Dix ans après sa disparition, le SeaQuest refait son apparition sur Terre...

Le capitaine Hudson est chargé de faire exploser un iceberg qui a été redirigé vers l'Arabie Saoudite par un homme d'affaires corrompu...

Les membres de l'une des colonies les plus retirées de la zone libre disparaissent les uns après les autres. Le SeaQuest tente de découvrir les causes de ces mystérieuses disparitions. Sur place, Hudson retrouve une vieille connaissance...

Lucas, Lonnie Henderson et le commandant Ford, font partie du voyage inaugural de l'Omni-Pacifique, un train se déplaçant à trois fois la vitesse du son dans un tunnel sous-marin. Comme ce train fait concurrence à ses compagnies aériennes, Larry Déon envoie Mason Freeman pour le saboter.

Le capitaine Hudson est retenu prisonnier après s'être confronté au leader d'un groupe prêt à entrer en guerre alors qu'il possède des armes nucléaires.

Le lieutenant Henderson tombe dans un piège de l?Alliance en secourant des enfants Spindrift. Elle est arrêtée pour kidnapping et espionnage. Le Secrétaire McGath tente de traiter avec le Président Bourne par la diplomatie.

Un microbe se développe sous l'océan menaçant toute la planète. Wolenczak a trouvé un remède. Bridger arrivé sur un autre navire, conteste son efficacité et pense qu'il y a une autre solution.

L'Ambassadeur Scully est un militant écologiste extrémiste qui a, autrefois, tué 300 personnes en voulant couler un baleinier. Il parvient lors d'un voyage sur le Seaquest à enregistrer des données qui lui permettent de prendre le contrôle du bateau depuis Ecotopia, sa colonie écologiste sous-marine.

Le capitaine Bridger sollicite l'aide du SeaQuest pour plonger dans les eaux de la Macronésie et retrouver des cristaux secrets. Ceux-ci contiennent la preuve d'atrocités commises contre l'humanité vingt ans plus tôt et pourraient bien impliquer Bridger et Ford...

Les membres de l'équipage traversent une fenêtre spatio-temporelle et se retrouvent en octobre 1962, en pleine crise des missiles, à Cuba. Sur place, ils doivent éviter qu'un holocauste nucléaire ne se produise...

Alors que les principaux leaders mondiaux sont réunis pour une conférence au sommet, plusieurs membres des différentes délégations sont victimes de tentatives d'assassinat...

Alors que l'équipage du Seaquest escorte une délégation de l'UEO sur Tartarus, Henderson reconnaît au milieu des détenus-travailleurs, son premier amour, Jason. Il n'est pas seul Freeman est là aussi. La situation se complique quand des détenus s'enfuient et que Jason est parmi eux.