Kapitán Nathan Bridger je vytažen z důchodu, aby velel nové ponorce SeaQuest, která spadá pod organizaci United Earth/Oceans. Jeho loď se střetne s pirátskými silami, kterým velí Marilyn Starková, bývalá kapitánka SeaQuestu, která se pokusila vyvolat válku.

Při vyšetřování černého kuřáka Darwin vážně onemocní. Bridger musí zvážit, zda svého dlouholetého vodního kamaráda osvobodit, aby mu zachránil život.

SeaQuest objeví ztracenou Alexandrijskou knihovnu potopenou pod hladinou moře. Když se však okolní národy nedokážou dohodnout na mírovém způsobu, jak se o objev podělit, musí Bridger působit jako prostředník, než eskalace napětí vyústí ve zničení knihovny.

Masový vrah Dr. Rubin Zellar je nevědomky vzat na palubu SeaQuestu. Umístí ho do vazby, Zellarovi se podaří uprchnout a informuje Bridgera, že někde na palubě lodi ukryl toxin zmrazený v ledu... toxin, který s každou vteřinou jistě taje.

Když loď SeaQuest prochází inspekcí, poručík Benjamin Krieg se v příkopu Tonga v mořském krabu setká s neznámou formou života. Když ho tvor pustí, Krieg objeví poklad záhadných zářících kamenů; kamenů, které mohou znamenat velké peníze. Je však větší hrozbou pro SeaQuest chamtivost, která ovládne posádku, nebo neznámá forma života?

SeaQuest dostane rozkaz pohřbít muniční sklad, který je považován za opuštěný. Když však posádka zjistí, že uvnitř žijí děti, musí je Bridger přesvědčit, aby ho následovaly do bezpečí.

Virus nalezený na palubě potopené vesmírné stanice infikuje posádku. Zatímco Bridger spěchá najít vynálezce patogenu, připlouvá válečná ponorka z nepřátelské konfederace, aby zakryla své zločiny, i kdyby to mělo znamenat zničení SeaQuestu.

Když Bridgera neznámá síla odhodí přes jeho kajutu, přivede SeaQuest k nalezení sto let staré potopené lodi, na jejímž starobylém trupu straší duchové těch, kteří tam zahynuli, a jeden z nich posedne doktora Westfalena.

Velitel Ford, doktor Westphalen, Lucas a poručík Krieg jsou uvězněni na hladině oceánu, zatímco nad nimi zuří hurikán. Mezitím SeaQuest, který utrpěl vážné poškození v důsledku zásahu bleskem, musí zoufale pátrat po potopené francouzské ponorce, než jeho pasažérům, vesměs dětem, dojde vzduch.

Když se v ubikacích posádky porouchá klimatizace, Kriegovi nezbývá než se obrátit na "Regulátora", bezohledného obchodníka na černém trhu, který skrývá ostudnou minulost, s níž je Bridger obeznámen a s níž Lucas dokáže sympatizovat.

Když SeaQuest navštíví hornickou kolonii Broken Ridge, jeden z kolonistů zoufale prosí posádku o pomoc při útěku z nebezpečné situace jako ze Starého západu.

Lucas se na palubě SeaQuestu cítí izolovaný, nechtěný a nedoceněný, a tak navštíví uzel tři, komunikační kolonii obývanou dalšími dospívajícími počítačovými génii pod vedením legendárního počítačového hackera Martina Clemense alias Mycrofta. Lucas se však brzy ocitne ve vleku manipulací skupiny s globálními financemi - manipulací, které mají větší motiv, než se zdá.

První pilotovaná mise na Mars se vrací domů na Zemi pod vedením velitele Scotta Kellera, Bridgerova starého přítele. Při návratu do atmosféry však dojde k poruše a kapsle spadne do oceánu, kde se zkorumpovaný generál cizí konfederace snaží získat astronauty zpět dříve, než se to podaří SeaQuestu.

V rámci příprav na experiment posádka evakuuje SeaQuest a na palubě zůstávají pouze velitel Ford, nadporučík Hitchcock, poručík Krieg, náčelník Crocker a Lucas. Ekologičtí extremisté však využijí zranitelného stavu SeaQuestu a zmocní se lodi.

Když magmatická bóje doktora Raleigha Younga vypuštěná před několika měsíci z lodi SeaQuest vyletí z moře a zřítí se na ostrov, skupina hledačů pokladů se domnívá, že UEO je na cestě, aby ukradla bohatství, které doufají najít.

Lucas a nadporučík Hitchcock se účastní soutěže o nový revoluční typ jednomístné ponorky SeaQuest. Při jejím testování je však Lucas ostřelován a ponorka je ukořistěna konkurenčním vývojářem.

Zatímco je doktor Westphalen na návštěvě u Malcolma Lansdowna, jsou oba zajati svrženým diktátorem a uprchlým vězněm UEO Milošem Tezlovem, který chce Malcolmovy delfíny vycvičit pro militaristické účely. Když si však Kristin všimne, že Tezlovův autistický syn Caesar si delfíny nesmírně oblíbil, uzavře dohodu o svém propuštění a umožní Tezlovovi cestu na palubu SeaQuestu.

Generální tajemnice UEO Andrea Dre cestuje na palubě lodi SeaQuest na konferenci, kam pozve Lucase, aby se k ní připojil a promluvil o své práci s Darwinem. Lucas se však brzy ocitne jako rukojmí spolu s vůdci ostatních konfederací UEO.

Když se velitel Ford domnívá, že na dně oceánu viděl mořskou pannu, kapitán Bridger mu nařídí, aby si vzal dovolenou na břehu, ale během dovolené se Ford znovu setká se stejnou ženou a brzy se ocitne v pasti nepřirozeného experimentu záhadného vědce. Mezitím se Lucas vytratí na večírek, kde to s Juliannou možná rozjede "naplno".

SeaQuest učiní největší objev v historii lidstva, když objeví mimozemskou vesmírnou loď pohřbenou v podmořské skalní stěně, kde byla uvězněna více než milion let. Když se výsadek vydá dovnitř lodi, zjistí, že na její palubě možná nejsou jediní.

Když je posádka SeaQuestu lstí donucena torpédovat uprchlickou loď s Westphalenovou dcerou, jsou doktor Westphalen, Ford a Shan uvězněni při pokusu o její záchranu.

Zbrusu nová elektrárna, která má zásobovat energií celý svět, se porouchá a hrozí roztátí polárních ledovců. Bridger se rozhodne, že musí obětovat SeaQuest, aby zachránil svět. Mezitím Lucas zažívá jakési shledání se svým otcem.