pegasus al bolii Alzheimer, cunoscut sub numele de A Doua Copilărie, o boală comună în rândul vârstnicilor din galaxie. Singura modalitate de al salva este un altar pe Talus. Partea proastă e că sa transformat într-un avanpost Wraith.

Dr. Carson Beckett este chemat să ajute o echipă care cercetează un laborator ce a aparținut lui Michael Kenmore. Dar, curând, cu toții își dau seama că mai multe experimente, pe care însuși Michael nu le putea controla, sunt decise ca să ucidă echipa.

Expediția din Atlantida are un plan de a elimina dependența Wraith de hrănire si de a folosi o terapie genetică experimentală din baza de date a lui Michael. Cu toate acestea, pentru a convinge Principalul, liderul Wraith, Teyla Emmagan trebuie să se prefacă ca fiind o Regină de Stup.

Dr. Jennifer Keller este răpită de un fugar pe nume Kiryk. În timp ce Dr. Rodney McKay și Ronon Dex îi urmăresc, Kiryk o duce pe Keller la o fetiță grav rănită. Trebuie să o facă repede, deoarece Wraith l-au găsit și îi vânează pe toți.

Dr. Daniel Jackson sosește în Atlantida pentru a cerceta un laborator ascuns lăsat în urmă de către rebelul om de știință Antic, Janus. Descoperirea lor a atras atenția unui grup misterios de extratereștri, care se infiltrează în oraș. Între timp, "Todd" și o delegație ajung pe Daedalus pentru prezentarea terapiei genetice a Doctoriței Jennifer Keller.

În timp ce Dr. Rodney McKay și Dr. Daniel Jackson sunt ținuți captivi de Vanir, ei afla cu uimire cine sunt cu adevărat deținătorii lor. Între timp, "Todd" și Wraith deturnează nava Daedalus pentru a găsi și distruge pe cei care au activat dispozitivul Attero. Sosesc ”Călătorii” și Lt. Colonel John Sheppard trebuie să-i ajute să ajungă la planetă înainte ca "Todd" să găsească o modalitate de a descoperi locația dispozitivului, chiar dacă asta înseamnă sacrificarea vieții lui McKay și a lui Jackson pentru a face acest lucru.

Dr. Carson Beckett, acum un doctor călător în Pegasus, dă peste pe o planetă, unde unii dintre săteni sunt refugiați din Balar, o planetă infectată cu drogul Hoffan și distrusă de Wraith. Cu toate acestea, Wraith sosește pe planetă și dă satului un ultimatum, să îi predea pe Balarieni sau să se confrunte cu distrugerea întregii civilizații.

Echipa Lt. Colonel John Sheppard este invitată de Coaliția Planetelor pentru a forma o alianță. Cu toate acestea, echipa este păcălită și pusă în fața unui tribunal, pentru presupusele sale crime împotriva galaxiei Pegasus. Cea mai bună șansă de libertate este experiența lui Richard Woolsey.

Michael Kenmore se infiltrează în Atlantida cu o armată a hibrizilor săi și blochează operațiunile Porții Stelare și nivelurile înconjurătoare, pentru a împiedica pe oricine să preia controlul. Planul lui: să-i captureze pe Teyla Emmagan și pe copilul acesteia pentru a-și perfecționa Hibrizii și de a distruge baza atunci când au terminat. Între timp, Colonelul John Sheppard, Dr. Rodney McKay și o echipă, încearcă să preia controlul orașului înainte ca Michael să plece cu ceea ce își dorește.

În timp ce este evaluat de către Consilierul Internațional de Supraveghere, Richard Woolsey întâlnește o cercetătoare frumoasa, proaspăt venită în Atlantida, care nu este ceea ce pare. Între timp, colonelul John Sheppard este capturat și torturat de un dușman pe care credea că îl ucisese acum câțiva ani: inamicul său principal, comandantul Genii Acastus Kolya.

Dr. Rodney McKay se întoarce fără tragere de inimă pe Pământ pentru a fi martor la triumful rivalului său Dr. Malcolm Tunney, dar trebuie să ajute la oprirea unui dispozitiv meteorologic mortal atunci când noua tehnologie o ia razna.

După ce o navă-stup Wraith apare deasupra Atlantidei, transmițând un apel de ajutor, echipa Lt. Colonelului John Sheppard descoperă că echipajul navei a fost lovit de o boală creată cu ajutorul lor.

Trupul lui Jennifer Keller este ocupat din neatenție de o hoață vicleană, Neeva Casol. În timp ce Neeva încearcă să scape de pe Atlantida, Keller se află în închisoare pe o altă planetă, condamnată la moarte, împingând echipa într-o cursă împotriva timpului în care să o înapoieze pe Keller în trupul ei original înainte de a fi executată.

În orașul Las Vegas într-o realitate alternativă, detectivul de poliție John Sheppard investighează o serie de crime bizare, în care fiecare cadavru pare să fie deshidratat. El este în curând chemat în zona 51, unde Dr. Rodney McKay explică situația.

"Todd" informează expediția din Atlantida că un grup rebel de Wraith a achiziționat mai multe Module Zero Punct pentru a alimenta o nava Super-stup, pe care o vrea distrusă. Cu toate acestea, după ce nava Daedalus este avariată grav, ei descoperă că nava Wraith se îndreaptă direct spre Pământ și trebuie să o oprească înainte de a ajunge acolo.