Атлантис иска да търгува храна с Дженаите, екипът открива това, което на пръв поглед изглежда проста цивилизация занимаваща се предимно с земеделие. Но всъщност те планират ядрена атака срещу Призраците. Когато Шепърд и МакКей биват разпитвани, разбират че Дженаите не са толкоз добри съюзници.

Буря, покриваща 20% от планетата Лантеа наближава, която настъпва на всеки 20-30 години, тя набира скорост и се е насочила право към сушата, а след това и към Атлантида. Тъй като повечето хора от експедицията са приютени на планетата Манара, само една малка група остава за да се опита да спаси града. За съжаление, ударен екип на Дженаите, ръководен от командира Акастус Коля планира да се възползва докато на Атлантис няма хора и взима Уиър и МакКей за заложници.