Do załogi SeaQuest DSV dołącza niechętny Marynarce Wojennej kapitan Nathan Bridger i wyrusza w celu zbadania wezwania pomocy od podwodnej kolonii, ale okazuje się, że jest to pułapka stworzona przez Renegacki okręt podwodny pod dowództwem kapitan Marilyn Stark, która jest na osobistej wendecie przeciwko SeaQuest DSV.

Darwin zachoruje i umrze, jeśli nie zostanie znalezione żadne lekarstwo, ale odwiedzający naukowiec w ważnym projekcie UEO nie przejmuje się losem pojedynczego delfina.

Po odkryciu zachowanej oficyny Wielkiej Biblioteki Aleksandryjskiej wiele narodów wysyła swoje floty, aby zdobyć swoje skarby. UEO nakazuje Bridgerowi mediację w sporze i wysyła zespół parapsychologów z grupy ESP, aby pomóc w negocjacjach.

Załoga "SeaQuest" ratuje strażnika i jego jedynego więźnia spod lodowej czapy. Więzień ucieka i ujawnia, że ​​trzyma śmiercionośną toksynę, która zostanie uwolniona, chyba że załoga zrobi to, co mówi, co spowoduje wystrzelenie pocisków seaQuest przeciwko UEO.

Kiedy Krieg przywraca to, co uważa za bezcenny klejnot, chciwość wpada w amok na morzu. Nikt nie słucha swoich opowieści o morskich potworach w okolicy, dopóki nie zaatakuje morza.

Kiedy komandor Ford i inni członkowie załogi są skażeni śmiercionośnym wirusem ze zestrzelonej stacji kosmicznej, kapitan Bridger próbuje walczyć z czasem i rządowym przykrywką, aby ich uratować.

Kiedy mała ekipa z SeaQuest wsiada na starożytny zatopiony statek, aby ustalić, dlaczego upadł, zostają uwięzieni w serii bardzo dziwnych i nadprzyrodzonych wydarzeń.

Huragan grozi, że nie uda się uratować francuskiej łodzi podwodnej, która utknęła w otworze z wodą słodką i wyczerpie się z tlenu. Kiedy drużyna z seaQuest zostaje zmuszona do wyjścia na powierzchnię, muszą polegać na sobie nawzajem, aby przetrwać burzę.

Kiedy kluczowy element klimatyzacji seaQuest zawodzi, a regularne kanały zawodzą, Krieg korzysta z czarnego źródła o nazwie The Regulator. Kiedy Darwin zniknie, seaQuest musi wyśledzić renegata, który szuka sensu życia.

Hitchcock trafia do podwodnej kolonii złota, aby zbadać sygnał o niebezpieczeństwie i odkrywa, że ​​pierwotny i prawowity właściciel kopalni i jego rodziny jest przetrzymywany jako zakładnik przez wyjętego spod prawa i jego bandytów.

Kiedy Lucas odwiedza bazę komunikacyjną, w której mieszka grupa młodych informatyków, słynny haker komputerowy, który teraz prowadzi Węzeł, przekonuje Lucasa, aby włamał się do Banku Światowego i przekierował fundusze na cele humanitarne.

seaQuest jest pospiesznie wysyłany, aby uratować załogę powracającą z misji załogowej na Marsa, gdy ich katastrofa w kapsule kosmicznej wyląduje na Oceanie Atlantyckim, ale prezydent zmilitaryzowanej federacji azjatyckiej chce ich również z własnych powodów.

Podczas gdy w trakcie specjalnego eksperymentu, gdy na pokładzie znajduje się tylko załoga szkieletowa, seaQuest trafia grupa komandosów, którzy szybko mogą przejąć kontrolę nad statkiem.

Kiedy tajny projekt UEO pokazuje podejście katastrofalnej erupcji wulkanu, załoga seaQuest musi przekonać poszukiwaczy skarbów na wyspie, by porzucili swoje życiowe poszukiwania lub stawili czoła pewnej śmierci.

Okręt podwodny topi statki wielorybnicze, które same w sobie są niezgodne z prawem i moralnym osądem, załoga morza musi powstrzymać okręt podwodny od swojej misji. Tymczasem Krieg ma własną misję: mieć cheeseburgera, mimo że czerwone mięso jest zakazane.

Prowadząc do ważnej demonstracji, Lucas traci przytomność i zostaje skradziony prototypowy okręt podwodny Stinger

Dyktator servo-chorwacki zabiera dr. Westphalen i Lansdowne, aby uzyskać dostęp do morza. Chcieli wykorzystać technologię statku do rehabilitacji jego autystycznego syna.

Podczas konferencji na szczycie Lucas i grupa przywódców UEO zostają wzięci jako zakładnicy, pozostawiając załogę seaQuest, aby odkryć tajemniczy i skomplikowany spisek, szukając zakładników.

Ford przypadkowo natknął się na kolonię genetycznie zmienionych ludzi, przystosowaną przez naukowca do życia pod wodą.

Sprawy zagrażają straszliwemu zepsuciu, gdy załoga "SeaQuest" odkryje milionowy statek kosmiczny. Ich jedyną nadzieją jest, że Darwin jest kluczem do wypełnienia luki komunikacyjnej.

Kiedy załoga statku "SeaQuest" zostaje nakłoniona do torpedowania statku uchodźcy zawierającego córkę Westphalena, dr Westphalen, Ford i Shan zostają uwięzieni, próbując ją ocalić.

Zupełnie nowa elektrownia, która ma dostarczać energię całemu światu, idzie źle i istnieje niebezpieczeństwo topnienia polarnych czap lodowych. Bridger decyduje się poświęcić seaQuest, aby ocalić świat. W międzyczasie Lucas ma swego rodzaju spotkanie z ojcem.