Když se geneticky upravení lidé, kteří už nejsou spokojeni se svým zajetím, vzbouří, je na pomoc povolán SeaQuest s několika novými tvářemi.

Mimozemšťané, kteří pátrají po počátcích inteligentního života, jsou vítáni na palubě SeaQuestu, jen aby se dostali do zajetí generála, který se rozhodl získat jejich pokročilá technologická tajemství.

Bridger reaguje na prosbu své bývalé přítelkyně, která žije v podmořské kolonii, jež se věnuje nenásilí. Po deseti letech míru se obyvatelé snaží zabít jeden druhého.

Piccolův odcizený otec vyhledá jeho pomoc poté, co se jeho žena stane závislou na experimentální droze. Když jsou Bridger a Smith objeveni v objetí, šíří se rychlostí blesku zvěsti o jejich údajném románku na lodi.

V reakci na hlas dítěte volajícího o pomoc se SeaQuest vydává do podvodního víru a ocitá se 250 let v budoucnosti, kde jsou lidé na pokraji vyhynutí.

Experimentální ponorka unikne z kotviště a podaří se jí odpálit jaderné zbraně namířené na Nový mys Quest, město s 5 miliony obyvatel včetně příbuzných posádky SeaQuestu.

Tísňové volání z podmořské zahrádkářské kolonie přivede posádku k vyšetřování záhadného zmizení veškerého lidského života v bývalém ráji.

Když je žena po 22 letech propuštěna z kryogenního ústavu, stane se terčem útoku vraha. Brody se jí pokusí pomoci a zjistí, že je spojena s jeho minulostí a možnou vraždou.

Dagwood trvá na své nevině i poté, co byl shledán vinným z vraždy genetického inženýra, který ho stvořil, přestože byl při činu zřejmě zachycen na videu.

Henderson, Lucas, Brody a O'Neill jsou vtaženi do zuřivého podvodního víru, který jejich raketoplán stáhne pod dno oceánu a do labyrintu starobylých jeskyní.

Obrovský prehistorický krokodýl je vypuštěn ze svého ledového hrobu, když rozsáhlé podmořské zemědělství a těžba způsobí zvýšení teploty jižního Atlantiku.

Ford objeví přilbu a meč starověkého bojovníka, které dokazují, že ztracený kontinent Atlantida skutečně existoval. Přilba však může nést smrtící kletbu, která by mohla Bridgera a posádku zničit.

Na pevnině se Lucas zamiluje do krásné ženy a požádá ji o rezignaci na svou funkci, plány se však změní, když ji náhle unesou teroristé ve snaze převzít kontrolu nad SeaQuestem.

Slepý astrofyzik a velitel NASA se spojí s posádkou, aby bojovali proti nepřátelskému mimozemšťanovi, který se skrývá ve spadlé kometě, kterou se SeaQuest pokoušel vyzvednout.

Wendy využívá svých psychických schopností a riskuje život v boji mysli proti Avatarovi, mocné paranormální bytosti, která ohrožuje bezpečnost světa svou schopností uvádět politické vůdce do kómatu.

Posádka převeze popovou hvězdu na ostrovní vojenskou základnu. Po příletu se setkají se zjevením řeckého boha Neptuna, který se mylně domnívá, že zpěvačka a Henderson jsou ve skutečnosti Minvera a Medúza.

Posádka chrání skupinu výzkumníků na opuštěné důlní základně, zatímco zkoumají starobylou truhlu, která byla nalezena hluboko ve Středozemním moři. Ukáže se však, že truhla je jako Pandořina skříňka, v níž se ukrývá démon, který unikne a poté se stane kořistí výsadku.

Zlotřilý jaderný fyzik známý pouze jako Marauder je odhodlán zničit SeaQuest. V rámci svého plánu zachrání pomstychtivého dýkaře, kterého Bridger uvěznil.

Aby získal kontrolu nad jadernými zbraněmi SeaQuestu, podstrčí mocný senzibil Piccolovi i Dagwoodovi noční můru, aby byl pozván na palubu a vykládal jejich sny.

Když jeho letadlo havaruje v jihoamerické džungli, je Piccolo unesen nelítostným diktátorem, který, jak zjistí, tajně vytvářel umělé formy života, jež se nyní vymkly kontrole.

SeaQuest je zajat mimozemskou vesmírnou lodí a dopraven na Hyperion, zcela vodní planetu. Posádka je pak vtažena do občanské války mezi KrayTaky a hnutím odporu Hyperionu.