An 2018. L'être humain a colonisé les océans. Le capitaine Nathan Bridger est chargé de prendre les commandes d'un sous-marin, le Seaquest DSV. En compagnie de son équipage, il devra patrouiller les océans, faire l'interface entre les différentes communautés qui se sont implantées dans les mers et maintenir la paix et l'ordre sur la planète bleue. Un défi qui va amener Nathan Bridger et les siens à vivre de multiples aventures océaniques.

Le SeaQuest doit explorer un cratère volcanique sous-marin, mais Darwin tombe subitement malade et les membres de l'équipage se demandent quels sont les remèdes possibles.

En mission en Méditerranée, le Seaquest découvre une annexe à la grande bibliothèque d'Alexandrie...

Le seaQuest sauve un surveillant de prison d'Antarctique ainsi qu'un homme cryogénisé (son prisonnier). Seulement, on découvre que le prisonnier s'est fait passer pour le surveillant. Il s'agit en réalité du docteur Rubin Zellar. Zellar s'échappe et menace de répandre une biotoxine à moins que Bridger ne tire un missile nucléaire. Bridger le dupe, mais le Docteur Westphalen menace de le tuer pour se venger du meurtre de son frère.

Le Caporal Jack Clayton est à bord pour une inspection. Le groupe de scientifiques ne s'en réjouit pas. Krieg lui, a trouvé au fond de la mer, des pierres fluorescentes, qu'il décide d'appeler Krieglites. Tout le monde essaye alors de s'en emparer. Un calamar géant, de la même couleur que les Krieglites, attaquent le SeaQuest, mais le sous-marin est sauvé par Darwin. En étudiant l'animal, le docteur Westphalen découvre que ces pierres sont en réalité des crottes de calamars.

Le SeaQuest ordonne de détruire une charge de munitions devenu instable, mais découvre un groupe d'enfants restés orphelins vivant à l'intérieur. Ils les sauvent tous sauf un, qui ne veut pas les suivrent. La structure faiblissant rapidement, le garçon prend en otage Ford, jusqu'à ce que Bridger lui fasse finalement face. Il se rend.

En explorant une station spatiale submergée, Ford et plusieurs autres membres de l'équipe sont infectés par un virus inconnu. Bridger fait appel à un généticien français pour les aider.

Bridger se retrouve lancé à travers sa cabine après la découverte du fantôme d'une jeune femme en costume antique. Le SeaQuest découvre l'épave d'un bateau royal qui a coulé pendant la première moitié du vingtième siècle. Après la découverte d'une lumière au hublot et l'imperméabilité des cabines, une équipe du SeaQuest, y compris Bridger, Lucas Wolenczak, le docteur Westphalen, Crocker, Ford, Hitchcock et Levin, monte à bord. Des événements fantômatiques surviennent. Un fantôme possède Westphalen.

Un submersible français a disparu au large de la Floride, avec un groupe d'enfants à bord, tandis qu'un ouragan les menace. Ford, Krieg, Lucas et Westphalen en essayant de les sauver se retrouvent accidentés. Ils remontent à la surface et attendent au milieu de la tempête de l'aide sur un petit canot. Le SeaQuest tente de retrouver les enfants. Bridger envoie Darwin retrouver l'équipe dans la « Mauvaise eau » (l'eau douce).

La climatisation du SeaQuest ne marche plus, Krieg utilise ses contacts illégaux pour y remédier. Son contact monte à bord du SeaQuest, c'est Leslie, un scientifique excentrique accompagné de son orang-outan, Verne. Quand Bridger le découvre, connaissant Leslie et ses mauvais coups, il le jette dehors. Mais Verne s'échappe et en le cherchant il rencontre Darwin. Il lui demande où se trouve le centre de l'univers.

L'équipage du SeaQuest examine un signal de détresse d'une colonie d'extraction d'or sous-marine. Katherine Hitchcock se fait passer pour une chanteuse de saloon, et découvre que le propriétaire légitime et sa famille sont retenus en otage. La couverture d'Hitchcock ne tient pas, Ford est pris en otage. Krieg sauve Hitchcock. On découvre alors que Krieg est toujours amoureux de son ex-femme, Hitchcock.

Lucas visite « le nœud de l'océan pacifique 3 » un complexe rempli de nouvelles technologies et d'un groupe de pirates informatiques, tous mineurs. Le leader, un adulte impliqué dans un meurtre quelques années auparavant, leur demande de cambrioler une banque. Lucas essaye de l'arrêter. Il tombe également amoureux de Julianna, un génie de l'informatique.

Un vieil ami de Nathan Bridger Scott Keller est responsable de la première mission sur Mars. La capsule tombe dans l'Atlantique et coule. Le détecteur de présence n'est pas rattaché à la capsule. Ils se font alors retrouver par les vietnamiens désireux d'un coup de publicité, mais cachent leur trouvaille pour accéder au échantillon retrouvés sur Mars. Dans cet épisode on découvrira la grande amitié entre Bridger et Keller. Et une scène d'humour où Krieg avoue à Westphalen que c'est lui qui a mangé son homard expérimental.

Le SeaQuest évalue ses systèmes de secours, quand un clan de terroristes prend Hitchcock en otage. Les communications sont pratiquement impossibles, Ford, Krieg et Crocker doivent traiter avec l'ennemi. Finalement Ford inonde une partie du SeaQuest pour chasser l'envahisseur.

Raleigh Young crée une bouée qui détecte les éruptions volcaniques. la bouée ressort sur une petite île. Une équipe essayent de faire évacuer un groupe d'explorateurs, mais ils ne veulent pas. Ils sont à la recherche d'un trésor. Ford et Young y retourne pour leur dire le danger qu'ils encourent. Mais il est trop tard. Le docteur Westphalen prend alors le commandement et ordonne à l'équipage d'envoyer leurs torpilles dans la roche sous-marine pour évacuer la pression et éviter l'éruption.

Un submersible renégat fait couler un baleinier. Le SeaQuest est envoyé pour les arrêter. Mais Bridger décide de démissionner, seulement les renégats font couler un bateau de croisière. Il est dirigé par Max Scully, un vieil ami de Bridger. Scully met en scène son propre suicide. Il y a dans cet épisode un rapprochement entre Bridger et Westphalen.

Lucas évalue le Tigre, un submersible de grande vitesse qu'il a conçu avec Hitchcock, quand il est frappé à la tête et le véhicule volé. L'équipage construit un nouveau Tigre pour éviter la concurrence. La conception de Lucas est battu par un inventeur excentrique, qui lui sauve la vie. Dans cet épisode, Lucas et Hitchcock se dispute pour nommer le submersible (Tigre ou Gazelle). On découvre aussi l'insistance de Lucas à avoir une cicatrice.

Un dictateur Croate prend en otage Westphalen et Lansdowne. Il leur raconte les rêves de son fils autiste. Westphalen négocie pour leurs vies et offre d'utiliser Darwin pour aider le garçon.

Lucas est invité à donner un cours au sommet de l'UEO dans une installation sous-marine de luxe. Lucas et les leaders de l'UEO disparaissent. Bridger tente de les retrouver, en utilisant les conduits d'aérations. Il arrête le complot.

En faisant des essais de profondeurs, Ford voit une femme nageant sans combinaison, ni oxygène. Les autres ne le croient pas et pensent à une hallucination. Bridger lui retire les essais et le met au repos forcé. Il revoit la femme au bar. En essayant de l’attraper, il se fait enlever par ses frères, les fils d'Abalon, un docteur que l'on croyait mort et qui travaille sur un moyen de respirer sous l'eau. Quant à Lucas, il ment à Bridger pour se rendre à une fête pour passer la nuit avec Julianna.

Le SeaQuest tire des torpilles sur un submersible sur l'ordre du général Guzmano. Le submersible était censé contenir des émeraudes provenant d'un vol et les voleurs en question. Mais il n'en est rien. Le submersible est rempli d'enfants. Westphalen a elle aussi une mauvaise surprise, sa fille est là aussi, essayant de sauver les enfants. L'équipage du SeaQuest aide les enfants à monter sur le SeaQuest. Mais la fille de Westphalen se fait gravement blesser. Ils doivent se réfugier sur l'île que les enfants fuyaient.

Une centrale électrique sous-marine, conçue par le père de Lucas est sur le point de résoudre les problèmes de puissance électrique dans le monde. C'est la fin du SeaQuest et l'équipage se demande ce qu'il va faire après. Hitchcock et Ford ont l'œil sur le même travail. Crocker envisage la retraite, maintenant que sa femme l'a quitté. Bridger et Wesphalen fête la fin avec un petit dîner en tête à tête. Lucas croyant lui faire une surprise lui envoie un « Bonjour holographique » de sa femme morte. Ce qui jette un froid. Quand des défaillances électriques se produisent et menacent de fondre la calotte glaciaire. Bridger décide de sceller la fente en y plongeant le SeaQuest. L'équipage rescapé sur la plage observe la mer en ébullition. Bridger réussi à s'échapper au dernier moment grâce au Tigre (ou Dard) de Lucas.