Zehn Jahre nach ihrem mysteriösen Verschwinden taucht die seaQuest wieder auf der Erde auf. Ein harter Navy-Offizier, der von der Suche nach dem U-Boot besessen war, übernimmt aufgrund des neuen feindlichen Weltklimas das Kommando über die seaQuest.

Die seaQuest versucht, die Ursache für das Verschwinden einer Reihe von Schleppern aus einer der entlegensten Kolonien der Freien Zone herauszufinden, wo Hudson auf eine Person aus seiner Vergangenheit trifft.

Lucas beaufsichtigt die Jungfernfahrt eines revolutionären neuen Unterwasserzuges, während Ford und Henderson als Passagiere zu einem geheimen Date gehen.

Hudson muss seinen alten kommandierenden Offizier vom Dienst an Bord einer schwer bewaffneten Unterwasserbasis ablösen, nachdem die Basis auf Macronesia feuert.

Als Henderson von Macronesia gefangen genommen und zum Tode verurteilt wird, führt Hudson ein Undercover-Team an, um sie aus der Sicherheitseinrichtung zu befreien.

Lucas muss sich mit Bridger über seine potenziell riskante Lösung zur Bekämpfung eines Organismus auseinandersetzen, der epidemische Ausmaße zu erreichen droht.

Nachdem er seinen eigenen Tod ein zweites Mal vorgetäuscht hat, kehrt der radikale Umweltschützer Max Scully zurück und wird für seine mörderischen Verbrechen begnadigt. Captain Hudson erhält den Auftrag, ihn in eine unterseeische ökologische Utopie zu eskortieren, ohne von Scullys wahren Absichten zu wissen.

Captain Bridger bittet die seaQuest um Hilfe, um tief in makronesische Gewässer vorzudringen und einige streng geheime Datenkristalle zu bergen, die unaussprechliche Gräueltaten an der Menschheit aufdecken, die 20 Jahre zuvor begangen wurden - Verbrechen, an denen Bridger und Ford möglicherweise beteiligt waren.

Die Besatzungsmitglieder reisen durch eine ""Raum-Zeit-Sphäre"", die sie in der Zeit zurück in den Oktober 1962 schießt und sie mitten in die Kubakrise versetzt, wo sie versuchen müssen, einen nuklearen Holocaust zu verhindern.

Während die Staats- und Regierungschefs über die Erneuerung der UEO-Charta debattieren, werden mehrere Attentatsversuche auf die Delegierten verübt.

Als die SeaQuest an einer Strafkolonie andockt, in der die Gefangenen versklavt sind, erkennt Henderson einen von ihnen und verursacht versehentlich einen Aufstand, der es den Insassen ermöglicht, zu entkommen - und Geiseln zu nehmen.

Die seaQuest wird in den gefährlichen neutralen Bereich gezogen, wo die Grenzen der UEO und Makronesiens auf das Territorium einer stillen und schwer fassbaren asiatischen Macht treffen.