Kiedy genetycznie stworzone ludzie, nie będąc już zadowoleni ze swojej niewoli, buntują, seaQuest, z kilkoma nowymi członkami załogi, wezwani są do pomocy.

Osoby pozaziemskie, które szukają początków inteligentnego życia, są mile widziane na pokładzie seaQuest, ale zostaną wzięte do niewoli przez generała zdeterminowanego, by mieć swoje zaawansowane technologiczne sekrety.

Bridger odpowiada na prośbę starej dziewczyny mieszkającej w podwodnej kolonii, która była poświęcona niestosowaniu przemocy. Po dziesięciu latach pokoju obywatele próbują się pozabijać.

Zrozpaczony kurs Piccolo szuka pomocy, gdy jego stan zdrowia uzależnia się od eksperymentalnego narkotyku. Kiedy Bridger i Smith znajdują się na pokładzie ich rzekomego statku morskiego.

W odpowiedzi na pytanie dotyczące zasad podróży, SeaQuest podróżuje przez podwodny świat 250 lat w przyszłości, gdzie ludzie są na skraju wyginięcia.

Eksperymentalna łódź podwodna ucieka z cumowania i udaje jej się wystrzelić broń nuklearną skierowaną do New Cape Quest, miasta z 5 milionami mieszkańców, w tym krewnymi morza.

Wezwanie pomocy z podwodnej kolonii ogrodniczej prowadzi załogę do zbadania tajemniczego zniknięcia wszelkiego ludzkiego życia w dawnym raju.

Kiedy kobieta zostaje zwolniona z kriogenicznego instytutu po 22 latach, jest celem zabójcy. Brody próbuje jej pomóc i odkrywa, że ​​jest związana z jego przeszłością i możliwym morderstwem.

Dagwood utrzymuje swoją niewinność po tym, jak został uznany za winnego zamordowania inżyniera genetycznego, który go stworzył, mimo że najwyraźniej został złapany na gorącym uczynku.

Henderson, Lucas, Brody i O'Neill są wciągnięci w wściekłe podwodne wiry, które ciągną ich wahadłowiec pod dnem oceanu do labiryntu starożytnych jaskiń.

Masywny prehistoryczny krokodyl zostaje uwolniony z lodowego grobowca, gdy ekstensywne podwodne rolnictwo i górnictwo powodują wzrost temperatury południowego Atlantyku.

Ford odkrywa hełm i miecz starożytnego wojownika, które udowadniają, że zaginiony kontynent Atlantydy istnieje. Ale hełm może zawierać śmiertelne przekleństwo, które może zniszczyć Bridgera i załogę.

Na kontynencie Lucas zakochuje się w pięknej kobiecie i prosi o rezygnację ze stanowiska, jednak plany zmieniają się, gdy zostaje nagle porwana przez terrorystów, próbując przejąć kontrolę nad morzem.

Ślepy astrofizyk i dowódca NASA łączą siły z załogą, by walczyć z wrogiem obcym, ukrytym w upadłej komecie, którą seaQuest próbował odzyskać.

Wendy wykorzystuje swoje zdolności psychiczne i ryzykuje życiem w bitwie z umysłem przeciwko Awatarowi, potężnej paranormalnej istocie, która zagraża światowemu bezpieczeństwu dzięki swojej zdolności do umieszczania przywódców politycznych w śpiączce.

Załoga transportuje gwiazdę pop do wyspiarskiej bazy wojskowej. Po przybyciu napotykają zjawę greckiego boga Neptuna, który błędnie uważa, że ​​piosenkarz i Henderson to w rzeczywistości Minvera i Meduza.

Załoga chroni grupę naukowców w opuszczonej placówce górniczej, podczas gdy studiują starożytną skrzynię znalezioną głęboko w Morzu Śródziemnym. Skrzynia okazuje się jednak jak pudełko Pandory, w której znajduje się demon, który ucieka, a następnie żeruje na zwiadach.

Fałszywy fizyk jądrowy znany tylko jako Huncwot jest zdeterminowany, aby zniszczyć seaQuest. W ramach swojego planu ratuje zemstę sztyletu, który został uwięziony przez Bridgera.

Aby przejąć kontrolę nad bronią jądrową SeaQuest, potężna roślina psychiczna jest koszmarem zarówno w umyśle Piccolo, jak i Dagwooda, tak, że zostanie zaproszony na pokład, by zinterpretować swoje marzenia.

Kiedy jego samolot rozbija się w południowoamerykańskiej dżungli, Piccolo zostaje porwany przez bezwzględnego dyktatora, który, jak się dowiaduje, potajemnie tworzy sztuczne formy życia, które wymknęły się spod kontroli.

SeaQuest zostaje schwytany przez obcy statek kosmiczny i przeniesiony na Hyperion, planetę całkowicie wodną. Załoga zostaje następnie wciągnięta w wojnę domową między oporem KrayTaks i Hyperion.