Als genmanipulierte Menschen, die mit ihrer Gefangenschaft nicht mehr glücklich sind, einen Aufstand anzetteln, wird die seaQuest mit einigen neuen Gesichtern zu Hilfe gerufen.

Außerirdische, die auf der Suche nach den Anfängen intelligenten Lebens sind, werden an Bord der seaQuest willkommen geheißen, nur um von einem General gefangen genommen zu werden, der ihre fortschrittlichen technologischen Geheimnisse haben will.

Bridger geht auf die Bitte einer alten Freundin ein, die in einer Unterwasserkolonie lebt, die sich der Gewaltlosigkeit verschrieben hat. Nach zehn Jahren des Friedens versuchen die Bewohner, sich gegenseitig zu töten.

Piccolos zerstrittener Vater sucht seine Hilfe, nachdem seine Frau von einer experimentellen Droge abhängig geworden ist. Als Bridger und Smith in einer Umarmung entdeckt werden, verbreiten sich Gerüchte über ihre angebliche Bordromanze wie ein Lauffeuer.

Als Antwort auf die Stimme eines Kindes, das um Hilfe ruft, reist die seaQuest durch einen Unterwasserstrudel und findet sich 250 Jahre in der Zukunft wieder, wo die Menschen am Rande der Ausrottung stehen.

Ein experimentelles U-Boot entkommt aus seiner Verankerung und schafft es, seine Nuklearwaffen gezielt auf New Cape Quest abzufeuern, eine Stadt mit 5 Millionen Einwohnern, darunter auch Verwandte der seaQuest-Crew.

Ein Notruf aus einer Unterwasser-Gartenkolonie führt die Besatzung zu einer Untersuchung des mysteriösen Verschwindens allen menschlichen Lebens im Inneren des ehemaligen Paradieses.

Als eine Frau nach 22 Jahren aus einem kryogenen Institut entlassen wird, gerät sie ins Visier eines Attentäters. Brody versucht, ihr zu helfen, und entdeckt, dass sie mit seiner Vergangenheit und einem möglichen Mord verbunden ist.

Dagwood beteuert seine Unschuld, nachdem er für schuldig befunden wurde, den Gentechniker, der ihn erschaffen hat, ermordet zu haben, obwohl er anscheinend auf frischer Tat ertappt wurde.

Henderson, Lucas, Brody und O'Neill werden in einen rasenden Unterwasserstrudel gezogen, der ihr Shuttle unter den Meeresboden und in ein Labyrinth uralter Höhlen zieht.

Ein riesiges prähistorisches Krokodil wird aus seinem eisigen Grab befreit, als ausgedehnte unterseeische Landwirtschaft und Bergbau die Temperatur des Südatlantiks ansteigen lassen.

Ford entdeckt einen uralten Kriegerhelm und ein Schwert, die beweisen, dass der verlorene Kontinent Atlantis tatsächlich existiert hat. Aber der Helm kann einen tödlichen Fluch tragen, der Bridger und die Crew zerstören könnte.

Auf dem Festland verliebt sich Lucas in eine schöne Frau und bittet darum, von seinem Posten zurückzutreten, doch die Pläne ändern sich, als sie plötzlich von Terroristen entführt wird, die versuchen, die Kontrolle über die seaQuest zu übernehmen.

Ein blinder Astrophysiker und ein NASA-Commander kämpfen gemeinsam mit der Crew gegen ein feindliches Alien, das sich in einem abgestürzten Kometen versteckt, den die seaQuest bergen wollte.

Wendy setzt ihre übersinnlichen Fähigkeiten ein und riskiert ihr Leben in einem Kampf des Geistes gegen Avatar, ein mächtiges paranormales Wesen, das mit seiner Fähigkeit, politische Führer ins Koma zu versetzen, die Sicherheit der Welt bedroht.

Die Crew transportiert einen Popstar zu einer Insel-Militärbasis. Bei der Ankunft treffen sie auf eine Erscheinung des griechischen Gottes Neptun, der fälschlicherweise glaubt, die Sängerin und Henderson seien eigentlich Minvera und Medusa.

Die Crew beschützt eine Gruppe von Forschern auf einem verlassenen Bergbau-Außenposten, während sie eine antike Truhe untersuchen, die tief im Mittelmeer vergraben gefunden wurde. Die Truhe erweist sich jedoch als die Büchse der Pandora, die einen Dämon beherbergt, der entkommt und dann die Landungstruppe heimsucht.

Ein skrupelloser Atomphysiker, der nur als Marauder bekannt ist, ist entschlossen, die seaQuest zu zerstören. Als Teil seines Plans rettet er einen rachsüchtigen Dolch, der von Bridger gefangen gehalten wurde.

Um die Kontrolle über die Nuklearwaffen der seaQuest zu erlangen, pflanzt ein mächtiger Hellseher einen Albtraum in die Köpfe von Piccolo und Dagwood, damit er an Bord eingeladen wird, um ihre Träume zu deuten.

Als sein Flugzeug im südamerikanischen Dschungel abstürzt, wird Piccolo von einem skrupellosen Diktator entführt, von dem er erfährt, dass er heimlich künstliche Lebensformen geschaffen hat, die nun außer Kontrolle geraten sind.

Die seaQuest wird von einem außerirdischen Raumschiff gekapert und nach Hyperion gebracht, einem komplett aquatischen Planeten. Die Crew wird daraufhin in den Bürgerkrieg zwischen den KrayTaks und dem Widerstand auf Hyperion hineingezogen.